Terminada la Tercera guerra carlista en 1876, el partido carlista ha retornado a una etapa de lucha política y parlamentaria y en 1888 se produce en el mismo la escisión integrista, acaudillada por Ramón Nocedal, con el pretexto de que el pretendiente es excesivamente liberal; los integristas proponen, en sustitución, un régimen teocrático que está simbolizado en la advocación de Cristo Rey.

La primera publicación de Sabino ARANA con conclusiones eminentemente políticas, una recopilación de artículos sueltos anteriores que lleva el título de «Bizkaya por su independencia», aparecida en la fecha, se centra en la narración de cuatro batallas medievales con el fin de demostrar la originaria independencia de los vizcaínos, defendida contra leoneses y castellanos. Se va construyendo así, el imaginario histórico de una Arcadia vasca libre y feliz. Esta relación de las batallas de Arrigorriaga (888), Gordexola y Otxandio (1355) y Mungia (1470), en las que los bizkaínos se defendieron de los intentos de expansión de leoneses y castellanos, es considerada como el primer libro de contenido netamente político de Sabino de Arana. Y también como el primero que se puede considerar como nacionalista vasco.

El nacionalismo en el caso vasco, tuvo inicialmente un alcance muy minoritario y un carácter extraordinariamente polémico. En el banquete, en que Sabino ARANA, el fundador del nacionalismo vasco, expone por primera vez sus ideas -aunque poco antes ha publicado el primero de sus textos esenciales: «Bizcaya por su independencia. Cuatro glorias patrias» celebrado el 3 de junio de 1893 en el caserío de Larrazábal, en los alrededores de Bilbao, asisten sólo dieciocho personas, que, además, polemizan acaloradamente al escuchar las palabras del protagonista de la reunión (luego publicadas como folleto). En la discusión, ARANA y su hermano Luis -a cuya influencia atribuiría siempre su conversión al nacionalismo allá por el año 1882- intentan demostrar, según testimonio del propio ARANA, que su teoría es precisamente «completamente opuesta» a la tesis de la sociedad Euskalerría, el bastión del fuerismo, a la que habían pertenecido la totalidad de los asistentes, a la que calificó de «liberal y españolista».

Sabino ARANA funda el periódico Bizkaitarra que sirve de portavoz de sus ideas. En la fecha aparece el primer número. La intención inicial de Sabino Arana es publicarlo como simple hoja volandera, pero a partir del número 5, publicado el 29 de enero de 1894, pasará a tener una periodicidad mensual, para posteriormente convertirse en quincenal e incluso, en ciertas ocasiones, semanal. Hasta su clausura, decretada el 5 de septiembre de 1895, se publicarán 32 números, cuya tirada será de 1.500 ejemplares, una cantidad nada desdeñable en el seno de una sociedad en la que la estructura socio-política del nacionalismo es todavía incipiente.

La ikurriña o bandera vasca, es diseñada por Sabino ARANA y su hermano, como bandera independentista de Bizkaia. El fondo rojo de la bandera corresponde con el color rojo de la bandera vizcaína (la sangre de los vizcaínos). La cruz blanca simboliza la cristiandad de los vizcaínos y el aspa verde (la cruz de San Andrés) simboliza la independencia de Bizkaia, dado que en un día de San Andrés del año 870, Bizkaia se independizó del Reino de León. Aunque al evolucionar el independentismo vizcaíno al vasco del PNV, se tomará la ikurriña como bandera independentista de la Euskadi de las seis regiones forales de Euskal Herria soñada por Sabino ARANA. Y como eguzki (egúski, sol) se pronuncia con z, pues Euzkadi, según él, también debía de escribirse con z. Pero como actualmente, en todos los dialectos, la raíz eusk- que da lugar a términos como euskara, Euskal Herria, euskaldun, se pronuncia con ese, la Real Academia de la Lengua Vasca, Euskaltzaindia, considera que la forma correcta de escribir todos los derivados de eusk- es con ese y no con zeta. Por lo que Euskadi se debe escribir con s. Aunque algunos peneuvistas por seguir la tradición de su fundador en ocasiones lo siguen escribiendo con zeta.

El 14 de julio de 1894 Sabino Arana funda la sociedad «Euskeldun Batzokija», camuflada como una «sociedad de recreo», en el número 22 de la calle Correo de Bilbao, iniciándose así la organización del Partido Nacionalista Vasco; en la ceremonia de apertura del centro, a las seis de la tarde, el socio de más edad, Ciriaco de Iturri, iza por primera vez la bandera nacional vasca, la «Ikurriña», diseñada por los hermanos Arana, probablemente inspirada en la Union Jack debido al sentimiento anglófilo de Sabino Arana. En un principio se ha ideado como bandera de la Vizcaya independiente, aunque dada su pronta difusión se asocia luego con toda la región.

Desde el primer momento el Batzokija se presenta con un marcado carácter racial: la condición indispensable para ser admitido en él consiste en poseer, al menos, un apellido que se considere indubitablemente vasco. Es dudoso que los antiguos señores de Vizcaya, los LÓPEZ de Haro, hubiesen debido considerarse como tales bajo este criterio. Los no vascos, y cuanto culturalmente significa, debe ser apartado. Y es que la definición que SABINO realiza de la nación es primordialista y esencialista, siendo el principal criterio de pertenencia no la voluntad sino la «raza euskeriana», cuya «pureza» hay que recuperar como primer paso hacia la reconquista de la perdida libertad de Vizcaya, para después conseguir la de los otros territorios vascos y unirlos en una gran confederación vasca independiente.

Sabino Arana funda en Bilbao, la primera célula clandestina del que luego será Partido Nacionalista Vasco ( = Euzko Alderdi Jeltzalea) (PNV), el Bizkai Buru Batzar (BBB) (Oficina regional vasca). La meta fijada inicialmente por el Bizkai Buru Batzar era la constitución de una federación de siete repúblicas vascas, cuatro segregadas del Estado español y tres del francés.

Fruto de la humillación que supuso para ciertos sectores foralistas la pérdida de unas instituciones seculares, a través de las cuales se había conseguido con mayor o peor fortuna integrar la realidad vasca en Castilla y posteriormente en España. Comenzó a surgir entre estos sectores, en gran medida de Bizkaia, el independentismo vizcaíno, con Sabino ARANA a la cabeza. Sabino ARANA, es al comienzo un independentista vizcaíno, ya que según él, al abolirse los fueros después de perder las guerras carlistas, la corona española rompe el pacto de integración de los vizcaínos en Castilla y posteriormente en España, por lo que los vizcaínos dejan de ser españoles. Por eso a los militantes del Partido Nacionalista Vasco se les sigue llamando todavía bizkaitarras (vizcaínos). Aunque rapidamente, esta ideología independentista vizcaína, se mezcla con las corrientes románticas de finales del siglo pasado: una lengua, un pueblo, una nación. Dando lugar al nacionalismo vasco y posterior fundación por parte de Sabino ARANA del Partido Nacionalista Vasco en 1895. Llamando a la nación en la que viven los vascos Euzkadi.

El nacionalismo sabiniano es el resultado de la confluencia de varios factores entre los que destacan la debilidad del edificio nacional español, la sensación de privación política por la abolición foral de 1876, el auge del protonacionalismo cultural tras 1876, la decadencia del carlismo y la impotencia política del fuerismo, así como el proceso de modernización socioeconómica sobre todo en Vizcaya, provincia vasca cuna del nacionalismo.