FERNANDO el Católico, que es hermanastro del fallecido Carlos Príncipe de Viana (hijo de Juan II y su segundo matrimonio con Juana Enríquez), inicia la invasión de Navarra el 10 de julio con la toma de Goizueta, aunque no se publicita y ocho días antes de la firma (15/7) del Tratado de Blois. El grueso del ejército de más de 16.000 hombres bien pertrechados y experimentados entra en Navarra desde Álava el día 22 de julio, al mando de Fadrique Álvarez de Toledo, segundo duque de Alba con apoyo del líder beaumontés conde de Lerín (Condestable de Navarra) y sus hombres.
El poderoso ejército se asienta a las afueras de Pamplona (concretamente en el palacio de Arazuri, dominado por el bando beamontés), entonces una ciudad de entre 6.000 y 10.000 almas y mal fortificada, que firmará la rendición el 25 de julio. (El archivo de Simancas contiene documentos relativos a esta época.)

El duque de Alba consigue, en la fecha, la rendición de Pamplona, y aunque los franceses intentarán recuperar el reino, no tardarán en retirarse de él. La Navarra conquistada por FERNANDO el Católico queda, en un primer momento, incorporada a la Corona de Aragón.

Cuando se supo, años después de la llegada de Colón, que se había descubierto un nuevo continente, el impacto de este conocimiento sobre la cultura occidental fue impresionante. No sólo la geografía del mundo cambiaba a los ojos de los europeos, sino toda su cosmovisión se modificaba. La idea de la existencia de tres continentes asociada a la concepción cristiana de la trinidad se vio de pronto rota por la aparición de un cuarto continente; además, se supo que los habitantes de las tierras recién descubiertas realizaban sacrificios humanos y eran idólatras. Como consecuencia de la aparición en el mundo europeo de un nuevo continente, se debieron modificar gran parte de los conocimientos que hasta entonces se tenían. La geografía en primer lugar se cambió debiéndose agregar a los mapas el continente americano; en el plano científico la botánica, la zoología y la etnografía se enriquecieron con la flora, fauna y grupos indígenas que se encontraron en el Nuevo Mundo. En el aspecto económico la llegada de metales preciosos también trajo consecuencias para Europa.

A pesar de los diversos intentos de reconquista por parte de los navarros, Fernando el Católico ha seguido trabajando para consolidar la incorporación institucional de Navarra a sus dominios. En 1513, las Cortes de Navarra, convocadas en Pamplona por el virrey castellano y sólo con la asistencia de beamonteses, nombran a Fernando el Católico rey de Navarra.

Los derechos coseñoriales de los Foix sobre Andorra que están en manos de FERNANDO el Católico, vuelven de nuevo a los Foix.

Por una Real Cédula, FERNANDO el Católico, autoriza el matrimonio entre españoles e indios.

Como hijo de Juan II, FERNANDO el Católico intervino de forma activa en la Guerra Civil de Navarra, con la introducción de tropas castellanas en el interior del Reino de Navarra, hasta que en 1512 y en apoyo del bando beamontés realizó de forma abierta la definitiva incorporación, o Conquista de Navarra con tropas vascas y castellanas, al mando del duque de Alba. Para controlar el reino y dentro de las medidas diplomáticas, se reunieron las Cortes de Navarra el 23 de marzo de 1513, en una asamblea a la que solo acudieron beamonteses, para que le dieran su apoyo, que consiguió, tras prometer respetar todos los derechos del Reino. Tras ello, los procuradores le juraron obediencia como «Católico rey don Fernando, rey de Navarra nuestro señor de aquí en adelante…»

FERNANDO el Católico otorga Testamento en Burgos por el que nombra heredero de la Corona de Aragón a su nieto FERNANDO, hermano de CARLOS. En las Cortes aragonesas existe un amplio grupo que quiere nombrar príncipe-heredero a FERNANDO, hermano de CARLOS.

El 7 de junio de 1515, las Cortes castellanas reunidas en Burgos, sin presencia de navarros, aceptan la incorporación del Reino de Navarra a la Corona de Castilla propuesta por el rey FERNANDO. No obstante, la guerra para controlar el reino se prolongará hasta 1524, reinando su nieto, CARLOS.

Fallece GONZALO FERNÁNDEZ de Córdoba, el Gran Capitán, retirado en sus propiedades andaluzas y con el favor perdido de FERNANDO el Católico,