Las conversaciones se reanudaron a fines de noviembre del mismo año, pero no pudieron solucionarse ninguno de los aspectos que se trataron. Las continuas acciones de la guerrilla ya en los albores del siglo XXI demuestran que este problema tiene una difícil solución que esta; muy lejos de alcanzarse.

Por primera vez en la historia de El Salvador, un presidente, en esta ocasión el honor corresponde al democristiano José Napoleón Duarte, consigue ser elegido por mayoría absoluta.

Los ajustes y reajustes estratégicos operados tanto por las Fuerzas Armadas como por el FMLN generan una situación de impase, donde ninguna de las dos fuerzas en contienda logra sobreponerse a la otra. Entre tanto se desarrollan sucesivos y fallidos intentos por abrir el camino de la solución negociada a la guerra. En este periodo se registran los Encuentros de dialogo de la Palma (Departamento de Chalatenango), Ayagualo (Departamento de la Libertad) y La Nunciatura Apostólica (San Salvador).

Ascenso del partido de extrema derecha ARENA en los comicios que se celebran este año, al que se suma la grave enfermedad de Duarte, provocando una interrupción del proceso que se está desarrollando en el campo político.

Reunión en Costa del Sol ( El Salvador), de los presidentes centroamericanos.

Elecciones generales en El Salvador. Alfredo Cristiani Burkard, candidato del partido de ultraderecha Alianza Republicana Nacionalista, es elegido presidente (1989-1994) de la nación por 53,81% de los votos; el movimiento de liberación ha hecho un llamamiento para que se boicoteen las elecciones. Alfredo Cristiani pone como condición para alcanzar una solución política a la guerra civil que la guerrilla deponga las armas. Ésta, por su parte, exige que se despoje del poder a los militares, responsables de numerosos atentados contra los derechos humanos.

Acusaciones del gobierno Duarte contra D’Aubuisson, al que se le hace culpable de instigar el asesinato cometido nueve años antes contra el arzobispo de San Salvador Monseñor Romero.

El 27 de julio de 1989, el Consejo de Seguridad de Naciones Unidas adopta la Resolución 637 en la que expresa su pleno apoyo a los esfuerzos del Secretario General a fin de que continúe con su misión de buenos oficios en búsqueda de la paz en Centroamérica. Con lo cual queda abierto el camino para una activa participación de la ONU en la búsqueda de una solución negociada del conflicto en El Salvador.

El 15 de septiembre de 1989 las partes en conflicto reunidas en México, logran alcanzar un “acuerdo para entablar un proceso de diálogo con el objeto de poner fin por la vía política al conflicto en El Salvador”.

En noviembre de 1989 el FMLN lanza su mayor ofensiva militar de la guerra, conocida como “Al tope y punto”, la cual lleva el enfrentamiento a la capital y a las principales ciudades durante varias semanas. El gobierno de Alfredo Cristiani que ha llegado al poder apenas en junio de ese año entra en crisis y en el contexto de lo que considera será la inminente caída de San Salvador en poder de la guerrilla, miembros del Alto Mando de la Fuerza Armada ordenan a elementos del Batallón Atlacatl ejecutar el asesinato a sangre fría de los padres jesuitas de la Universidad Centroamericana José Simeón Cañas, hecho que conmueve al país y al mundo y contribuye a incrementar las presiones internacionales a favor del fin de la guerra civil. Como resultado de los intensos enfrentamientos de noviembre y diciembre de 1989, se modifican patrones que se han mantenido a lo largo de una década de confrontación política, militar y diplomática. Como resultado de los intensos enfrentamientos de noviembre y diciembre de 1989, se modifican patrones que se habían mantenido a lo largo de una década de confrontación política, militar y diplomática.