En 1969, el Presidente Shermaarke, un miembro del clan Daarood del sur, es asesinado por un soldado del sub-clan rival Majeerteen. Su primero ministro, Muhamed Ibrahim Egal, un Issaq del Norte, intenta tomar el mando del país pero las luchas parlamentarias y ministros del gobierno se lo impiden. Washington presta suma atención a todo lo que ocurre en Somalia, pero la rivalidad con los soviéticos multiplica su importancia cuando en medio de la confusión, el general Mohamed Siad Barré, seis días después del asesinato de Shermaarke y al día siguiente de sus funerales, organiza un golpe de estado el 21 de octubre de 1969 haciéndose con el gobierno del país (1969-1911)

Haile Selassie, negus de Etiopía, muere en la fecha,  en circunstancias no del todo esclarecidas. El Consejo de la Corona de Etiopía asegura que el emperador fue encarcelado y luego asfixiado hasta la muerte por sus captores el 27 de agosto de 1975. Según la prensa internacional su cuerpo es enterrado bajo el suelo de un baño del Palacio Imperial y en febrero de 1992 sus restos serán exhumados para ser sepultados en la Catedral de la Santísima Trinidad en Addis Abeba. El régimen que lo ha derrocado se orienta hacia una república socialista, adoptando numerosas medidas radicales.

En 1977, Siad, presidente de Somalia, decide emprender una guerra contra Etiopía para hacerse con el territorio de Ogadén, habitado por somalis. Las tropas de Siad rápidamente se hacen con el 90 % del territorio de Ogadén. Los dos estados africanos están situados estratégicamente en el ángulo oriental del continente que flanquea los accesos al petróleo del golfo Pérsico pasando por el mar Rojo.

Ante el ataque de los somalís, el gobierno etíope consigue, en la fecha, la ayuda de la Unión Soviética y de Cuba y el ejército somalí -que recibe ayuda de EEUU.- es ampliamente derrotado en la misma fecha lo que lleva al régimen de Siad a un gran debilitamiento político.

Ante la perspectiva de una derrota, Somalia ordena el alto el fuego y la retirada de la provincia de Ogadén, en poder de los rebeldes.

En 1979, con la invasión soviética de Afganistán, la Administración Carter hizo de Somalia (base de Berbera) un pilar de la defensa del golfo Pérsico.

En 1981, se crea el Movimiento Nacional Somalí (SNM), por desterrados del clan Issaq en Londres,

Acuerdo de paz entre Etiopía y Somalia, que pone fin a hostilidades durante diez años entre ambos países. Tres años después Etiopía recibirá huidos de Somalia por problemas interiores

En mayo de 1988, el Movimiento Nacional Somalí (SNM), creado en 1981 por desterrados del clan Issaq en Londres, lanza una rebelión contra el régimen de Siad. Los Issaq del norte se sienten muy descontentos con la política llevada por Siad que ha impuesto a miembros del clan del sur en los puestos fundamentales de la administración del norte. Tropas del clan del sur reprimen la rebelión matando a un gran número de civiles, violando a las mujeres y destruyendo pueblos enteros.

En Somalia, con la huida de Siad BARRÉ no llega la paz al pais. El Congreso de la Unión Somali (USC), apoyado principalmente por el clan Hawiye, exige el puesto de presidente para uno de sus líderes y otros clanes se oponen. De nuevo estalla la guerra entre los señores de la guerra o jefes de los clanes que, salvo intervalos, no cesará e impedirá la existencia de un poder Central desde 1991.