Después de una nueva victoria sobre los teutónicos, Polonia recupera, en 1466, la Pomerania de Gdansk y Malbork, Elblag, la Tierra de Chelmo y obtiene además el territorio de Warmia. Por el papel desempeñado en la guerra, Polonia cede la autonomía a Pomerania y algunos privilegios a las ciudades. Se inicia un período de prosperidad económica y florecimiento cultural. La Orden Teutónica tiene que aceptar un estatuto de vasallaje.

El control de los pasos del Sund da a los países que constituyen la Unión de Kalmar una envidiable posición estratégica frente a los demás rivales de la zona; y los fuertes peajes le permiten mantener una gran flota con la que enfrentarse a la Hansa. Gracias al ataque victorioso a Lübeck, la Unión es capaz de imponer a la Liga hanseática, por la paz de Malmó de 1512, el pago de una importante indemnización de guerra y la promesa de no intervenir en los asuntos internos.

Sin embargo, los síntomas de descomposición de la Unión de Kalmar se multiplican. El poder del rey es más nominal que real frente a la nobleza y la Iglesia, y las Coronas de Noruega y Suecia aceptan mal la hegemonía danesa. Mientras que aquélla resulta relativamente fácil de dominar, Suecia mantiene fuertes posiciones autonomistas y no acepta más que ser gobernada por autoridades locales. Pese a todos sus compromisos, la Hansa apoya a Suecia en su deseo de debilitar todo lo posible la Unión y no permitir un gobierno conjunto fuerte que controle los estrechos del Sund, cuyo paso libre es vital para su desarrollo comercial.

La siguiente etapa de los Caballeros Teutónicos se desarrolla en Mergentheim en Franconia, heredera de las posesiones restantes tras la pérdida de Prusia (1524-1805).

Los Caballeros teutónicos, que ahora se limitan a Prusia oriental, se convierten al protestantismo en 1526.

Los Caballeros Teutónicos se asientan en Viena, en Austria, donde la orden reúne los restos de sus rentas y sobrevive como orden puramente hospitalaria. Una rama protestante subsistirá igualmente en Holanda.