La Liga de Mayapan, dura hasta que, por rivalidades políticas y económicas, surge la lucha entre el oriente (Chichén ltzá) y el poniente (Mayapan) de la Península, absteniéndose de tomar parte en la contienda el miembro xiú. Mayapan saldrá vencedora y tendrá la preponderancia política durante los dos y medio siglos siguientes (1194-1441), constituyendo una verdadera tiranía cocom y que abarcará todo el “Nuevo Imperio” II.

Por fin, en 1441, los jefes mayas sometidos a los cocomes, no soportan más la tiranía de éstos y, aliados a los xiúes, atacan Mayapan y terminan con el gobierno centralizado. Se produce entonces una desorganización política completa. Los grandes centros son abandonados y Yucatán se divide en muchas provincias pequeñas que viven en pugna constante. Éste es el principio del período de Desintegración o “Nuevo Imperio III” (1441 a 1697): a los conflictos internos se añadirán en el siglo siguiente calamidades naturales que empeorarán cada vez más la situación: huracán (1464), epidemia de peste (1480), mortandad debida a guerras (1496) y plaga (1516).

Francisco de MONTEJO inicia la conquista española de Yucatán. Sólo quedan grupos de mayas en lucha constante. No obstante la conquista de Yucatán durará diecinueve años, hasta 1546.

Sin embargo, el país maya no será dominado por completo por los españoles, hasta que los últimos itzás, refugiados en Tayasal, en el Petén guatemalteco, son reducidos en 1697.