Los representantes de las ciudades castellanas se reúnen en Avila. Asisten catorce delegados de ciudades y villas, con voto en Cortes, constituyéndose la Santa Junta el 25 de julio de 1520, presidida por el caballero toledano Pedro Lasso de la Vega, designándose a otro toledano, Juan de Padilla, como capitán general de las milicias ciudadanas. La Santa Junta se declara independiente del gobernador del reino y del Consejo Real, incautándose de las rentas reales para sostener las milicias comuneras. Frente a estos hechos, reacciona el Consejo Real, encargando al jefe del Ejército real que se apodere de los cañones depositados en Medina del Campo.

El 21 de agosto, la población de Medina del Campo, considerando que la artillería sería utilizada contra Segovia, ofrece resistencia a las tropas reales y no entrega las armas. En el enfrentamiento, los realistas prenden fuego a algunas viviendas, dando origen a un gigantesco incendio, que en pocas horas destruye gran parte de Medina del Campo, perdiéndose más de mil casas.

El 22 de agosto los medinenses, aún con tropas imperiales en la ciudad, descuartizan en la calle al regidor Gil Nieto.

El 24 de agosto, Padilla, al frente de sus tropas, entra en Medina del Campo. Estos hechos incrementan la reacción contra el cardenal ADRIANO de Utrecht y el Consejo Real. Muchas ciudades y villas que hasta entonces no habían tomado partido, se unen a Toledo y a la comunidad: Palencia, Cáceres, Badajoz, Sevilla, Jaén, Ubeda, Baeza, etc.

El 3 de septiembre de 1520, tiene lugar la última reunión de la Junta en Avila. Padilla vuelve a Toledo, después de ceder el mando de a Pedro de Girón, noble castellano que, apartado de la línea realista, pasara al bando comunero. En una hábil jugada, para asegurar el apoyo de la nobleza hasta entonces expectante, pero inquieta ante el cariz que va tomando el alzamiento,

El 9 de septiembre de 1520, CARLOS I nombra dos gobernadores, elegidos entre la nobleza castellana, para secundar al regente ADRIANO de Utrecht. Son ellos el Condestable de Castilla Iñigo de Velasco, señor de Burgos y el Almirante de Castilla, Fadrique Enriquez, señor de Medina de Ríoseco.

En la fecha, el condestable de Castilla Iñigo de Velasco se dirige al Rey CARLOS I, informándole acerca de los territorios rebeldes, en los siguientes términos: “Todo cuanto hay de aquí (Briviesca, Burgos) a la sierra Morena, todo está levantado” destacando, además, la lealtad del País Vasco y de la Montaña (Cantabria).

CARLOS I dispone que el almirante de Castilla, Fadrique Enríquez, y el condestable, Íñigo de Velasco, se incorporen a la gobernación y se reorganice el ejército real. El 31 de octubre de 1520, los gobernadores declaran la guerra y se lanzan sobre Tordesillas. La conquista es más fácil de lo esperado. El repliegue de los sublevados no se hace esperar y la captura del castillo de Torrelobatón por las tropas de Juan de Padilla es la última operación comunera de envergadura.

En diciembre de 1520, los Grandes se apoderan otra vez de Tordesillas y vuelven a insistir ante la reina. El marqués de Denia tiene órdenes estrictas de CARLOS I, para que nadie entre en contacto con JUANA; todo lo que ocurre en Tordesillas debe quedar secreto.

El 3 de diciembre, Pedro de Girón, quebrantando la lealtad debida en la dirección de las tropas comuneras, las lleva de Villalpando (Zamora) a Villabrágima (Valladolid), dejando expedito el camino de Tordesillas a las fuerzas realistas, posibilitando su avance hacia esta ciudad, a la que llegan el día 5 de diciembre. Pese al esfuerzo del obispo Acuña y los defensores de Tordesillas, la ciudad cae en manos de las tropas reales. Acuña marcha hacia Valladolid, volcándose a las calles su población que le brinda calurosa recepción.