Yeltsin, una vez confirmado como presidente, su salud hace aguas y la lucha por el poder la libran entre bastidores los dos hombres fuertes del Kremlin: el primer ministro, Viktor Chernomirdin y el presidente del Consejo de Seguridad y figura emergente en las presidenciales de junio, el general Alexander Lebed.

Explota una bomba en un trolebús en Moscú. 28 muertos.

En agosto de 1996, YELTSIN, cada vez más débil de salud, saca fuerzas para encomendar al general Alexander LEBED, presidente del Consejo de Seguridad tras sus excelentes resultados electorales, la pacificación de Chechenia. Lebed, que se opone a una intervención masiva del ejército ruso, emprende unas difíciles negociaciones con el jefe del Estado Mayor de las fuerzas separatistas, Aslan MASJADOV. LEBED se juega todo a una carta, no en vano en Chechenia se libra en este momento la batalla por el poder de Moscú.

Finalmente, los separatistas chechenos aceptan, en la fecha, congelar su proclamación de soberanía cinco años -hasta 2001- y dejar tiempo a buscar una solución definitiva al conflicto. En ochenta mil se calcula el número de muertos ocasionados por la intervención rusa en Chechenia de 1994 a 1996. En este periodo de transición se procederá a la retirada de las tropas, en primer lugar. Un pequeño reducto formado por unos 600 hombres rusos y chechenos velarán por la seguridad en Grozni, y se creará un Consejo Administrativo formado por representantes de todos los partidos políticos y movimientos sociales. En el año 2001 se retomarán las negociaciones con vistas a convocar un referéndum. Son los llamados Acuerdos de Jasaviurt (Daguestán) firmados el 31 de agosto.

Desmilitarizada Grozny (en la práctica, la retirada la hacen las tropas rusas), el 19 de octubre se constituye un Gobierno de coalición -hasta las próximas elecciones de enero 1997- que trata de conciliar las diferentes fracciones chechenas y cuya presidencia recae en MASJADOV. Este ejecutivo se contrapone al poder del radical Zelimján Yandarbíyev, sustituto en la presidencia del fallecido Dudáyev. Yandarbíyev es considerado simpatizante de las prácticas terroristas de los comandantes guerrilleros Shamil Basáyev y Salman Raduiev, que han ganado renombre por las espectaculares tomas de rehenes en Budennovsk (junio de 1995) y Pervomaiskoe (enero de 1996).

El 23 de noviembre MASJADOV se desplaza a Moscú para firmar con el primer ministro ruso Víktor Chernomyrdin un acuerdo interino regulatorio de las relaciones ruso-chechenas en las materias de economía, comunicaciones y refugiados. En este estadio, Moscú parece resignarse a una independencia de facto de Chechenia -de hecho el acuerdo de Jasavyurt tan sólo hablaba de posponer cualquier decisión sobre el estatus final hasta el 31 de diciembre de 2001-, en tanto las autoridades de Grozny le han dado garantías para la extracción y procesado del petróleo checheno y la seguridad del tramo local del oleoducto Bakú-Novorossiisk, cuya integridad es vital para poder competir con la ruta georgiano-turca en el transporte del prometedor petróleo azerí.

En enero de 1997, los grecochipriotas se suman a la escalada militar suscitada entre Grecia y Turquía anunciando que se disponen a comprar a Rusia un contingente de misiles para la defensa antiaérea. En Chipre se vive, pues, un momento de especial conflictividad durante la llamada «crisis de los misiles». Turquía se considera en peligro y amenaza con atacar el sur de la isla si el gobierno de Nicosia los instala. El conflicto se resuelve diplomáticamente, al aceptar los grecochipriotas que los misiles se instalen en Creta, desde donde no pueden alcanzar el espacio aéreo de Ankara.

En Chechenia, en enero de 1997, se celebran elecciones presidenciales y legislativas. Son ganadas por Aslan MASJADOV con el 59,3% de los votos, seguido por BASAIEV y Yandarbíyev. El 12 de febrero toma posesión de la presidencia, a la que añade de nuevo la jefatura del Gobierno. Reanuda de inmediato los contactos al más alto nivel con el gobierno ruso.

A finales de mayo de 1997, los primeros ministros de Rusia y Ucrania alcanzan un acuerdo para poner fin al conflicto. De acuerdo con los términos del tratado, Rusia adquiere el 80% de la flota y se le garantiza durante un periodo de 20 años el uso, en régimen de arrendamiento, del puerto de Sebastopol. Los dos países mantendrán sus respectivas flotas de guerra en diferentes bahías del puerto para evitar conflictos. Poco después de haber alcanzado el acuerdo, ambos gobiernos firman un tratado de amistad y cooperación.

El perfil de moderado de MASJADOV se refuerza en sus primeras actuaciones dirigidas a restablecer el orden interno, siempre amenazado por la profusión de armas, la rivalidad entre los clanes tradicionales y el bandidismo, someter a las unidades guerrilleras renegadas y alcanzar un modus vivendi con las autoridades del Kremlin. El 12 de mayo se reúne con Yeltsin en Moscú para la firma de un tratado de paz que la parte chechena se apresura a presentar como el reconocimiento de la República como “unidad de derecho internacional”, si bien la cuestión del estatus vuelve a estar ausente. En los meses siguientes, MASJADOV rechazará las propuestas rusas de un tratado de unión similar al de la República de Tatarstán, que otorga amplias cotas de autogobierno, e insiste en una salida independentista en términos amistosos.