A la lucha de los clanes y las peleas por el poder entre los moderados de Masjadov (alejados del movimiento wahabí) y los radicales de BASAIEV se une la nueva ideología. El sueño de construir un gran califato en el antiguo territorio de la URSS pasa a convertirse en un plan que todavía hoy persiguen. Además de las repúblicas de Ingushetia, Chechenia y Daguestán, los extremistas han puesto el ojo en todas las regiones del Cáucaso ruso, las repúblicas y provincias musulmanas entre el río Volga y el sur de los Urales, más, la última parte del plan, las ex repúblicas soviéticas de Asia Central: Kazajistán, Turkmenistán, Uzbekistán Kirguizistán y Tayikistán.

A mediados de junio de 1995, el conflicto ruso-checheno experimenta un cambio cualitativo. Un grupo de rebeldes chechenos, dirigido por Shamil BASAIEV, del movimiento de los wahabíes -como Osama bin Laden- y ha combatido como muyahid en varios frentes bélicos, incluido el afgano contra los soviéticos, secuestra a un millar de personas en un hospital de Budennovsk, al sur de Rusia. Al intentar su liberación, las tropas gubernamentales provocan más de ciento cincuenta muertos y numerosos heridos. La acción de BASAIEV pretende detener las acciones militares y obligar a las autoridades moscovitas a establecer una base negociadora sólida.

El 19 de junio de 1995 se inician las negociaciones entre Rusia y Chechenia. La misión de la Organización para la Seguridad y la Cooperación en Europa (OSCE) , dirigida por el húngaro Sandor Meszarosz, ejerce de mediadora.

A mediados de octubre, los rusos ocupan el tercio de Chechenia situado al norte del río Terek y toman posiciones estratégicas al sur. La siguiente línea del frente se situa en Grozni. Los bombardeos indiscriminados efectuados por la aviación y la artillería rusas causan numerosas víctimas entre la población civil.

A mediados de noviembre las tropas rusas toman Gudermés, la segunda ciudad de Chechenia.

En Rusia, en las elecciones legislativas celebradas en diciembre de 1995 -consideradas un ensayo para las presidenciales de 1996- los comunistas, encabezados por Guennadi Ziugánov, se consolidan como la primera fuerza de la Duma, lo que significa un nuevo revés para Yeltsin y pone de manifiesto el rechazo popular a su política. Por otro lado, la descomposición de la sociedad rusa permite el aumento de organizaciones mafiosas que tienen una mayor presencia en la economía rusa.

Comenzado el mes de diciembre, los aviones rusos bombardean las ciudades de Argún, Grozni y Urús Martán. La primera de ellas es tomada poco después, con lo que se abre la puerta a la toma de Grozni a las tropas rusas. Transcurridos unos días se produce la conquista de Urús Martán, ciudad situada a 30 km al suroeste de Grozni, vital para cerrar completa y definitivamente el cerco de la capital chechena. Para dar la sensación de normalidad en Chechenia, incluso se celebran las elecciones legislativas del 17 de diciembre de 1995. Mientras, la guerrilla chechena hostiga sin cesar a las tropas rusas, con acciones espectaculares.

En 1996, la cruenta guerra de Chechenia y la durísima campaña electoral, cuyos ajustados resultados obligan a YELTSIN a incorporar al gobierno a los nacionalistas y a pactar con los antiguos comunistas, son circunstancias que minan aún más la quebrantada imagen del presidente ruso, quien con posterioridad deberá afrontar serias y profundas crisis de gobierno, la situación de bancarrota económica del país, la corrupción administrativa y el creciente poder de las mafias.

El presidente de Chechenia, DUDAYEV, muere, en la fecha, como consecuencia de un atentado que los chechenos atribuyen a los rusos «y a otras fuerzas del exterior». Sin embargo, el cuerpo de DUDAYEV no se encontrará, lo que permitirá alentar la leyenda del líder separatista que en cualquier momento volverá a luchar con los suyos. Tras su muerte, los rusos creen ver aún la posibilidad de una victoria militar.

Yeltsin, una vez confirmado como presidente, su salud hace aguas y la lucha por el poder la libran entre bastidores los dos hombres fuertes del Kremlin: el primer ministro, Viktor Chernomirdin y el presidente del Consejo de Seguridad y figura emergente en las presidenciales de junio, el general Alexander Lebed.