Las legiones romanas entran definitivamente en toda Grecia dejando claro que no aceptan sublevaciones y, para que sirva de escarmiento, destruyen por completo Corinto y deportan a Roma 1.000 rehenes procedentes de las ciudades de la Liga aquea y un gran botín. Gracias a éste se suprimirá en Roma el impuesto de guerra (tributum) que grava a los ciudadanos. Hay en todas las ciudades de Grecia, un partido aristócrata que apoya a los romanos, los demócratas están de lado de los macedonios. Los romanos saquean las ciudades aliadas a Perseo, las gentes de la Beocia son vendidas como esclavas. Así, pues, por esta época, la única región griega que conserva cierta independencia es la isla de Rodas. Como sus habitantes muestran escaso tacto en la expresión de esta independencia, desafiando abiertamente el control de los romanos, éstos declaran la isla de Delos centro libre de impuestos, con lo que la competencia así originada lleva a Rodas a la decadencia. Con la decadencia de su flota, los mares quedan a la merced de los piratas cretenses.

Desde que Rodas no asegura la policia de los mares (167 aC), la piratería infesta el Mediterráneo. Roma intenta remediarlo anexionándose Cilicia (100 aC), luego Panfilia (75), pero el principal núcleo es Creta. Para conquistarla, grandes poderes le son concedidos al general romano Marco ANTONIO. Incompetente, no recoge más que fracasos.

En 1306 la Orden de San Juan del Hospital (Orden deMalta) se instala en Rodas. Allí construye unas fuertes fortificaciones que resisten varios asedios y sirven como retaguardia a su flota naval. Entre sus acciones más destacadas de este período se encuentran las batallas de las cruzadas en Siria y en Egipto. Seis años más tarde, en 1312, tras la disolución de la Orden de los Templarios, la Orden de San Juan del Hospital hereda sus posesiones en Francia.

Tras los ataques de los mamelucos contra Rodas (a partir de 1480), la Orden de San Juan del Hospital deberá enfrentar violentos combates con los otomanos.

En el siglo XVI la Orden de Sant Joan entra en un período de decadencia. Con la pérdida de Rodas ante los ortomanos (1522), la orden fija su sede en Malta que CARLOS V le ha entregado en feudo (de ahí su denominación como Orden de Malta). Los caballeros de la Orden proseguirán desde Malta la lucha contra los musulmanes y desempeñarán un importante papel estratégico en el rechazo de los ataques turcos.