Durante la I República, la separación de la Iglesia y el estado, suprime las subvenciones.

El 3 de enero de 1979, el ministro de Exteriores de España, Marcelino Oreja, y el secretario de Estado vaticano, cardenal Villot, firman solemnemente en Roma los Acuerdos Iglesia-Estado. Con esa firma, se deroga el Concordato de 1953 y se insertan en el recién estrenado marco constitucional español las relaciones Iglesia-Estado. Previamente, en 1976, el Rey ha renunciado al privilegio de presentación de obispos. Los acuerdos parciales se refieren a cuatro apartados: asuntos económicos, educación, relaciones jurídicas y capellanes castrenses. En el acuerdo para Asuntos Económicos, la Iglesia declara “su propósito de lograr los recursos para autofinanciarse”

Desde 1979 en que se firmó los Acuerdos Iglesia-Estado entre España y el Vaticano, estos han sufrido algunas modificaciones. Sobre todo, los de educación y financiación. En concreto, la actualización del acuerdo económico se realiza en 1987, cuando el Ejecutivo de Felipe González decideó unilateralmente poner en marcha el sistema de la asignación tributaria, fijando el porcentaje en el 0,5239%, amén del “complemento presupuestario”.

Primer ejercicio que se aplica la “asignación tributaria”. Un 39% de los españoles opta por la casilla del 0,5% destinado a la Iglesia. El estado complementa con más de 666 millones de euros la asignación.

La Comisión Europea envía una queja al Gobierno de España por el trato de “privilegio” que recibe la Iglesia Católica a causa de las execciones fiscales, lo que “implica una discriminación frente a otras confesiones religiosas”. En virtud del Acuerdo sobre Asuntos Económicos (AAE) entre la Santa Sede y el Reino de España anterior al ingreso de España en la CEE en 1986, la Iglesia católica es la única confesión religiosa que goza de considerables apoyos financieros públicos en el Presupuesto General del Estado. Se considera que “tales beneficios fiscales son contrarios a lo que prevé la directiva europea 91/680/CE”. El gobierno español se limitará a responder que el Acuerdo con la Santa Sede constituye un compromiso previo al ingreso del Reino de España en la CEE.

El Estado garantiza una cantidad a la Iglesia revisable cada año. El Gobierno popular, y luego el del PSOE, prorrogan el sistema hasta el 2006

Denuncia ante el Defensor del Pueblo Europeo por los “beneficios fiscales de la Iglesia Católica” española. En junio de 2004, la CE pide nuevamente explicaciones y, en el 2005, abre un procedimiento de infracción.