El propio NAPOLEÓN, se hace cargo personalmente de la dirección de las operaciones bélicas en España con un importante contingente «La Grande Armée» compuesto de más de 300.000 hombres. A principios de noviembre el Emperador está en Bayona, piensa en una campaña relámpago que liquide a la resistencia en España.

Batalla de Tudela. Los ejércitos españoles, que defienden esta plaza fuerte, son derrotados por la Grande Armée de Napoleón, y se repliegan hacia Zaragoza.

Tiene lugar la Batalla de Somosierra, la última defensa natural que se interpone en el camino de Madrid. También por estas fechas, parte del ejército británico a las órdenes de John Moore, avanza desde Portugal sobre Madrid, pero tiene que retirarse ante el empuje de las tropas de NAPOLEÓN. Al tener la retirada cortada, los británicos toman la dirección de La Coruña donde después de derrotar a una fuerza francesa les será posible, al cabo de unas semanas, la evacuación de la Península. John Moore, sin embargo, morirá en combate el 16 de enero de 1809.

Londres recibe con indignación los acuerdos de Cintra y Wellesley es llamado a Inglaterra, donde se procede a una depuración de responsabilidades. Dalrymple y Burrad, tenientes generales superiores de Wellesley, no volverán a tener mando de tropas en campaña, mientras que Wellesley es absuelto y se espera su inmediato retorno a Portugal. Sin embargo, la situación no está nada clara. NAPOLEÓN ha conducido personalmente un nuevo ejército de 200.000 hombres hasta Madrid en diciembre de 1808.

Entre noviembre de 1808 y febrero de 1809, Napoleón permanece en España. Con un ejército de 300.000 hombres, atraviesa la península y a principios de diciembre, debido principalmente a la falta de resistencia por parte del ejército inglés, el propio NAPOLEÓN se establece en Chamartín (Madrid) obteniendo -en la fecha- la entrega de la ciudad. Efectúa una limpieza de rebeldes.

JOSÉ I vuelve a ser repuesto como rey de España. Desde su «jaula de oro» en Francia, FERNANDO VII felicita a NAPOLEÓN por sus triunfos militares sobre los españoles. Respecto al advenimiento al trono español de JOSE I, llega a escribirle: «No podemos ver a la cabeza de ella (España) un monarca más digno ni más propio para asegurar su felicidad…».

Enardecidos los franceses con sus triunfos, el mariscal MONCEY, con 36.000 hombres, asedia Zaragoza, el 31/12/1808 y se apodera de Torrero, comenzando un horroroso bombardeo.

Se supone que NAPOLEÓN proyecta, para después de su victoria, la anexión de Vascongadas y de Catalunya al Imperio francés; de hecho la administración de sus Provincias, durante la guerra, está prácticamente sustraída a los ministros de JOSÉ I.

La región del Alto Adigio que pertenece al Tirol, es atribuido por NAPOLEÓN al reino de Italia en 1809.

En 1808 aparecen ya en España las primeras guerrillas y en 1809 ya suenan nombres como «El Empecinado», el «Cura Merino» (Jerónimo Merino Cob, enterrado en Lerma), Renovales, Espoz y Mina, etc. Los guerrilleros, conocedores del terreno y apoyados por la población, asestan constantes golpes de mano que desgastan al enemigo. Las regiones que presencian la mayor acción de las partidas son Sierra Morena, los montes de Toledo, las cabeceras del Duero y del Ebro y las sierras del interior de Catalunya. El origen de las guerrillas, desde el punto de vista de quienes la integran, es doble: por una parte militares, grupos de oficiales y soldados del ejército regular que son derrotados y se reagrupan para seguir luchando, así como grupo de combatientes que huyen de las plazas sitiadas; y por otra parte, grupos de civiles armados voluntariamente para combatir a los franceses. Significa la participación popular en el Alzamiento.