La estancia de las tropas españolas en Catalunya son causa de altercados e incidentes con la población a lo largo de aquellos meses. El primer hecho sangriento de graves consecuencias se produce el uno de febrero de 1640. El señor del castillo de Palautordera, ANTONI de Fluviá, un pacífico caballero aficionado a la pintura, su mujer, su hija y sus criados son asesinados por las fuerzas del tercio napolitano de Spatafora. Desde entonces, en toda la zona montañosa del norte se suceden las escaramuzas entre payeses y soldados, con su cortejo de víctimas y de horrores.

Se publica una Pragmática Real, por la cual las tropas acantonadas en Catalunya, deben ser alojadas, alimentadas y pagadas a expensas del Principado, lo que ocasiona profundo malestar, especialmente entre la población rural, la más pobre. Y es que a los soldados profesionales de la época les acompañan sus familias y un buen número de vividores que florecen a su sombra. Es como toda una población nómada que de súbito cayese sobre el territorio. Además, los habitantes deben mantenerles a sus expensas y alojarles en sus propias casas siguiendo el criterio “que sia superior la gent de guerra a la gent de la terra”. De esta manera, en pocos días agotan las reservas de una comunidad campesina y entonces saltan sobre otro pueblo o villa como si fueran una verdadera plaga de langostas. La nobleza, el clero y la burguesía están exentos de esta obligación, que sólo recae en los más humildes, afectados entonces por una serie de malas cosechas y por la peste que se ha declarado en Salses.

Los españoles se disponen a sacar ventaja de la muerte del cardenal RICHELIEU y del rey LUIS XIII, dando por sentado que Francia se sumirá en una situación próxima a la anarquía. En consecuencia, consideran que es un momento apropiado para invadir con el fin de aliviar la presión sobre el Franco Condado y Catalunya. Cruzan la frontera y se dirigen a París. Hacen una pausa para poner sitio a la ciudad de Rocroi (departamento de Ardenas, a 3 kilómetros de la frontera belga). El duque d’Enghien -francés- marcha hacia allí con rapidez. Su caballería derrota a la española, y queda la infantería, compuesta por 18.000 hombres, que durante siglo y medio había parecido invencible. Los ataques directos franceses fracasan, de modo que d’Enghien se retira y hace uso de su artillería, al tiempo que se apodera de los cañones españoles. Una vez que la infantería española está bien castigada, un avance francés la arrolla y prácticamente la extermina. Este hecho de armas señala el fin de la superioridad militar española, e inaugura un período en el que el ejército francés dominará Europa.

En el Roselló, en el Conflent, las peticiones de ayuda a Barcelona no obtienen respuesta. Las relaciones entre Perpinyà (la segunda ciudad de Catalunya en aquellos momentos) y Barcelona, la capital, hace años que son tirantes, ya que el Roselló ha denunciado unos supuestas agravios por parte de la Diputación: abandonamiento de la defensa militar, presión fiscal asfixiante…  Ahora que también Barcelona sufre directamente las consecuencias de la ocupación francesa es impensable que pueda hacer alguna cosa para ayudarlos. A finales de 1643 el cónsul de Perpinyà se dirige directamente a los ministros de París, pero nada más reciben buenas palabras. En realidad, las instrucciones de MAZZARINO son incorporar el norte de Catalunya a la soberanía francesa. Sobre el terreno, la fortaleza militar francesa declina; los españoles han reconquistado Lleida y el Roselló hierve de indignación.

A pesar de que la “Guerra del Segadors” (1640-1652)(Catalunya apoyada por Francia contra Castilla) se ha terminado, en Catalunya aún no ha llegado la paz. Tras la capitulación de Barcelona, las tropas francesas han abandonado gran parte del territorio catalán que aún conservaba en su poder y se concentran en las fortalezas de Perpinyà, Salses, Colliure, Argelés, etc. y en la llanura del Rosellón, desde donde aguantan un alzamiento generalizado de la mayoría del pueblo catalán contra la presencia francesa. Está claro que Francia no tiene intención de abandonar el Rosellón.

Como continúa la guerra con Francia (1635-1659) y es por tanto necesaria la presencia de tropas en suelo catalán, el virrey apela al buen sentido de los catalanes para que no se creen problemas. Logra que la Diputació y el Consejo de Ciento colaboren a los gastos de manutención de las tropas. Se granjea la estima de los catalanes, especialmente de la burguesía del litoral.

En la fecha el rey FELIPE IV decide que las constituciones catalanas permanecerán intocadas, así como los privilegios de que goza la ciudad de Barcelona. Cuando llega la noticia oficial de la decisión real, Barcelona celebra la jubilosa noticia con un repique general de campanas, un solemne Te Deum en la catedral y otras fiestas religiosas y populares.

Los franceses no han abandonado su deseo de conquistar toda Catalunya, por lo que en el verano de este año sus tropas han conquistado buena parte de la zona ultrapirenaica.

Durante los años 1655 a 1658 la acción militar francesa no es tan intensa; se trata de conservar y fortificar las posiciones ocupadas, de las que el ejército español no es capaz de apoderarse.

La dominación francesa de los condados de Rosselló y Cerdanya (media Cerdanya) supone la pérdida de las instituciones políticas propias. Ya en junio de 1659, pocos meses antes de la Paz de los Pirineos, LUIS XIV anula las instituciones. En 1700 prohibirá el uso público de la lengua catalana. De otro lado, se imponen nuevas contribuciones y medidas para restringir el contacto comercial y humano con la Catalunya espanyola. Los monarcas, sin embargo, mantienen las aduanas entre los condados y el reino de Francia. Los nuevos impuestos dan lugar a las revueltas de la sal (1663). A pesar de que Francia ofrecerá en algunas ocasiones la retrocesión de los condados a cambio de Flandes, la monarquía española siempre rechazará esta oferta.