A Juan V de Portugal, le sucede su hijo JOSÉ I el Reformador (1750-1777). Intenta modernizar el país, su administración y ejército, aunque no logra sacarlo de su dependencia económica respecto de Gran Bretaña.

Sebastián José de Carvalho e Melo, marqués de Pombal, es nombrado ministro de Asuntos Exteriores en Portugal. Al contrario que su padre, JOSÉ I le tiene en gran aprecio y le confía gradualmente el control del estado. En efecto, JOSÉ I encuentra en Sebastián de Carvalho una persona deseosa de tomar a su cargo las tareas de gobierno y así se lo permitirá durante todo su reinado.

En 1755, Sebastián de Melo ya es primer ministro del reino. Gobierna con mano de hierro, imponiendo la ley a todas las clases sociales, desde los más pobres hasta la alta nobleza. Impresionado por el éxito económico inglés, intenta, con éxito, implementar medidas que actúen del mismo modo en la economía portuguesa. La región demarcada para la producción del vino de Oporto, primera región que asegura la calidad de sus vinos, data de su gobierno. En su gestión, Pombal pone en práctica un vasto programa de reformas, cuyo objetivo es racionalizar la administración sin debilitar el poder real. Para alcanzar dicha meta, el ministro incorpora las nuevas ideas divulgadas en Europa por los iluministas, pero al mismo tiempo conserva aspectos del absolutismo y de la política mercantilista. Pombal es un ministro “déspota benévolo”. Es dictatorial y duro, si bien hace cuanto puede para fomentar el comercio y la industria y para mejorar la situación económica de Portugal.

Un terremoto de 8,7 grados de la escala de Richter, uno de los más violentos de los tiempos modernos, afecta Lisboa, demoliendo todas las casas de la parte baja de la capital. Un tsunami (o maremoto) se abate sobre ella desde el océano, y le siguen otros dos seísmos, tras los cuales se declaran diversos incendios. Mueren 70.000 personas y la ciudad queda devastada. La mortandad queda agravada por hallarse muchas de las víctimas en los templos, y motiva la “protesta contra el cielo” de Voltaire. El movimiento se deja sentir en un área de casi dos millones y medio de kilómetros cuadrados, produciendo daños sustanciales en Marruecos, además de Portugal. Con notable energía, Pombal organiza los socorros, consiguiendo suministros, construyendo refugios, levantando tiendas, montando hospitales y ordenando al ejército que preste la ayuda necesaria. A continuación, supervisa la reconstrucción de la ciudad, creando así una Lisboa más hermosa en el lugar de la antigua. El oro de Brasil permite la rápida reconstrucción de la ciudad, dirigida por Pombal que desde este momento dirige la política del país.  Al ser el primer terremoto cuyos efectos sobre un área grande fueron estudiados científicamente, señaló el nacimiento de la sismología moderna.

Sebastián José de Carvalho e Melo Pombal desencadena una dura represión contra los miembros de la nobleza portuguesa. En la fecha, se produce un frustrado atentado en Lisboa contra el rey JOSÉ I. Éste regresa de ver a su amante y tres hombres a caballo le disparan, hiriéndole en un brazo. Existen otras versiones del atentado, lo que demostraría la existencia de ciertas manipulaciones.

En la fecha, se apresa a los causantes del atentado que tuvo lugar el pasado 3 de septiembre contra el rey JOSÉ I. El duque de Aveiro es apresado como autor material del atentado. En los días siguientes son encarcelados miembros de la nobleza, implicados en el asunto, incluso la condesa de Tavora, amante del rey. Incluso el P. Malagrida es encarcelado. Esa noche, las casas y colegios de jesuitas son cercados por el ejército, se recogen los archivos de estas casas y se confina a los religiosos en los recintos. Se explica al pueblo la existencia de un complot por una parte de la nobleza, en connivencia con los jesuitas, para dar un golpe de Estado asesinando al rey. Se dice que la marquesa de Tavora se halla bajo la instigación de su padre espiritual, el jesuita Malagrida.

En la fecha, se dicta sentencia por el atentado contra el rey JOSÉ I de Portugal. El duque de Aveiro y sus hijos son condenados a ser descuartizados y quemados, siendo sus bienes requisados y sus títulos borrados de la heráldica. Igual suerte corre el marqués de Tavora. Y detrás de todo se halla la Compañía de Jesús, por ser defensora del tiranicidio. Pombal encuentra así la excusa para actuar sobre los jesuitas.

En la fecha se expide un real decreto confiscando todos los bienes de la Compañía de los dominios portugueses de Portugal, Asia y América, y se encarcela a los jesuitas.

En la fecha, el Marqués de Pombal, primer ministro de Portugal, gestiona con Clemente XIII la obtención de un breve para proceder contra los jesuitas, acusados de lesa majestad. El Papa no accede, porque Pombal quiere extenderlo a toda la Compañía en Portugal, y no sólo para los jesuitas involucrados. Pombal llena el país de propaganda antijesuítica.

Un año justo después del atentado se decreta la expulsión de los jesuitas de Portugal. Salen en embarcaciones con rumbo a los Estados Pontificios. El Papa se ve obligado a aceptarlos, sentando un precedente que Carlos III no olvidará. En Italia, los jesuitas italianos se ven ante una difícil posición: no saben si acogerles o desentenderse de ellos. Los jesuitas españoles enviarán dinero a Roma para ayudar a sus correligionarios portugueses.