JUAN III de Portugal ha pedido a los jesuitas que vayan a evangelizar las Indias Orientales. FRANCISCO JAVIER, discípulo de Ignacio de Loyola, marcha a Goa, en la fecha.

Navegantes portugueses mandados por Fernán Mendés Pinto llegan al Japón. Llevan el mosquete, cuyo uso se extenderá rápidamente en Japón. Los portugueses son para los japoneses, los «Nanbajin», o sea, «los bárbaros del sur”.

En 1542 desembarcan en Japón los primeros comerciantes portugueses.

Un junco capitaneado por el pirata chino Avón fondea en la protegida bahía de Kagoshima, en la isla de Kyushu, al sur del archipiélago japonés, con tres misteriosos jesuitas al mando del navarro Francico JAVIER. Así empieza una de la epopeyas más fascinantes de relación entre Extremo Oriente y Occidente, bajo el sello del proselitismo religioso. San Francisco JAVIER, a quien acompaña el valenciano Cosme de Torres y el cordobés Juan Fernández, junto al japonés Yajiro, al que han conocido en  Malaca, inicia una propagación del cristianismo. Propósito en el que logrará unos éxitos notables junto con sus compañeros; se habla incluso de un “siglo cristiano” de la historia japonesa. Esto sólo ha sido posible porque los numerosos príncipes provinciales se hacen constantemente la guerra y no se preocupan por los misioneros europeos. Los misioneros entran en contacto con los japoneses procurando no ofenderlos y respetando sus costumbres. Tendrán una acogida favorable.

El Japón lleva a cabo una campaña en Corea que tropieza con la resistencia china y que contribuye a debilitar aún más el poderío chino, tanto más cuanto que los manchúes del Nordeste van cobrando fuerza.

La labor misionera de Francisco JAVIER y la de sus continuadores hará que el cristianismo arraigue firmemente en Japón. Contribuye a ello la protección que le dispensarán señores feudales como Oda Nobunaga, que en las décadas de 1560 y 1570 es el hombre fuerte de Japón. En las zonas del suroeste muchos señores feudales se bautizarán, por motivos espirituales y por el enorme interés que despierta en ellos el comercio con los españoles y los portugueses.

El señor feudal ODA NOBUNAGA, consigue abolir el sogunato de los ASHIKAGA, en el poder desde 1338. Hostil a los budistas, masacrará a los monjes de Heizan, sin embargo está a favor de los jesuitas. Su culto a la personalidad le costará tantos enemigos que será asesinado en 1582.

En 1583 existen en Japón 200 iglesias y 150.000 cristianos repartidos por todo el archipiélago japonés. Para entender por qué el cristianismo se ha extendido de forma tan rápida y profunda en Japón hay que tener en cuenta la crisis que vivió la sociedad japonesa en los siglos XV y XVI, un período de continuas guerras que afectaron duramente tanto al campo como a las ciudades. En las calles se hacinaban vagabundos, mendigos y huérfanos, y en la capital, Kioto, había tantos cadáveres que eran arrojados a los ríos desde los puentes. Ante esta calamitosa situación, muchos, desesperados, perdieron la fe en la religión predominante en el pueblo hasta entonces: el budismo, que parecía incapaz de proporcionar esperanza alguna en este ambiente de crisis aguda. El cristianismo apareció entonces como una alternativa que colmaba los anhelos de salvación de muchos japoneses. La nueva religión se les presentaba como un pensamiento que aspiraba a la liberación del individuo, exponiendo la igualdad de todos los hombres ante Dios. Esta revelación atraía a un pueblo japonés oprimido por las convenciones feudales. Asimismo, la labor social y las acciones de caridad desarrolladas por los clérigos cristianos conmovieron a muchos y los incitaron a convertirse.

El auge cristiano en Japón queda truncado en 1587, cuando Toyotomi Hideyoshi -que cinco años antes ha conquistado el poder tras derrotar a Nobunaga- promulga, de forma inesperada, una «ordenanza para el destierro de los padres cristianos de tierras japonesas». Hideyoshi teme que la fraternidad y los lazos de unión entre los cristianos japoneses se erijan en un obstáculo para la consolidación de su poder. El primer artículo de dicha ordenanza comienza así: «El Japón es un país divino. Por lo tanto, es absurdo que los padres cristianos vengan a este país para predicar enseñanzas heréticas». Se refiere con ello a que, según el penamiento sintoista, Japón fue creado por dioses que eran antepasados de los emperadores, idea que no puede ser cuestionada; en cambio, los cristianos postulan que existe un único dios. Además, en esta misma época, un señor feudal, Omura Sumitada, dona la ciudad de Nagasaki a los jesuitas sin consultar previamente a Hideyoshi.

En Japón, un edicto imperial ordena que todos los misioneros católicos abandonen, bajo pena de muerte, el país en el plazo máximo de veinte días.