A la lucha de los clanes y las peleas por el poder entre los moderados de Masjadov (alejados del movimiento wahabí) y los radicales de BASAIEV se une la nueva ideología. El sueño de construir un gran califato en el antiguo territorio de la URSS pasa a convertirse en un plan que todavía hoy persiguen. Además de las repúblicas de Ingushetia, Chechenia y Daguestán, los extremistas han puesto el ojo en todas las regiones del Cáucaso ruso, las repúblicas y provincias musulmanas entre el río Volga y el sur de los Urales, más, la última parte del plan, las ex repúblicas soviéticas de Asia Central: Kazajistán, Turkmenistán, Uzbekistán Kirguizistán y Tayikistán.

El 19 de junio de 1995 se inician las negociaciones entre Rusia y Chechenia. La misión de la Organización para la Seguridad y la Cooperación en Europa (OSCE) , dirigida por el húngaro Sandor Meszarosz, ejerce de mediadora.

A primeros de agosto se logra un acuerdo estrictamente militar que prevé la progresiva retirada de las tropas rusas y el desarme de las milicias de DUDAYEV. Pero se suceden los incidentes, nuevos combates en Argún y otras ciudades. Rusia pierde terreno. La muerte en atentado de Anatoli Romanov, la máxima autoridad militar rusa en Chechenia, abre el camino de un nuevo discurso de retorno a la vía de la fuerza. Se detiene la reducción de tropas. Cuando los chechenos suspenden las negociaciones, Moscú decide nombrar un nuevo jefe del Gobierno provisional de la República. En Grozni, una manifestación de protesta contra dicho nombramiento es reprimida con fuego real por la policía. Desde entonces, Moscú se empeña en dar muestras de su control de la región.

A mediados de octubre, los rusos ocupan el tercio de Chechenia situado al norte del río Terek y toman posiciones estratégicas al sur. La siguiente línea del frente se situa en Grozni. Los bombardeos indiscriminados efectuados por la aviación y la artillería rusas causan numerosas víctimas entre la población civil.

A mediados de noviembre las tropas rusas toman Gudermés, la segunda ciudad de Chechenia.

Comenzado el mes de diciembre, los aviones rusos bombardean las ciudades de Argún, Grozni y Urús Martán. La primera de ellas es tomada poco después, con lo que se abre la puerta a la toma de Grozni a las tropas rusas. Transcurridos unos días se produce la conquista de Urús Martán, ciudad situada a 30 km al suroeste de Grozni, vital para cerrar completa y definitivamente el cerco de la capital chechena. Para dar la sensación de normalidad en Chechenia, incluso se celebran las elecciones legislativas del 17 de diciembre de 1995. Mientras, la guerrilla chechena hostiga sin cesar a las tropas rusas, con acciones espectaculares.

En 1996, la cruenta guerra de Chechenia y la durísima campaña electoral, cuyos ajustados resultados obligan a YELTSIN a incorporar al gobierno a los nacionalistas y a pactar con los antiguos comunistas, son circunstancias que minan aún más la quebrantada imagen del presidente ruso, quien con posterioridad deberá afrontar serias y profundas crisis de gobierno, la situación de bancarrota económica del país, la corrupción administrativa y el creciente poder de las mafias.

El presidente de Chechenia, DUDAYEV, muere, en la fecha, como consecuencia de un atentado que los chechenos atribuyen a los rusos «y a otras fuerzas del exterior». Sin embargo, el cuerpo de DUDAYEV no se encontrará, lo que permitirá alentar la leyenda del líder separatista que en cualquier momento volverá a luchar con los suyos. Tras su muerte, los rusos creen ver aún la posibilidad de una victoria militar.

El presidente Boris YELTSIN, en su batalla por la reelección como jefe del Estado en las elecciones de junio de 1996, no duda en presentarse como pacificador de un conflicto que él no ha hecho sino avivar sin cesar. Tiene como principal oponente al candidato comunista Guennadi Ziugánov. Yeltsin resulta elegido, con lo que se convierte en el primer presidente democrático de Rusia, tras superar en la segunda vuelta a Ziugánov.

En agosto de 1996, YELTSIN, cada vez más débil de salud, saca fuerzas para encomendar al general Alexander LEBED, presidente del Consejo de Seguridad tras sus excelentes resultados electorales, la pacificación de Chechenia. Lebed, que se opone a una intervención masiva del ejército ruso, emprende unas difíciles negociaciones con el jefe del Estado Mayor de las fuerzas separatistas, Aslan MASJADOV. LEBED se juega todo a una carta, no en vano en Chechenia se libra en este momento la batalla por el poder de Moscú.