Siguiendo instrucciones de Manuel Godoy, conocido como el “Príncipe de la Paz”, el Gobernador de Santo Domingo, Joaquín García y Moreno trabaja intensamente durante el primer año después de la cesión para entregar a los franceses la parte española, a la vez que defiende la frontera de un ataque inglés mientras intenta que los gobiernos de Cuba y España faciliten los medios para transportar a los emigrantes. García quiere concentrar las tropas españolas en Santo Domingo, desde donde embarcarían una vez llegadas las tropas francesas. En julio de 1796, cuando la entrega parece inminente, el General francés Donato Rochambeau, se niega a ejecutar la incorporación de la parte española a la francesa con un ejército compuesto por negros, únicas fuerzas disponibles en ese momento. Esta situación pospone la toma de posesión de la parte española “hasta nueva orden”.

A fin de mantener una ficción de dominio, Francia se aviene, en Haití, a reconocer la autoridad efectiva de Toussaint Louverture, nombrándole, en la fecha, Gobernador en Jefe. Toussaint -que se ha cambiado de bando- expulsa a los ingleses, que se han hecho con algunos puntos estratégicos de la costa.

Los ingleses en su avance en Santo Domingo ya han ocupado Las Caobas, San Juan y Neiba pero las pierden a manos del haitiano Toussaint Louverture. Finalmente salen de la isla en marzo de 1798 tras firmar un acuerdo secreto con Toussaint mediante el cual renuncian a la ocupación militar a cambio de ventajas comerciales. Por fin, a finales de este mismo mes, llega a Santo Domingo, comandada por el General Hedouville, la Comisión francesa que recibiría la entrega de la parte española pero el General estaba más interesado en enfrentar a Louverture que prácticamente controlaba la situación. Hedouville no tiene éxito en su propósito y es obligado por el general haitiano a abandonar la isla bajo amenaza de muerte, en octubre de ese mismo año. De nuevo se pospone la entrega de la parte española a Francia.

Toussaint, Gobernador de Santo Domingo, piensa muy acertadamente que el mismo vudú que le ha encumbrado puede igualmente volverse contra él: por eso se refugia en un férreo catolicismo y empieza a considerar a aquél como un enemigo de Dios y de la patria, persigue sangrientamente a sus adeptos y, en la fecha, decreta su prohibición. A partir de entonces, el haitiano amado por su pueblo se convierte en un ser sanguinario, despótico y ridículo, se rodea de una corte que quiere ser rutilante y acumula riqueza de una manera asombrosa y escandalosa.

Desde principios de 1799 hasta abril de 1800 no existe en la isla de Santo Domingo ningún representante autorizado para consumar la cesión de la parte española de la isla a Francia. Tanto Roume como el General Antonio Chanlatte, quien está a cargo de Santo Domingo español, tienen órdenes de no entregar la parte española a menos que sea a tropas enviadas especialmente desde Francia. Desde que Roume ha llegado a la parte francesa, Louverture solicita autorización para ocupar Santo Domingo oriental pero Roume se niega varias veces a acceder a ello alegando que eso violenta sus ordenes, hasta que en abril de 1800 Louverture obliga al Comisario Roume de Saint Laurent, último miembro de la Comisión Civil que queda en la Colonia cedida a Francia en 1795, a autorizar mediante decreto fechado 27 de abril, la entrega de Santo Domingo al gobierno colonial francés comandado por él. El decreto en cuestión es enviado inmediatamente al Gobernador Joaquín García y al General Antonio Chanlatte en Santo Domingo.

En la fecha, se firma el Tratado de Martefontaine (Francia) entre EEUU. y Francia. En el Atlántico, Bonaparte lleva conjuntamente dos acciones pacificadoras: el restablecimiento de la vieja amistad franco-estadounidense y el arreglo de la cuestión de Santo Domingo. La alianza de 1778 que ligaba a Francia con los jóvenes Estados Unidos de América sufrió de la rivalidad de ambas marinas, atizada por Inglaterra. Bonaparte aprovecha la ocasión de la muerte de Washington en diciembre de 1799, para entablar un proceso de recalentamiento de las relaciones entre ambos países. Decreta un duelo nacional de diez días. Conmovidos por esta delicada atención, los Estados Unidos envían una delegación a París. Las largas negociaciones se terminan con el tratado de Mortefontaine del 3 de octubre de 1800 que normaliza las relaciones entre los dos países y contiene importantes cláusulas de derecho marítimo a favor de los neutros al tanto que contrarían el bloqueo británico.

