Estalla en Roma una sublevación contra los tusculanos , debida en parte a la escandalosa conducta del Papa, y en parte al resentimiento ocasionado por la prepotencia y la arrogancia de su familia. Esta sublevación obliga al papa BENEDICTO IX a salir huyendo de la ciudad.

Ante la huida de Roma del papa BENEDICTO IX, los romanos, dirigidos por los Crescencio ponen en el trono al obispo de Sabina, SILVESTRE III -antipapa- (20.1.1045 -10.3.1045).

Las ideas reformadoras de GREGORIO VI no pueden, sin embargo, ser desarrolladas al no contar con el necesario apoyo de ENRIQUE III quien, partidario también de la necesidad de reformar la Iglesia, no considera a GREGORIO como el papa ejemplar para llevarla a cabo. Esta desconfianza de ENRIQUE III hacia GREGORIO, unida al hecho de que BENEDICTO IX trata de recuperar el solio pontificio y que SILVESTRE III no ha renunciado tampoco, de forma explícita, decide el rey alemán, incitado por Odilón de Cluny y por el eremita Guntero, a convocar un sínodo en Sutri, en la fecha, y otro en Roma seis días después, valiéndose de los poderes que le atribuía el Privilegium Othonis, en ellos depone a BENEDICTO IX -aunque éste ya había renunciado- y a SILVESTRE III, al que encierra en un monasterio, y, por otra parte, obliga a abdicar a GREGORIO VI quien es desterrado a Colonia acompañado del clérigo Hildebrando, futuro Gregorio VII.

Al abdicar Gregorio VI, aprovecha la ocasión BENEDICTO IX para volver sobre su abdicación y proclamarse nuevamente papa, al tiempo que el antiguo antipapa SIVESTRE III, promovido por los CRESCENCIO, reclama para sí la silla de Pedro. Ante tal confusión, y reclamado por los elementos más sanos de la Iglesia, el nuevo emperador ENRIQUE III el Negro, convoca, para la fecha, un sínodo en Sutri, al norte de Roma, y en él se decide que BENEDICTO IX, aunque papa legítimo, ya ha abdicado, y que SILVESTRE III nunca ha sido legítimo, por lo que ambos son depuestos definitivamente. SILVESTRE III es encerrado en un monasterio.