Muere asesinado, en la fecha, JUAN BORGIA, duque de Gandía, hijo de ALEJANDRO VI. No se ha esclarecido el autor de este crimen y aunque la leyenda negra haya acusado a su hermano CÉSAR, apelando desde la ambición política y la envidia hasta los celos incestuosos, parece más lógico pensar en una conjura de los españoles, los Orsini o los Sforza. Este asesinato, produjo tal aflicción a su padre, el papa ALEJANDRO VI, que le movió a una profunda conversión de su vida y de la de la Iglesia. Para ello creó unas comisiones destinadas a la reforma de ésta última, de cuyo concienzudo trabajo es prueba que sirvieron como punto de partida de muchos aspectos tratados posteriormente en el Concilio de Trento.

El papa ALEJANDRO VI, en la fecha, publica el breve de excomunión de Jerónimo SAVONAROLA que acabará con su vida. SAVONAROLA refuta la excomunión por basarse en hechos falsos y calumniosos. Deja momentáneamente de predicar y aprovecha para lanzar a la imprenta una serie de escritos piadosos que rápidamente alcanzan gran difusió

La relación entre LUCRECIA de BORGIA y su marido Giovanni SFORZA se hace cada vez más tensa hasta que se concede la nulidad del matrimonio por impotencia del marido. Éste insinúa que no hacía vida conyugal con su mujer porque ésta la hacia con el mismo pap?a su padre e incluso con su hermano CÉSAR. Parece ser que esta afirmación la inicia el marido para justificar su impotencia. Posiblemente el motivo que da nacimiento a este rumor sea la relación tan cariñosa entre ellos tres y que no ocultan. Giovanni SFORZA que ve peligrar su seguridad por los vaivenes de la política entre su familia y la de su esposa, huye a Pésaro y LUCRECIA de BORGIA se retira al convento de S.Sixto. En los meses que duró este retiro, padre e hija se comunicaban a través del mayordomo personal de ALEJANDRO VI: Pedro Calderón o Perotto. Es posible que Lucrecia se enamorase de él y que la dejase embarazada. Perotto es asesinado, muerte que se atribuye a CÉSAR de BORGIA el hermano de LUCRECIA.

SAVONAROLA inicia de nuevo un ciclo de sermones. El Papa ALEJANDRO VI excomulga Florencia ya que la Signoria no impide al fraile hablar en público. Por este hecho, las mercancias florentinas no son aceptadas en ningún lugar. Por otra parte, tan duros son los ayunos y abstinencias de carne que se aruinan los carniceros, los impresores, los comerciantes de vinos, los grandes viñateros de la Toscana. El espíritu mercantil florentino, ve arruinado su posible comercio ante aquella austera tiranía de la virtud.

Al fin, ALEJANDRO VI, logra de la Signoria -que empieza a temer un levantamiento del pueblo- la imposición efectiva de la prohibición de predicar a GIROLAMO SAVONAROLA. Fray Jerónimo SAVONAROLA se despide de su pueblo y se retira al claustro de San Marcos. Desde ese momento, los acontecimientos adversos se precipitan.

ALEJANDRO VI casa a su hijo CÉSAR BORGIA con Carlota Albret, princesa de Navarra, recibiendo el desposado -que ha renunciado al cardenalato- el título de duque de Valence, comunmente llamado \”duque Valentino\”.

LUIS XII de Francia se ha enamorado de ANA de Bretaña, viuda de Carlos VIII. Para poder divorciarse, pues está casado con Juana de Valois, necesita el permiso del Papa, ALEJANDRO VI. Éste está dispuesto a negociar dicho permiso a cambio de territorios, pues desea crear un principado para su bastardo predilecto: CÉSAR BORGIA.

La singularidad de ALEJANDRO VI (el papa BORGIA) estriba en que concibe la organización papal como una monarquía personalista y ansía la formación de un reino centroitaliano desvinculado de la Santa Sede, cuya corona descansase sobre la cabeza de alguno sus hijos. A tal efecto, decide subyugar a los tiranos locales, vasallos nominales de Roma pero que gobiernan a su antojo sus respectivos feudos. Con su hijo Juan, duque de Gandía, a la cabeza de los ejércitos pontificios irán cayendo los castillos de Cervetri, Anguillara, Isola y Trevignano, acciones p las que le nombrará duque de Benevento y señor de Terracina y Pontecorvo. Al morir su hijo JUAN, el papa ha encomendado la capitanía de sus ejércitos a otro de sus hijos: César BORGIA. Éste, con la ayuda militar francesa, toma en 1499 las ciudades de Imola y Forlí gobernadas por Catalina Sforza, y luego la de Cesena. Más tarde se apoderará de otra serie de ciudades de las que pasará a ser su dueño ya que el Papa le ha nombrado soberano de la Romaña, Las Marcas y Umbría.

El Papa Alejandro VI emite la Bula fundacional de la Universidad Complutense, en Alcalá de Henares, con las facultades de Teología, Artes y Derecho Canónico, para no entrar en competencia con Salamanca. Será uno de los más destacados centros de saber en la España de los Reyes Católicos.

Ocho años atrás había sido descubierto el continente Americano: el Año Santo del 1500 representa por lo tanto un momento de paso no solamente hacia un nuevo siglo, sino también hacia un mundo más vasto. Alejandro VI, el 24 de diciembre de 1499, inaugura solemnemente el Jubileo y añade un nuevo rito: la apertura de una Puerta Santa en la Basílica de San Pedro a la que, desde entonces, fue adjudicado el papel tradicional que la puerta áurea de San Juan de Letrán, había desempeñado por siglos. El Papa quiso, además, que la apertura de las Puertas Santas se realizara en cada una de las cuatro basílicas mayores establecidas para la visita jubilar. Desde aquel momento la apertura de la Puerta Santa y el paso a través de ella, se convirtirá en uno de los actos más importantes del Año Santo. Es también inaugurado un nuevo camino denominado Alejandrino, que une el Castillo del Santo Angel con la Basílica de San Pedro.