Habiendo sido nombrado nuevo Virrey el Duque de Cardona, y aunque viejo y enfermo, acepta el cargo que ha ejercido ya en dos ocasiones. Acude a Perpinyà para castigar los desmanes, ordenando la prisión de los capitanes Arce y Moles. Pero desaprobada su actuación por OLIVARERS, el de Cardona parece ser que no supera la tensión del momento y fallece unas semanas después.

Esta es la ocasión que Olivares está esperando desde hace lustros para conquistar Catalunya e imponerle las leyes de Castilla. PAU CLARIS, presidente de la Generalitat, se entera de que en el Bajo Aragón FELIPE IV prepara un gran ejército contra Catalunya. Convoca una Junta General de Braços que queda abierta el 10 de setiembre de 1640. Asiste un gran número de pueblos que no tienen derecho de presencia en las Cortes. Se estructura en una sola asamblea, con voto individual y una clara mayoría del brazo popular. Esta asamblea, legitima y organiza el rompimiento con FELIPE IV y aprueba los pactos con Francia. Hay que tener en cuenta que la Corona de Aragón es una unión entre rivales recelosos, cada uno con su Parlamento, sus leyes y su idioma y con un sentimiento de solidaridad muy limitado, hasta el punto de que en las cortes valencianas y aragonesas se votan donativos para ayudar a FELIPE IV a sofocar la revuelta de Catalunya

Aunque Felipe II prometió regir Portugal con funcionarios portugueses y con arreglo a las leyes portuguesas, y mantuvo sus promesas, sus sucesores Felipe III y Felipe IV han dejado sentir un control español cada vez más pesado. En Portugal crece el descontento y cunde la desmoralización. Y algunas partes de su imperio ultramarino empiezan a escapársele para caer en manos holandesas. Las rebeliones de 1634 y 1637 han sido reprimidas. Pero en 1640, cuando la atención española está enteramente absorbida por el levantamiento de Catalunya, el 1 de diciembre, Portugal aprovecha la ocasión para alzarse y proclamar rey a Juan de Braganza (1604-1656), tataranieto de Manuel I, que había reinado 125 años antes. El nuevo monarca toma el nombre de Juan IV. Francia e Inglaterra se apresuran a reconocer la independencia portuguesa (puesto que servirá para debilitar a España, con la cual ambas naciones mantienen una prolongada enemistad), y su ayuda permitirá a Portugal invadir España y derrotarla en 1644. Con ello la independencia portuguesa quedaba asegurada, si bien España se negará obstinadamente a reconocerla durante un cuarto de siglo.

JUAN IV el Afortunado, rey de Portugal, comienza una guerra con España, que durará más de veinticinco años, para conseguir el reconocimiento de su independencia.

Se produce la separación de Portugal de la Corona de España, unificados en 1581 por Felipe II. Los ceutíes que se consideran portugueses, creen que su legítimo soberano es el rey FELIPE (IV de España, III de Portugal), y por tanto le siguen guardando fidelidad, después de realizar al respecto un referéndum. Para recompensar esta adhesión, el monarca otorga a la ciudad el título de Noble, Leal y Fidelísima. Junto con Ceuta pasa también bajo dominio español la isla de Perejil adscrita a la ciudad de Ceuta y, por tanto, sujeta a todos sus avatares, situada a 150 m de la tierra marroquí y a 4 km al oeste de Ceuta. Esta pequeña isla deshabitada de forma triangular y pedregosa tiene una importante posición estratégica en la zona del estrecho, por lo que durante siglos será apetecida por varias potencias. Desde este momento, sin embargo, la isla de Perejil no tendrá ocupación efectiva hasta finales del siglo XVIII.

La restauración de la independencia portuguesa en 1640 da paso a la guerra luso-neerlandesa (1641-1651).

Barcelona festeja la toma de las trece banderas al ejército real ofreciendo una a la Virgen del Buen Suceso, otra a Santa Eulalia, su patrona, y depositando las restantes en el palacio de la Diputación. En este mismo día, llega a Barcelona, de paso para Roma, un embajador de Portugal. Este reino ha conseguido ya su independencia de España -aunque todavía no ha sido reconocida por este país- y ha sido proclamado rey JUAN IV de Braganza. En nombre de este monarca el embajador ofrece su auxilio a Catalunya, lo que llena de gozo a la ciudad condal.

La Junta General de Braços constituye al mismo tiempo, una Junta de Guerra formada por catalanes y franceses bajo la presidencia del “Conseller en cap” JOAN PERE FONTANELLA con plenos poderes para organizar la defensa del Principado. Se organiza la estructura militar territorial y las compañías de almogávares. En la defensa de Barcelona se singulariza la Coronela, o milicia urbana.

La Junta General de Brazos constituye una Junta de Hacienda el 13 de septiembre de 1641 que, en las semanas siguientes, tomará medidas para financiar la guerra. Por un lado, se emitirá deuda pública (censals). Por otro lado, se reorganizará el sistema fiscal, con la creación de nuevos impuestos, como el batallón, que gravará también a los privilegiados.

En la fecha, se firma en Perona un tratado por el cual LUIS XIII de Francia recibe bajo su obediencia y amparo el Principado de Catalunya y los condados de Cerdanya y el Rosellón, con la precisa condición de guardar sus fueros, libertades y privilegios, pasando el mariscal Brezé a ser el virrey de Francia en Barcelona. Las autoridades francesas, en efecto, respetan las instituciones catalanas, y tienen buen cuidado de que, en las principales instituciones, no puedan aparecer dirigentes ?
partidarios de España.