La Junta General de Brazos constituye una Junta de Hacienda el 13 de septiembre de 1641 que, en las semanas siguientes, tomará medidas para financiar la guerra. Por un lado, se emitirá deuda pública (censals). Por otro lado, se reorganizará el sistema fiscal, con la creación de nuevos impuestos, como el batallón, que gravará también a los privilegiados.

Lo primero que se propone Francia es la conquista de las plazas del Rosellón en poder del ejército español: Colliure, Perpinyà, Salses. La liberación de Catalunya se va consiguiendo y poco a poco, los pueblos, las villas y ciudades del país pasan a la órbita francesa, y en un año, en el verano de 1642, las últimas posesiones de la monarquía hispánica, aparte de Roses que continúa bajo su dominio, se rinden a la superioridad de la alianza franco catalana. Pero a pesar de las entusiásticas felicitaciones oficiales, la alegría dura muy poco. Antes de acabar las solemnidades cívico-religiosas para festejar la conquista, en el Rosellón ya han empezado las protestas ya que el sentimiento es de una nueva ocupación. No es extraño, pues, que cinco semanas después de la entrada de los franceses en Perpignan -en la fecha- ya comiencen a llegar quejas de los cónsules de la ciudad a Barcelona. De los excesos de los tercios se ha pasado, sin solución de continuidad, a los excesos de los soldados franceses que además muestran una grave falta de respeto por las constituciones catalanas que han prometido aceptar

Francia apoya las sublevaciones de Portugal y Catalunya en España y, en la fecha, derrota a los tercios españoles en Rocroi (Las Ardenas-Francia).

En la fecha, FELIPE IV ordena al conde-duque de OLIVARES que salga de Madrid y se retire a sus fincas de Loeches. Esta caída es fruto de una conspiración palaciega, pero ya desde 1640 el rey dirige más de cerca los asuntos de Estado. Retirada la confianza del rey al conde-duque de OLIVARES, la guerra de Catalunya podría haberse terminado en este momento, pero Catalunya encegada en su afán reivindicativo no sabe encontrar la salida política. No obstante, habiéndose mostrado FELIPE IV decidido a respetar a partir de este momento las libertades de Catalunya, la resistencia disminuye.

En Catalunya, el ejército mercenario francés es un verdadero ejército de ocupación, por lo que la población no halla diferencia entre la conducta de las tropas francesas y las españolas.

Todo ello hace que se endurezcan las medidas de seguridad en el interior de Catalunya, lo que, a su vez, aumenta el descontento de su gente. El clero, por lo general, fomenta esa actitud. En la misa muchos curas piden por el rey, sin decir cual, lo que era un modo de referirse a FELIPE IV. Los franciscanos disimulan menos, pues, en sus sermones, amenazan con el infierno a cuantos no le acaten. Las autoridades de ocupación tienen que expulsar a muchos clérigos, incluido el obispo de Vic, Ramón de Sentmenat. También piensan en traer sacerdotes de Francia para sustituir a los de Catalunya.

Los franceses se han hecho con las riendas del poder en Catalunya, instaurando una verdadera dictadura. Habiendo fallecido Pau CLARIS, no les es difícil que unas autoridades complacientes, habiendo fallecido, también, LUIS XIII, rey de Francia, proclamen, en la fecha, conde de Barcelona a su hijo, el nuevo rey de Francia LUIS XIV. Catalunya se convierte, así, en una provincia francesa, lo que hace que más catalanes se sumen a los que ya figuraban en el ejército real. El resto de la población les va creando a los ocupantes problemas cada vez mayores. Ellos mismos atizan el fuego con la arbitrariedad de su gobierno y con el comportamiento de sus tropas, peor que el de los mercenarios de FELIPE IV.

Poco después, FELIPE IV, conoce a sor MARÍA de Agreda, famosa por sus cualidades de santidad y a partir de este momento se inicia una activa correspondencia entre el monarca y la monja, que se convierte en una especie de consejera privada del rey hasta su fallecimiento. En una de sus cartas, fechada el 13 de octubre de 1643, sor MARÍA de Agreda escribe al rey que tras la caída de OLIVARES, debe continuar ejerciendo sus funciones en persona y no distinguir especialmente a ningún ministro en particular. Para reforzar su advertencia, sor MARÍA da a entender que el incumplimiento de este deber divino, constituye un grave riesgo para el alma del monarca. El rey hace suyo el consejo.

En el Roselló, en el Conflent, las peticiones de ayuda a Barcelona no obtienen respuesta. Las relaciones entre Perpinyà (la segunda ciudad de Catalunya en aquellos momentos) y Barcelona, la capital, hace años que son tirantes, ya que el Roselló ha denunciado unos supuestas agravios por parte de la Diputación: abandonamiento de la defensa militar, presión fiscal asfixiante…  Ahora que también Barcelona sufre directamente las consecuencias de la ocupación francesa es impensable que pueda hacer alguna cosa para ayudarlos. A finales de 1643 el cónsul de Perpinyà se dirige directamente a los ministros de París, pero nada más reciben buenas palabras. En realidad, las instrucciones de MAZZARINO son incorporar el norte de Catalunya a la soberanía francesa. Sobre el terreno, la fortaleza militar francesa declina; los españoles han reconquistado Lleida y el Roselló hierve de indignación.

Durante la guerra dels Segadors se suceden diversos lugartenientes franceses, pero desde 1644 el visitador general Pèire de Marca se convierte en el hombre fuerte. La situación interna de Catalunya no es buena, los catalanes empiezan a decepcionarse del dominio francés. En el clero, la nobleza, la burguesía, el pueblo, ningún partido es pro francés. Mientras tanto, el éxito en la guerra va pasando de un bando al otro.