Durante el reinado de JUAN III se introduce la Inquisición en Portugal que funciona como instrumento de la política centralizadora, dirigida en parte contra los judíos, cuyo poder financiero pone obstáculos a la interferencia del Estado en la actividades económicas. Encargada de la censura ideológica, la inquisición constituye una barrera para la difusión de las ideas nuevas y el movimiento científico se interrumpe.
