Indonesia, en la fecha, se anexiona a Timor Oriental y lo convierte en su 27ª provincia. Las Naciones Unidas no reconocen la anexión. El Treftin organiza su guerrilla: el Falantil.

El líder independentista José Xanana Gusmao, líder independentista, es condenado a 20 años de prisión.

Portugal e Indonesia dialogan, bajo los auspicios de la ONU, sobre Timor Oriental. Suharto forma una comisión de derechos humanos.

El obispo de Dili, Carlos Ximenes Belo, y el portavoz de la resistencia en el exterior, Xosé Ramos-Horta, son galardonados con el premio Nobel de la Paz. La comisión oficial de derechos humanos reconoce abusos de los militares en Timor y se abre un proceso de consejos de guerra.

La guerrilla timoresa intensifica sus actividades. Caos en Yakarta entre el 12 y el 21 de mayo, con un millar de muertos, sobre todo a causa de la represión militar. Los estudiantes ocupan el Parlamento y Suharto, en la fecha, dimite en favor del vicepresidente Yusuf Habibie, que retira tropas de Timor y libera presos políticos.

La caída de Suharto y la presión internacional hacen posible que Yakarta cambie su política con Timor Oriental. Indonesia propone una autonomía y abre la puerta a la independencia aceptando la posibilidad de un referéndum sobre Timor Oriental.

Portugal e Indonesia alcanzan un acuerdo, mediado por la ONU, para celebrar una consulta que permita a los timoreses decidir su futuro.

La ONU nunca ha reconocido la anexión de Timor Oriental por parte de Indonesia, un hecho que preocupó muy poco a la dictadura dadas sus buenas relaciones con la mayoría de los países occidentales. En el referéndum convocado por las Naciones Unidas el 30 de agosto, los timoreses optan por la independencia al decir no a la autonomía ofrecida por Yakarta. Las consecuencias son conocidas: los paramilitares indonesios guiados por su Ejército respondieron matando y deportando a timoreses. El conflicto tiene sus raíces en intereses occidentales y en factores internos de la propia Indonesia.

Referendum auspiciado por las Naciones Unidas que terminan en Timor Oriental con casi cinco siglos de dominación extranjera. Se termina también, una sangrienta ocupación indonesia que, aprovechando la desordenada marcha de los portugueses, había invadido Timor Oriental en 1975. El 78,5% de la población vota, pese a las presiones del régimen militar indonesio, rechazando la autonomía, lo que equivale a votar por la independencia.

Con el paso del tiempo, el factor que más debe pesar en el régimen indonesio para impedir la independencia de Timor Oriental es el temor a un estallido del Estado, el cuarto más poblado en el mundo. Otras minorías, especialmente en Irian Jaya, Aceh, las Molucas o Kalimantan, donde ya se han registrado conflictos étnicos, podrían seguir su ejemplo en caso de que Timor se declarara soberano. Al mismo tiempo, los líderes de Yakarta no quieren demostrar debilidad en un momento en que, debido a la crisis económica, pueden producirse estallidos sociales. Los militares, con gran poder en el país pese a que Suharto intentó relegarles algo, son probablemente los que defienden posiciones más duras.