El gesto de JUAN GRACIANO al dotar con su dinero a BENEDICTO IX para forzarlo a la abdicación fue tan bien visto por los elementos más influyentes de la Iglesia que el rico arcipreste fue elegido para suceder al abdicado pontífice. GRACIANO toma el nombre de GREGORIO VI (5.5.1045 – 20.12.1046) y su elevación al solio pontificio fue saludado con alborozo por hombres tan santos como Pedro DAMIÁN.

Las ideas reformadoras de GREGORIO VI no pueden, sin embargo, ser desarrolladas al no contar con el necesario apoyo de ENRIQUE III quien, partidario también de la necesidad de reformar la Iglesia, no considera a GREGORIO como el papa ejemplar para llevarla a cabo. Esta desconfianza de ENRIQUE III hacia GREGORIO, unida al hecho de que BENEDICTO IX trata de recuperar el solio pontificio y que SILVESTRE III no ha renunciado tampoco, de forma explícita, decide el rey alemán, incitado por Odilón de Cluny y por el eremita Guntero, a convocar un sínodo en Sutri, en la fecha, y otro en Roma seis días después, valiéndose de los poderes que le atribuía el Privilegium Othonis, en ellos depone a BENEDICTO IX -aunque éste ya había renunciado- y a SILVESTRE III, al que encierra en un monasterio, y, por otra parte, obliga a abdicar a GREGORIO VI quien es desterrado a Colonia acompañado del clérigo Hildebrando, futuro Gregorio VII.

El Papa GREGORIO VI fallece en noviembre de 1047.