De manera inesperada, cuando la guerra en Chechenia ha llegado hasta Grozni, YELTSIN, presidente ruso, presenta su dimisión el último día de 1999 y, de acuerdo con la Constitución, PUTIN, en tanto que primer ministro, se convierte en presidente interino. De este modo, la guerra de Chechenia pasa a convertirse en prioridad absoluta para el ejecutivo ruso, si bien la semana previa el Ejército ruso ha recibido ya la orden de tomar la capital de Chechenia. Los independentistas chechenos, unos 2.000, oponen una encarnizada resistencia al avance de las tropas rusas hacia el centro de Grozni. En diciembre MASJADOV abandona Grozny y con los restos del mando checheno establecerá sucesivos cuarteles generales.

Yeltsin renuncia a su cargo el 31 de diciembre de 1999, nombrando a Vladimir Putin como presidente interino hasta que se realicen las nuevas elecciones, el 26 de marzo del 2000.

Finalmente, en los primeros días de febrero los guerrilleros chechenos que han resistido el asedio de Grozni, en número inferior a los 1.000, abandonan la capital y se retiran hacia las montañas del sur de la república. Una vez que se ha terminado con toda resistencia en Grozni, el grueso de las tropas rusas es enviado al sur con el fin de aplastar a los guerrilleros que se hacen fuertes en las montañas. El gobierno ruso, ante la destrucción masiva sufrida por Grozni decide trasladar la capital a Gudermés. Durante las semanas siguientes se multiplican las denuncias de asesinatos de civiles, pillajes y desapariciones acontecidos durante el asalto ruso a Grozni.

La nueva administración rusa de Vladímir PUTIN rechaza los insistentes llamamientos para un arreglo negociado que lanza MASJADOV desde su refugio por considerarle un presidente ilegítimo y carecer de ascendiente sobre los comandantes guerrilleros, situándole en la categoría de mero terrorista. Así, la Fiscalía General rusa acusa a MASJADOV de “genocidio” por la muerte de cientos de soldados federales y el 18 de febrero le abre cargos por organizar una rebelión armada e intentar alterar por la fuerza el orden territorial de la Federación de Rusia, en referencia a las incursiones de Daguestán dirigidas por BASAIEV, el cuál, por su parte, amenaza a MASJADOV con represalias contra su familia si cede a la tentación de negociar con los rusos.

El 26 de marzo tienen lugar las elecciones presidenciales en Rusia, en las cuales vence PUTIN, que acapara los cargos de primer ministro y de presidente interino de la República, con el 52,64% de los votos, en tanto que el segundo candidato más votado es el dirigente comunista Ziugánov, que obtiene el 29,34 por ciento. Sin necesidad de disputarse una segunda vuelta, PUTIN asume de inmediato la jefatura del Estado en su calidad de presidente electo.

Es manifiesto el fracaso en Chechenia de la empecinada política de «normalización» del Kremlin, con la familia KADIROV como agentes venales.

Como conclusión de lo que será probablemente su última visita oficial a Moscú, el presidente norteamericano, Bill CLINTON se dirige a la Duma, la Cámara Baja del parlamento ruso. Esta ha sido la primera vez que un mandatario estadounidense tiene ese honor. La mayoría de los presentes escucha con atención a CLINTON, que alaba la política económica del presidente ruso Vladimir PUTIN, critica la actuación de Rusia en Chechenia y aboga por la entrada de Rusia en la Organización Mundial del Comercio.

Una cadena de ataques con camiones repletos de explosivos contra objetivos militares rusos en Chechenia causan en una semana 33 muertos según el Kremlin, 500 según los chechenos.

Con paradero y desenlace personal inciertos, MASJADOV ha anunciado una larga guerra de guerrillas cuyos sucesivos episodios de emboscadas y atentados suicidas, extraordinariamente mortíferos para las fuerzas federales, han cuestionado la proclamada victoria rusa y han dañado la imagen del Gobierno de PUTIN. El 7 de julio la dirección político-militar separatista, compuesta por el Gobierno, el Parlamento y el Comité de Defensa de Chechenia, le concede poderes extraordinarios mientras dure la guerra.

Una bomba en una estación de metro de Moscú mata a 15 personas.