Tras cuatro meses de retención del personal e invitados en la embajada del Japón en Lima por las fuerzas del Movimiento Revolucionario Túpac Amaru (MRTA), las fuerzas especiales peruanas, dirigidas por el propio presidente Fujimori, toman el edificio al asalto, matando a los terroristas, sólo con la baja de un rehén. Gran éxito personal del presidente.

En octubre de 1998 se firma, el Acta de Brasilia, en la cual el Ecuador y el Perú aceptan la fijación de su frontera en un tramo de 78 km en acuerdo a un dictamen de los Garantes del Protocolo de Rio de Janeiro. En un acto simbólico, el Perú cede al Ecuador como propiedad privada (es decir, sin ninguna soberanía) un kilómetro cuadrado de terreno donde se encuentra Tiwinza. El tratado trae la oposición de varios miembros del gobierno y de la cúpula militar, que tiene que ser reorganizada a raíz de esto. Así mismo la oposición denuncia un manejo poco sincero del conflicto con Ecuador.

Tras una campaña proselitista empañada de acusaciones de fraude, tienen lugar en abril de 2000 las elecciones, en las cuales surge sorpresivamente el economista Alejandro Toledo, líder del movimiento político Perú Posible, que aglutina en torno suyo a los grupos de oposición. Durante la primera vuelta, FUJIMORI supera a su rival. Toledo se niega a participar en la segunda vuelta electoral (sin presentar nunca su renuncia oficial ante el Jurado Nacional de Elecciones) y llama a la población a votar en blanco en ésta, que tuvo lugar en mayo y en la que esta opción alcanzará el 17% de los votos.

A raíz de la victoria de FUJIMORI en las pasadas elecciones del mes de mayo, sus detractores incitan protestas y el 26 de julio, durante la toma de posesión de FUJIMORI, tiene lugar la Marcha de los 4 Suyos -que durará tres días- dirigida por Alejandro Toledo. Durante la marcha, se denuncia la infiltración de matones para desorganizarla y ocurre el incendio de una sede del Banco de la Nación, en el cual mueren 6 de sus empleados. Se especula que el gobierno ha ordenado iniciar el incendio, para acusar de subversivos a los opositores.

Poco después de la nueva elección de FUJIMORI en el 2000, y a través de la compra de un vídeo por parte de grupos opositores, salen a la luz el 14 de septiembre de 2000, evidencias de los actos de corrupción efectuados durante su gobierno por Montesinos, su más leal asesor, mediante vídeos de cámara oculta que Montesinos ordenaba grabar y en los que aparecía sobornando a miembros de otros partidos para que apoyasen a Fujimori.

La situación en Perú obliga a FUJIMORI a convocar el 17 de septiembre nuevas elecciones generales, tanto para la elección de un Presidente como de un nuevo Congreso de la República. En estas elecciones, señala FUJIMORI, no participará. FUJIMORI cesa a Montesinos de su cargo formal como asesor, agradeciéndole los servicios prestados, en un acto que provoca indignación en muchos. Se acusará al presidente por haber supuestamente entregado 15 millones de dólares a Montesinos como indemnización. Poco después, Montesinos viajará a Panamá buscando un hipotético asilo político.

En medio del caos político y la inestabilidad de su presidencia, FUJIMORI viaja el 13 de noviembre a la reunión del APEC en Brunei, Asia, en su condición de Presidente del Perú. Al finalizar esta conferencia, viaja al Japón. Ante el temor de que sea denunciado penalmente por los actos de corrupción de su gobierno y alegando falta explicita de garantías contra su vida; FUJIMORI, desde Tokio remite por fax al Congreso de la República, su renuncia formal y luego, envía un fax a sus partidarios, anunciándoles que renunciaba a la Presidencia de la República.

A FUJIMORI se le acredita haber logrado restaurar la estabilidad macroeconómica del Perú y restaurar la paz y seguridad interna después de la presidencia de Alan García a finales de la década de 1980. Sin embargo, ha sido criticado fuertemente por su particular estilo de gobierno, siendo calificado como autoritario por sus detractores, en especial después del llamado Autogolpe de 1992.

Ante la insólita actuación del presidente de Perú, FUJIMORI, la corrupción descubierta, y una alegada irresponsabilidad, el Congreso de la República decide rechazar la renuncia y declarar vacante la Presidencia de la República aduciendo incapacidad moral y lo inhabilita para ejercer cualquier cargo público por un periodo de 10 años. Fujimori deja la presidencia y huye a Japón.

El quid del asunto está asociado con el éxito del objetivo primordial del plan Colombia: la erradicación de los cultivos de coca u amapola, que junto con el secuestro son la principal fuente de financiación de la guerrilla. La experiencia evidencia que las campañas antinarcóticos en Perú y Bolivia se han traducido en un rápido crecimiento de la producción en Colombia y en la consolidación de poderosos carteles que pusieron en jaque al país. Por ello, los vecinos se preguntan si un triunfo sobre el narcotráfico en Colombia podría significarles una pesadilla si se exporta el problema a su territorio, por ello todos refuerzan militarmente sus fronteras con Colombia.