En Navarra el general MOLA toma Irún, rompiendo así la comunicación de la zona vasco-asturiana con el resto de la España republicana y cerrando el acceso a la frontera francesa por la zona oeste.

A primeros de septiembre se produce en el Alcázar de Toledo una nueva descarga de víveres y un nuevo mensaje de aliento, esta vez del general MOLA. Se llega incluso a crear un periódico durante el asedio para tratar de elevar la moral de los sitiados, lo que no evita que se produzcan algunas deserciones.

Tras el alzamiento, la iglesia española se alinea de forma clara de lado del bando de los sublevados. La excepción la constituyen los sacerdotes vascos que, dado su sentimiento nacionalista y su comunión con el pueblo, toman partido por el bando republicano, sufriendo por ello las consecuencias. En la fecha, tras haber conquistado Irún por las tropas del general MOLA, elementos incontrolados proceden al fusilamiento de diecinueve sacerdotes por su condición de vascos, por no secundar a la jerarquía católica en su apoyo a la rebelión y por interceder en defensa de los combatientes republicanos apresados solicitando misericordia. Mola no atiende a las peticiones de clemencia, a las que contesta: “¿Cómo quieren que cambiemos un caballero español por un perro rojo?. Estos perros han destruido los valores más espirituales y gloriosos de nuestra patria.”

El 24 de septiembre, se reúnen en un aeródromo, cerca de Salamanca, los generales Queipo de Llano, Saliquet, FRANCO, Orgaz, Gil Yuste, Kindelán, Dávila y MOLA, para acordar la creación de un mando único. Antes de que la Junta se decida a favor de general FRANCO, opción que no gusta nada a Cabanellas más partidario de un triunvirato, el teniento coronel Yagüe le ha proclamado en Cáceres como Generalísimo y jefe del estado. La acción del Alcázar acabará de decidir a los reunidos.

La Junta de Defensa Nacional decide elegir un solo Jefe de la España Nacional. Tras diversas reuniones, el día 28 de septiembre nombra Jefe de Gobierno y Generalísimo de los Ejércitos de Tierra, Mar y Aire al general de División don Francisco FRANCO Bahamonde. Descartados los generales MOLA por su falta de simpatía a la Falange, y Queipo de Llano por el desprestigio que últimamente ha alcanzado, el único capaz de asumir el cargo es el general FRANCO, tras sus últimas victorias en el frente sur y la ansiada liberación de Toledo. El día 1 de octubre aparece en los periódicos esta noticia.

Brunete y Sevilla la Nueva cae en manos de las fuerzas franquistas del general Yagüe, que avanzan hacia Madrid.

El día 23 de noviembre, ante la feroz resistencia encontrada y tras cambiar de mano varias veces los edificios universitarios, FRANCO y MOLA, muy desmoralizados, acuerdan suspender el ataque, quedando consolidado el frente en la ribera del Manzanares con un pequeño entrante en la Ciudad Universitaria. Deciden, en consecuencia, dirigir las acciones militares hacia otros puntos del territorio nacional que aún son republicanos. La República ha hecho realidad el eslogan “¡No pasarán!”, pero evidentemente Madrid no ha sido ni será la “tumba del fascismo”, sino que se verá sometida durante dos años y medio al intenso fuego de la artillería emplazada en la Casa de Campo, mientras su población sufre toda clase de penalidades.

Contraataque republicano en el Parque del Oeste madrileño. Enérgico discurso del general MOLA sobre sentido y fines del Alzamiento.

Cincuenta mil hombres, al mando del general MOLA, inician, en la fecha, la campaña del Norte (31/3/1937-5/6/1937). Los sucesivos reveses del Jarama y Guadalajara hacen que FRANCO acepte la sugerencia de renunciar a la ocupación de Madrid y trasladar el eje estratégico principal al adormecido frente guipuzcoano, prácticamente inactivo desde que , en el otoño de 1936, las tropas de MOLA se posicionaron en la línea del río Deva y fracasó la ofensiva desencadenada contra Vitoria.

A pesar del fuerte apoyo artillero y de la aviación que recibe el ejército nacional, así como de la ayuda de efectivos italianos, los republicanos, en el Norte de la Península, consiguen recomponer sus líneas en varias ocasiones, pero finalmente se ven obligados a replegarse en torno a Bilbao, en el denominado «cinturón de hierro».