Los Medici gobiernan durante 200 años y en ese tiempo consiguen controlar toda Toscana. En 1737 el Gran Ducado de Toscana pasa a la Casa de Lorraine, que mantiene el control (aparte de la breve interrupción bajo Napoleón desde 1799 hasta 1814) hasta que es incorporada dentro del Reino de Italia en 1860. Florencia se hace capital de reino un año más tarde, pero Roma asume este cargo permanentemente en 1870. La ciudad de Roma, último reducto de los Estados Pontificios, es ocupada pacíficamente por Cadorna una vez retiradas las fuerzas francesas por el conflicto francoprusiano; pocos días después, su territorio es incorporado, mediante un plebiscito, al reino de Italia. Pío IX y sus sucesores se considerarán prisioneros en el Vaticano hasta 1929.

El 2 de octubre, Roma se convierte en la capital del reino. PÍO IX, se niega a reconocer el reino de Italia, a establecer relaciones diplomáticas con él y rechaza las garantías personales que se ofrecen y excomulga al rey VÍCTOR MANUEL II de Saboya. Mediante la bula Non Expedit, prohíbe a los católicos, bajo severas penas canónicas, toda participación activa en la política italiana, incluido el sufragio.

Queda definitivamente suspendido el CONCILIO ECUMÉNICO VATICANO I con la bula «Postquam Dei munere». Los Estados Pontificios se disolverán definitivamente cuando Víctor Manuel II los anexione al reino unificado de Italia, incluida Roma. La jurisdicción del papado quedará reducida al Vaticano, en el que cada uno de los sucesivos pontífices permanecerá como prisionero voluntario en protesta.