En Burundi, donde los tutsis nunca han dejado el poder, en 1993 se celebran las primeras elecciones democráticas y gana la mayoria hutu.

En 1993, en Ruanda el Gobierno y el Frente Patriótico Ruandés (FPR) firman un fragil acuerdo de paz. Los acuerdos no se cumplen, hay numerosos asesinatos políticos. De hecho, ambos bandos cuentan con “halcones” contrarios a los acuerdos. Una misión de l’ONU (MINUAR) substituye a las tropas francesas presentes desde 1990. Golpe de estado tutsi en Burundi. Las dos identidades del país, hutus y tutsis, recelan entre sí luego de décadas de enfrentamientos. Se forma un gobierno provisional, miles de exiliados armados volverán desde Uganda y habrá elecciones. La ONU se ocupará de controlar el proceso. El teniente general canadiense Romeo Dallaire es encargado de la misión.

Romeo Dallaire solicita un contingente de 5.500 efectivos para poder controlar una situación que se está haciendo explosiva en Ruanda, dado que grupos extremistas hutus quieren boicotear el proceso de paz y lanzar una matanza contra los tutsis y hutus moderados. Dallaire, a pesar de su llamamiento a la ONU, a Francia, a EEUU. y a otros países, no consigue las fuerzas solicitadas. El resultado será una terrible matanza.

La guerra encubierta que tiene lugar en Burundi desde 1962, llega a su punto álgido en 1993, cuando el hutu Melchior Ndadaye, vencedor de los primeros comicios democráticos celebrados en dicho año, es asesinado tan sólo cuatro meses después de haber sido nombrado presidente.

El primero de junio de 1993 tienen lugar elecciones en Burundi. Estas son ganadas, con un 71% de los votos, por Melchoir Ndadaye del FRODEBU (Frente para la Democracia en Burundi), en su mayoría hutus. La UPRONA, dominada por los tutsis, pierde estrepitosamente las elecciones. En las semanas posteriores, y para continuar con el ambiente de concordia, Ndadaye (hutu) llama como primera ministra a una mujer tutsi, y el gabinete de Gobierno cuenta en sus filas con nuevos miembros tutsis. Pero, este clima de concordia no durará mucho. El mes de julio del mismo año se producirá un intento de golpe de Estado por parte de partidarios del antiguo presidente Buyoya (tutsi).

En Burundi, en octubre de 1993, se produce una revuelta por parte de militares desafectos con el Gobierno. Como consecuencia de esta revuelta muere el presidente Ndadaye (hutu), y se reproducen los enfrentamientos entre tutsis y hutus, que causarán aproximadamente más de 150.000 muertos y entre 800.000 y un millón de refugiados que huyen a Ruanda, Tanzania y Zaire. La ONU, la OUA y la UE condenan el golpe y estudian sanciones.

A principios de 1994, la Iglesia católica consigue que el FRODEBU y la UPRONA entablen conversaciones. Después de una larga negociación llegan a un nuevo acuerdo para compartir el poder en Burundi. De este acuerdo sale como presidente Cyprien Ntaryamira (hutu) y muchos tutsis acceden a lugares importantes en el Gobierno. Pero los problemas más importantes se dan en el interior del Ejército (mayoritariamente tutsi) que pone muchos reparos para la aceptación de elementos hutus. Al mismo tiempo, el Gobierno castiga a los oficiales involucrados en la violencia contra los hutus, y eso tampoco agrada a los militares.

El 6 de abril de 1994, el presidente de Ruanda, Juvenal Habyarimana (hutu), y el presidente de Burundi, Cyprien Ntaryamira (hutu), mueren cuando un misil tierra-aire destruye el avión en el que viajan, a 10 kilómetros de la capital de Ruanda, Kigali. Esta acción es la chispa que hace estallar el polvorín ruandés donde se producirán 800.000 muertos y más de dos millones refugiados. La autoría de este magnicidio es atribuida a diferentes actores según las versiones, lo único cierto es que continuará siendo una incógnita años después. A continuación, en Ruanda, rebeldes, milicias radicales y militares de la mayoría hutu, cometen un terrible genocidio contra la minoría tutsi en el gobierno. Después se refugian en el este del Zaire (después República Democrática del Congo RDC), desde donde los extremistas hostigarán al nuevo poder ruandés.

Inmediatamente después del doble magnicidio, grupos minoritarios hutu radicalizados empiezan a masacrar a la población tutsi. Al mismo tiempo en el norte del país el ejército tutsi, que estaba esperando el disparo de salida, inicia una ofensiva fulminante y en todo el territorio por donde pasa mata a toda la población hutu que encuentra. La versión de los hechos que se presenta al resto del mundo es que los presidentes han sido asesinados por los extremistas hutu, los cuales han preparado y ejecutado un genocidio contra los tutsis. Se dice que han muerto cerca de 800.000 tutsis y hutus moderados en manos de los extremistas hutu, sin decir nunca que el ejército tutsi también ha masacrado a muchísima población, tutsis inclusive. Es muy importante entender esto: los tutsis de la clase dominante son quienes han provocado constantemente esperando que los hutus más radicales, en venganza, empiecen a matar tutsis del interior del país para tener así un motivo de ataque y poder presentarse como víctimas, recibiendo el soporte internacional, cuando la única víctima ha sido el pueblo sencillo del interior del país, tanto hutu como tutsi.

En Burundi, otro hutu, Sylvestre Ntibantunganya, sustituye al presidente asesinado, pero la violencia se intensifica y se producen a los largo de los próximos años diversos cambios de gobierno.