Tras una serie de incidentes, el 26 de enero de 1801 Toussaint Louverture invade la parte oriental de la isla, llega a Santo Domingo para recibir las llaves de la ciudad de manos del Gobernador García y Moreno. Tras la consumación del hecho, Louverture procede a la unificación de la isla bajo su gobierno. Para institucionalizar el poder reúne una asamblea general e inicia la confección de una primera constitución política vigente en ambas colonias. Luego regresa a Haití, dejando el poder en manos de Paul Louverture. Dueño de toda la isla, emprende una política de reconstrucción económica para sacarla de su miseria y volver a poner en producción las plantaciones de azucar y café. Para ello necesita la fuerza laboral de los antiguos esclavos, que son obligados a trabajar bajo una auténtica dictadura militar (policía militar en las plantaciones, tribunales militares para juzgar los actos de bandidaje, etc). Toussaint considera que es una dictadura necesaria bajo las circunstancias existentes y determina que los campesinos cobren una parte del beneficio obtenido en la producción.

Toussaint decide independizar a la isla de Santo Domingo de Francia, derrotando a las fuerzas fieles de la metrópoli, que capitulan y escapan hacia Cuba y las pequeñas Antillas. En la fecha, se aprueba una Constitución en la isla en la que figura la abolición de la esclavitud y la igualdad de todos sus habitantes, cosas que no tienen parangón con ninguna otra constitución. Su artículo tercero señala: “No podrán existir esclavos en este territorio, la servidumbre queda abolida para siempre; todos sus habitantes, nacen, viven y mueren libres y franceses”. Por otra parte, Toussaint se convierte en Gobernador vitalicio con potestad para poder elegir a su sucesor. Pero…Napoleón, tiene sin embargo otras ideas y defendiendo ardorosamente el colonialismo francés, desea restaurar el viejo orden en las islas azucareras, por ello, decide que en cuanto los británicos levanten el bloqueo, partirá una escuadra a Santo Domingo con un ejército que aplaste la rebelión. Así lo hace en diciembre de 1801. Lanza una flota con más de 80 navíos y alrededor de 58.000 hombres para recuperar la colonia de Santo Domingo de manos de los negros.

La flota enviada a Haití por Napoleón arriba a la isla el 29 de enero de 1802. Las tropas, que están dirigidas por el cuñado de Napoleón, el general Charles Leclerc, son divididas para atacar a las fuerzas de Louverture desde diferentes puntos. Son, principalmente, soldados franceses, polacos y alemanes, enfervorizados con los principios revolucionarios, que marchan a cumplir la misión que se les ha adjudicado: someter en Santo Domingo a un negro llamado Toussaint Louverture, que ha traicionado a la República y pretende entregar la isla francesa a los ingleses. Nadie les explica, sin embargo, que van a restaurar el colonialismo y la esclavitud, extirpando de raiz los ideales de libertad e igualdad humana por los que han luchado los negros. NAPOLEÓN cuenta con una victoria fácil. Por otra parte, todos los países que tienen colonias con negros o Estados de predominio negro, consideran que NAPOLEÓN se alza como el salvador de la institución esclavista, el libertador que restaurará la esclavitud. Pero las tropas francesas no serán recibidas en Santo Domingo como salvadoras, sino como invasoras.

En Santo Domingo, Leclerc no puede hacer nada contra las guerrillas negras, así que ofrece una negociación con Toussaint. Cuando el dirigente haitiano acepta, en la fecha, Leclerc se apodera de él con engaño y en el mes de junio lo envía preso a Francia.