Al despertar la mañana del día de la fecha, el pueblo de Madrid está tranquilo, sólo un grupo de gente se ha reunido frente al Palacio Real. Hacia la 8h30m, la reina Mª LUISA de Borbón, acompañada de sus hijos, sube a un coche ante la indiferencia general. Los acontecimientos se precipitan cuando un tal José Blas Molina consigue penetrar en el edificio y asomarse a uno de sus balcones para gritar: «¡Que se llevan al infante!» (Francisco de Paula de Borbón: menor de los hijos del rey de España Carlos IV). Acto seguido las gentes, irritadas, entran en palacio mientras otros cortan las correas del carruaje para impedir la partida de la familia real y manifiestan su indignación contra los franceses. MURAT, enterado de los acontecimientos, envía a algunas fuerzas a la Plaza de Oriente para aplastar lo que considera un motín y se dispara contra las gentes indiscriminadamente. Entonces, el pueblo de Madrid entero se lanza a la calle.

Esta injerencia en España de NAPOLEÓN resulta un error. El segundo de Napoleón. Su primera equivocación militar ha sido la insensata expedición a Egipto, pero sus consecuencias fueron de corto alcance y el daño pudo remediarse. Pero la aventura española fue mucho peor y, además, innecesaria. La familia real española era totalmente servil a Napoleón, pero cuando la desplazó, destapó un avispero. Tanto el rey como el Príncipe de Asturias eran unos completos incompetentes, pero esta vez el pueblo español decidió que prefería tener un rey inútil pero suyo, que otro más capacitado pero impuesto desde el exterior. Salta el «Dos de mayo» en Madrid. El pueblo de Madrid, acaudillado por los capitanes DAOIZ y VELARDE y por el teniente RUIZ, se alza contra las tropas de MURAT para oponerse a la marcha del resto de la Familia Real a Bayona. Los dirigentes de la resistencia mueren en el combate y MURAT ordena una durísima represión.

Fusilamientos del 3 de mayo en la montaña del Príncipe Pío, captados por Goya, reflejan el horror del momento en Madrid y España

Las tropas francesas, ya dentro de la Península, se distribuyen en tres núcleos principales: uno en el centro, que asegura la comunicación entre Madrid y Francia, con unos 75.000 hombres; otro en Portugal, formado por unos 28.000 hombres y otro en Catalunya, al mando del General Duhesme, formado por unos 14.000 hombres.

La abdicación definitiva de Carlos IV y los lamentables sucesos del dos de mayo madrileño determinaron el comienzo de la sublevación en el resto de las provincias españolas. Se inicia así una cruenta guerra en la que la resistencia, organizada por las Juntas de Defensa, obligó a Napoleón a mantener durante mucho más tiempo que el que había calculado un frente abierto. Zaragoza, Gerona, Valencia se fueron sumando al alzamiento. En junio Napoleón promulga la Carta de Bayona, por la que España se convierte en una monarquía constitucional gobernada por su hermano José I ( 1808-1813). Se trata de una Constitución que aboga por la libertad de prensa y los derechos ciudadanos, aunque se muestre respetuosa con la condición católica de la mayoría de los españoles. En el Madrid ocupado se instaló José Bonaparte con la intención de modernizar la ciudad aunque siempre contó con la oposición del pueblo madrileño, que le obsequió con apodos tan halagüeños como “Pepe Botella” o el “Rey plazuelas”.

En septiembre se constituye, en Aranjuez (España), la Junta Central Suprema Gubernativa como órgano de gobierno en las zonas no ocupadas y como órgano rector de la guerra, aglutinando las Juntas Provinciales, que será presidida por el conde de Floridablanca. (posteriormente se establecerá en Sevilla y finalmente en Cádiz). La Juntas regionales delegan su poder en la Junta Central del reino que asume la representación del pueblo español como único órgano supremo de gobierno del país. La creación de esta Junta será definitiva para la posterior reunión de Cortes en Cádiz y redacción de la Constitución de 1812.

Tiene lugar la Batalla de Somosierra, la última defensa natural que se interpone en el camino de Madrid. También por estas fechas, parte del ejército británico a las órdenes de John Moore, avanza desde Portugal sobre Madrid, pero tiene que retirarse ante el empuje de las tropas de NAPOLEÓN. Al tener la retirada cortada, los británicos toman la dirección de La Coruña donde después de derrotar a una fuerza francesa les será posible, al cabo de unas semanas, la evacuación de la Península. John Moore, sin embargo, morirá en combate el 16 de enero de 1809.

Entre noviembre de 1808 y febrero de 1809, Napoleón permanece en España. Con un ejército de 300.000 hombres, atraviesa la península y a principios de diciembre, debido principalmente a la falta de resistencia por parte del ejército inglés, el propio NAPOLEÓN se establece en Chamartín (Madrid) obteniendo -en la fecha- la entrega de la ciudad. Efectúa una limpieza de rebeldes.

JOSÉ I vuelve a ser repuesto como rey de España. Desde su «jaula de oro» en Francia, FERNANDO VII felicita a NAPOLEÓN por sus triunfos militares sobre los españoles. Respecto al advenimiento al trono español de JOSE I, llega a escribirle: «No podemos ver a la cabeza de ella (España) un monarca más digno ni más propio para asegurar su felicidad…».

La expedición de Andalucía, al mando de Soult a quien acompaña el propio Rey JOSÉ I, concluye con el bloqueo de Cádiz desde el 5 de febrero de 1810 hasta el 24 de agosto de 1812. A su vez, San Fernando (cerca de Cádiz) es atacada por otro ejército francés bajo el mando del mariscal Claude Victor. En octubre de 1810 se enviará para socorrer Cádiz un ejército anglo-español de socorro puesto en vigor tras la desastrosa batalla de Fuengirola. Un segundo intento de socorro se hará desde Tarifa en 1811, sin embargo, a pesar de derrotar al ejército francés dirigido por el Mariscal Claude Victor en la batalla de la Barrosa, el sitio no se levantará.