El papa INOCENCIO IV convoca el 3 de enero de 1245, nada más llegar a la Lyon, el I Concilio ecuménico de Lyon pese a la oposición del emperador. Sitiéndose fuerte, INOCENCIO IV procederá a realizar nuevas acusaciones contra el emperador durante la celebración del concilio.

I Concilio Ecuménico de Lyón (XIII Concilio Ecuménico) convocado por INOCENCIO IV. Asisten 140 obispos y varios embajadores de reyes. Se impone un tributo para la cruzada. Entre los temas doctrinales, destaca la definición de “Purgatorio” como un lugar y un tiempo, recogiendo las ideas de (1Cor 3;13-15) y de (2Mac  12;43-46). También se trata la reforma del clero y se regula el proceso de los juicios eclesiásticos.

Entre otros acuerdos adoptados en el I Concilio Ecuménico de Lyon, se depone al rey de Portugal SANCHO II el Capelo por su oposición al poder de la Iglesia. El Papa INOCENCIO IV designa para sucederle al conde Alfonso de Bolonia (el futuro ALFONSO III), hermano del monarca.

El tema principal del Concilio Ecuménico de Lyón (13º Concilio Ecuménico) son los delitos de FEDERICO II que está defendido en esta ocasión por su canciller Tadeo de Suessa. Se le acusa de herejía, sacrilegio, alianza con el sultán, lujuria y perjurio. FEDERICO II es declarado usurpador de bienes y opresor de la Iglesia. En la fecha, es excomulgado y depuesto prohibiendo que ningún rey lo reconozca como emperador. Tadeo de Suessa apela a una papa futuro y a un Concilio “verdaderamente ecuménico”. INOCENCIO IV, dicta la bula Agni sponsa nobilis para declarar el poder supremo de la Iglesia frente a los gobernantes. FEDERICO organiza tropas para enfretarse al papado. INOCENCIO, por su parte, pretende organizar una cruzada contra el propio emperador movilizando a los príncipes alemanes.