Al igual que busca la unidad territorial y jurídica del Imperio, JUSTINIANO I quiere conseguir también la religiosa. En ese empeño, somete a un serio acoso a los centros de enseñanza pagana, decreta la pena de muerte para los maniqueos reincidentes, persigue a los montanistas, restringe los derechos de los judíos, etc. Partiendo de esta base, JUSTINIANO considera también de enorme relevancia el fortalecimiento de una autoridad central religiosa en el Imperio, a la que identifica con el papa de Roma. En una carta dirigida al pontífice JUAN II, JUSTINIANO I se manifiesta partidario de su supremacía y le denomina «cabeza de todas las santas iglesias». La medida -que desagrada profundamente al obispo de Constantinopla- complace al Papa, pero ésta encerraba más un intento de dominar el papado por parte del poder imperial que la sumisión de éste al primero.
