Tras estos antecedentes históricos, podemos examinar ahora las peculiaridades de la presencia española en Marruecos. La zona española es tan sólo una vigésima parte de la francesa, con menos del 10% de la población. Carece de una agricultura rica y su complicada geografía la hace difícil de penetrar, tanto con unos propósitos pacíficos como bélicos. La zona montañosa del interior está poblada por beréberes organizados en clanes y dedicados a un sistema de vida que conlleva, de forma permanente, la utilización de las armas y la guerrilla. Contra ellos, el ejército español cuenta principalmente con reclutas que desconocen el terreno, poco preparados para cualquier tipo de combate, en especial para la guerrilla, y que tienen un nulo interés por la expansión colonial. La guerra es siempre muy impopular y los políticos de ningún modo pueden ignorarlo. Son pocos los profesionales de la política de uno u otro signo propicios a la expansión colonial, incluso entre los sectores más conservadores. Los mauristas, por ejemplo, no quieren pasar de la costa y los liberales siempre pretenden evitar al máximo los combates bélicos, conscientes de la impopularidad absoluta de la empresa.

Diversas campañas victoriosas hacen que España domine la insurrección en Marruecos. Después de esta victoria se firma un nuevo acuerdo de paz -el Tratado de Mokri-, el 26 de noviembre, por el que se autoriza a los rifeños a ocupar distintos enclaves españoles, a cambio de que los rifeños reconozcan el control administrativo español en la zona. Melilla queda convertida en una capitanía general.

La crisis de Agadir o Segunda Crisis Marroquí (1911) estuvo a punto de desencadenar una guerra entre Francia y el Imperio alemán, lo que podría haber ocasionado la Primera Guerra Mundial, sólo que tres años antes. En 1905 Guillermo II, aprovechando una visita a Tánger, ya había proclamado que Alemania no permitiría que Marruecos pasara a ser dominado por una única potencia (Francia). Aquella amenaza fue despejada por la Conferencia Internacional de Algeciras (1906), a la que fueron convocadas todas las potencias europeas y que confió a España la zona norte y a Francia la zona sur del protectorado, eliminando el pretexto para la intervención de Alemania pero sin conceder a ésta ventaja territorial alguna. En 1911 estalló una revuelta contra el Sultán de Marruecos, que en poco tiempo se ve sitiado en su palacio por los rebeldes; ante lo cual Francia y España lanzaron sendas operaciones militares para restablecer la autoridad del sultán. El incidente comenzó por el envío de un buque cañonero alemán (el navío «Panther«) al puerto atlántico marroquí de Agadir (Marruecos), un enclave estratégico de importancia tanto por sí mismo como por la situación de protectorado colonial francés en Marruecos, con el pretexto de defender a los comerciantes alemanes de la zona. Esta acción fue interpretada como un nuevo desafío a Francia, tras la Primera Crisis Marroquí, pues la llegada del cañonero Panther permitiría un pretexto para que Alemania instalara una base naval en Agadir. El Imperio alemán acabó reconociendo los derechos de los franceses, pero pidió a Francia una compensación por las presuntas pérdidas alemanas al no poder penetrar en Marruecos.

Los intereses hispano-franceses en Marruecos se intensifican a raíz del descubrimiento de importantes yacimientos mineros; las pretensiones extranjeras, especialmente franco-alemanas, sobre esta nueva riqueza hacen reaccionar a España, que en un momento de reactivación económica, con un importante saneamiento fiscal y presupuestario, dirige sus miras hacia los colonias de Africa para la inversión

Por estas fechas, la posición española en el entorno de Melilla es ampliada hasta la Restinga y las Minas del Rif. Tras los incidentes de 1909 -que han supuesto el desplazamiento de un Ejército de 40.000 hombres y 2.000 muertos- lo más decisivo es la ampliación del dominio efectivo español en la zona occidental con ocupación de Larache. Un nuevo tratado suscrito en el año 1912 supondrá la aceptación por parte española de la internacionalización de Tánger -la ciudad clave del Estrecho- y de la negativa a fortificar la costa.

Las presiones de Inglaterra, muy interesada en evitar la instalación de una gran potencia frente al peñón de Gibraltar -entrada de la «calle mayor» del imperio británico que, a través del Mediterráneo, el canal de Suez y el mar Rojo, conduce hacia la India- , favorecen las pretensiones españolas y Francia se compromete a la cesión de territorios. Así, el convenio hispano-francés, en la fecha, delimita las dos zonas al norte y sur de Marruecos en las que España ejercerá el protectorado. Este convenio no hace referencia alguna a la isla de Perejil. Sin embargo España lo sigue ocupando. Militarmente hasta principio de los años 1960. Francia y España se imponen el deber de civilizar Marruecos, como si fueran una especie de hermanos mayores. Los supuestos beneficiarios, sin embargo, nunca estarán conformes. Desde entonces, aunque todo el país estará nominalmente bajo el gobierno del sultán, el poder descansará, de hecho, en manos del gobernador residente francés y del alto comisario español; existirá en todo el territorio una doble administración francesa y española y habrá guarniciones de ambos países en sustitución del ejército marroqui.

La zona al norte de Marruecos que constituye una parte del protectorado español, comprende algo más de 20.000 km2, desde el río Muluya -en las proximidades de cuya desembocadura se encuentran las islas Chafarinas- hasta el Atlántico, y cuenta con ciudades como Tetuán, Larache, Alcazarquivir o Arcila. La segunda parte del protectorado al sur de Marruecos constituye una franja desértica de unos 25.000 km2, al norte del Sahara occidental. Ambas se extienden, aproximadamente, sobre el 10% del imperio marroquí, mientras que el 90% restante forma la zona francesa de protectorado.

El interés de nuestro país por Marruecos -que no llegara a calar en la población española- está motivado por un conjunto de factores económicos (la penetración abre nuevas posibilidades a la inversión y al comercio), geopolíticos (los imperativos de seguridad y defensa de la Península y de las plazas norteafricanas a que obliga la presencia francesa), militares (el Éjercito contempla la posibilidad de resarcirse de las derrotas en Cuba y Filipinas) e incluso socio-culturales (algunos sectores colonialistas arguyen la necesidad de «civilizar a aquella sociedad primitiva y salvaje»). Se plantea la posibilidad de dar un nuevo impulso a las operaciones militares, con la intención de consolidar el dominio en la zona.

A partir de 1913 las kabilas de la región de Yebala, dominada por al-Raysuni, se alzan en rebeldía. Los enfrentamientos armados se sucederán de manera intermitente, hasta que, en marzo de 1919, se inicie con éxito la ocupación de la zona.

El comercio catalán, el capital vasco y los círculos financieros y bursátiles de Madrid, buscan nuevos mercados en el norte de Africa. Al empezar 1914, las principales industrias españolas que existen en Marruecos son: la Compañía del Norte Africano (CNA), dedicada a la minería del carbón; la Sociedad Española de Minas del Rif (SEMR), dedicada a la minería del hierro; Acciones de Eléctrica y Gas (AEG); Aguas de Ceuta (AC) y Compañía Agrícola Marroqui (CAM).