Finalmente, los separatistas chechenos aceptan, en la fecha, congelar su proclamación de soberanía cinco años -hasta 2001- y dejar tiempo a buscar una solución definitiva al conflicto. En ochenta mil se calcula el número de muertos ocasionados por la intervención rusa en Chechenia de 1994 a 1996. En este periodo de transición se procederá a la retirada de las tropas, en primer lugar. Un pequeño reducto formado por unos 600 hombres rusos y chechenos velarán por la seguridad en Grozni, y se creará un Consejo Administrativo formado por representantes de todos los partidos políticos y movimientos sociales. En el año 2001 se retomarán las negociaciones con vistas a convocar un referéndum. Son los llamados Acuerdos de Jasaviurt (Daguestán) firmados el 31 de agosto.

Desmilitarizada Grozny (en la práctica, la retirada la hacen las tropas rusas), el 19 de octubre se constituye un Gobierno de coalición -hasta las próximas elecciones de enero 1997- que trata de conciliar las diferentes fracciones chechenas y cuya presidencia recae en MASJADOV. Este ejecutivo se contrapone al poder del radical Zelimján Yandarbíyev, sustituto en la presidencia del fallecido Dudáyev. Yandarbíyev es considerado simpatizante de las prácticas terroristas de los comandantes guerrilleros Shamil Basáyev y Salman Raduiev, que han ganado renombre por las espectaculares tomas de rehenes en Budennovsk (junio de 1995) y Pervomaiskoe (enero de 1996).

El 23 de noviembre MASJADOV se desplaza a Moscú para firmar con el primer ministro ruso Víktor Chernomyrdin un acuerdo interino regulatorio de las relaciones ruso-chechenas en las materias de economía, comunicaciones y refugiados. En este estadio, Moscú parece resignarse a una independencia de facto de Chechenia -de hecho el acuerdo de Jasavyurt tan sólo hablaba de posponer cualquier decisión sobre el estatus final hasta el 31 de diciembre de 2001-, en tanto las autoridades de Grozny le han dado garantías para la extracción y procesado del petróleo checheno y la seguridad del tramo local del oleoducto Bakú-Novorossiisk, cuya integridad es vital para poder competir con la ruta georgiano-turca en el transporte del prometedor petróleo azerí.

En Chechenia, en enero de 1997, se celebran elecciones presidenciales y legislativas. Son ganadas por Aslan MASJADOV con el 59,3% de los votos, seguido por BASAIEV y Yandarbíyev. El 12 de febrero toma posesión de la presidencia, a la que añade de nuevo la jefatura del Gobierno. Reanuda de inmediato los contactos al más alto nivel con el gobierno ruso.

El perfil de moderado de MASJADOV se refuerza en sus primeras actuaciones dirigidas a restablecer el orden interno, siempre amenazado por la profusión de armas, la rivalidad entre los clanes tradicionales y el bandidismo, someter a las unidades guerrilleras renegadas y alcanzar un modus vivendi con las autoridades del Kremlin. El 12 de mayo se reúne con Yeltsin en Moscú para la firma de un tratado de paz que la parte chechena se apresura a presentar como el reconocimiento de la República como “unidad de derecho internacional”, si bien la cuestión del estatus vuelve a estar ausente. En los meses siguientes, MASJADOV rechazará las propuestas rusas de un tratado de unión similar al de la República de Tatarstán, que otorga amplias cotas de autogobierno, e insiste en una salida independentista en términos amistosos.

En la fecha, MASJADOV proclama la República Islámica de Chechenia.

Mientras las negociaciones con los rusos se abocan a un punto muerto, MASJADOV encuentra también crecientes dificultades para consolidarse en el poder. El 1 de enero de 1998 se desprende de la jefatura del Gobierno y nombra a BASAIEV para el cargo, en un intento de aunar apoyos tras colocarse Yandarbíyev, Radúyev, Movladi Udúgov y otros desatacados dirigentes chechenos en el partido antirruso, enemigo de cualquier componenda con Moscú y partidario de una independencia inmediata y reconocida internacionalmente.

En Chechenia, BASAIEV dimite, en la fecha, de su cargo de Jefe de Gobierno. Este hecho, marca el inicio de la ruptura con MASJADOV (que retoma la jefatura del Gobierno) y el enfrentamiento directo de éste con los radicales. En los últimos meses del año MASJADOV reiterará sus críticas a la oposición, a la que acusará de fomentar una cultura de la violencia, generar inestabilidad, provocar a Moscú con el rapto de ciudadanos rusos y tramar con poderes extranjeros la introducción del wahabismo en Chechenia.

MASJADOV sufre un atentado terrorista del que sale ileso.

Entre 1996 y 1999, la administración independentista chechena no ha sido capaz de imponer un gobierno sobre el panorama de ruinas, miseria y desolación resultado de la primera guerra (1994-1996). Los grupos más radicales, capitaneados por el comandante Shamil BASAIEV, han tomado el control. Por su parte, Moscú no sólo no ha financiado la reconstrucción del territorio, sino que ha abandonado a su suerte a Aslan MASJADOV, contribuyendo a convertir la independencia de Chechenia en un caos ingobernable, mientras los militares y los servicios secretos rusos, humillados en la primera guerra, esperan la hora de un desquite.