CROMWELL que ha aplastado a los partidarios monárquicos en Irlanda, derrota, en la fecha, a los estuardistas, en la batalla de Worcester, en tierras de Escocia. Es la batalla final de la guerra civil inglesa. Los 16.000 soldados de las fuerzas monárquicas son aplastados por los 28.000 del nuevo ejército modelo de CROMWELL. CARLOS II huye a Francia bajo un disfraz. El Parlamento ofrece una recompensa de 1000 £ por la cabeza del rey e impone pena de muerte a cualquiera que le preste ayuda. Tras seis semanas de apuradas fugas, CARLOS II consigue abandonar Inglaterra. Empobrecido, CARLOS II recurre a España en demanda de ayuda. Intenta reclutar un ejército, pero fracasa debido a sus penurias económicas.

Muchos de los prisioneros escoceses capturados durante la campaña de CROMWELL mueren de enfermedad y otros son enviados a colonias penales en las Barbados. En las últimas fases de la campaña escocesa, los hombres de CROMWELL bajo el mando de George Monck saquean el pueblo de Dundee. Durante el período de la Mancomunidad, Escocia es gobernada desde Inglaterra y mantenida bajo ocupación militar mediante una línea de fortificaciones que sellan las sierras norteñas, que han provisto de soldados a los ejércitos de Escocia, separándolas del resto del país. La práctica del presbiterianismo es permitida, como lo ha sido siempre, pero la Iglesia de Escocia ya no tiene el respaldo de las cortes de justicia civiles para imponer sus reglas. La conquista de CROMWELL, aunque no es precisamente bien recibida, no deja ni rastro de rencor en Escocia. Aunque no se le recuerda de forma extremadamente favorable, el nombre de Oliver CROMWELL no es recibido ni de lejos con tanto odio en Escocia como en Irlanda.

La pacífica e incruenta revolución del general George Monk dio paso a la restauración monárquica y el 26 de mayo de 1660, CARLOS II ya reconocido como rey de Inglaterra -acompañado de su hermano JACOBO- desembarca en Dover para a continuación entrar triunfalmente en Londres. Desde un principio, JACOBO muestra un gran interés por la política y, dada su afición por los asuntos navales, es nombrado Gran Almirante de Inglaterra, cargo que le permite reorganizar y mejorar notablemente la marina inglesa. Y cuando en su lucha contra Holanda, Inglaterra se apodera de Nueva Amsterdam, en su honor, aquella excolonia holandesa es llamada Nueva York, nombre que hoy prevalece. En aquella guerra, JACOBO Estuardo, duque de York, al mando de la Royal Navy, derrota en aguas del Canal de la Mancha a las naves del almirante holandés Van Tromp. Pero como CARLOS II carece de hijos legítimos y se prevé que el heredero al trono será JACOBO, éste, evitándose los peligros de la guerra, no participa en las siguientes acciones contra los holandeses, que concluyen con la Paz de Breda (1667), por la que Inglaterra gana Nueva York y expulsa a Holanda de las colonias que posee en el este de Norteamérica.

El hecho de que JACOBO , el hermano del rey de Inglaterra CARLOS II, sea católico es muy poco conocido, porque el fallecimiento de su esposa, Ana Hyde, en 1671, oficialmente dentro de la religión católica, provoca una fuerte protesta interna en Inglaterra.

El Parlamento inglés aprueba en 1673, el Test Act, decreto por el que se exige a todos los funcionarios públicos, civiles y militares, ser miembros de la iglesia Anglicana y repudiar la doctrina de la transubstanciación. Cuentan que por entonces JACOBO consulta con Roma si puede, aunque fuera fiel católico, aparentar ser protestante, pero ante la respuesta negativa se ve forzado a dimitir de su cargo de almirante.

Aconsejado por LUIS XIV de Francia, en septiembre de 1673, JACOBO se casa, de nuevo, con la católica Beatriz de Módena y este dato le enfrenta aún más con el Parlamento. Con el propósito de suavizar el elevado antagonismo consiente que las hijas habidas de su anterior matrimonio, María y Ana, se eduquen como miembros de la Iglesia anglicana.

Cuando los ánimos se apaciguan, el rey de Inglaterra, CARLOS II, logra que en el mes de octubre su hermano, JACOBO, regrese a su patria con la condición de aceptar el cargo de Alto Comisario en Escocia. Allí, JACOBO se muestra tolerante, conciliador y protector de los presbiterianos, cuyo apoyo busca, aunque manteniéndose firme en su fe católica a pesar de los embates de quienes pretenden que vuelva al credo anglicano.

Sube al trono de Inglaterra y Escocia, JACOBO duque de York, que reinará como JACOBO II de Inglaterra y VII de Escocia (1685-1689), hijo de Carlos I y de Enriqueta María de Borbón, hermano, por tanto, del fallecido Carlos II que ha muerto sin dejar hijos legítimos. Casi de inmediato se suceden tanto en Inglaterra como en Escocia una serie de guerras civiles en las que las facciones en lucha están en el plano religioso claramente divididas: Los presbiterianos escoceses y los partidarios del anglicanismo. Los primeros propugnan una iglesia puritana y sencilla, gobernada por ministros electos. Han cerrado filas frente a quienes desean una iglesia ritualista administrada por los obispos elegidos por el rey. JACOBO II de Inglaterra (VII de Escocia) se convierte al catolicismo.

JACOBO II hereda de su hermano un poder indiscutido y él, por su parte, aunque en absoluto oculta su religión católica -hasta el extremo de hacerse coronar por el Primado del Papa- se compromete a respetar la Iglesia anglicana y los dictados del Parlamento. No obstante, tiene que soportar el doble ataque del conde de Argyll y del duque de Monmouth -hijo natural de Carlos II y «buen protestante» que aspira al trono inglés. El primero desembarca en mayo de 1685, en el este de Escocia con un grupo de fieles, pero, hecho prisionero, pronto es ejecutado.

El duque de Monmouth arriba en el mes de junio a Lyme, región de Dorsetshire, y aunque reúne algunos millares de partidarios para derrotar a JACOBO II, es derrotado, en la fecha en la batalla de Sedgemoor .