Una vez tomada Lisboa, FELIPE II es proclamado rey de Portugal el 12 de septiembre de 1580 con el nombre de Felipe I de Portugal y jurado como tal por las Cortes reunidas en Tomar el 15 de abril de 1581. Reinó Portugal desde Madrid y designó a Fernando Álvarez de Toledo Condestable de Portugal y I Virrey de Portugal, máximos cargos en aquel país después de la persona del propio monarca. Felipe II lograba la tan ansiada unificación de la península Ibérica bajo un único rey español. Como Felipe I de Portugal, se muestra cuidadoso en el respeto a los usos locales, y deja el país en manos de funcionarios nativos. Pero la moral decae y el Imperio languidece.

La incorporación de Portugal al reino español, en 1580, tiene consecuencias importantes en Brasil. Por un lado, se borran las fronteras interiores y se hace inoperante la división de Tordesillas, pues todas las tierras de América del Sur, al estar incorporado Portugal a España, son españolas; con eso se facilita la penetración cada vez mayor de los bandeirantes hacia el interior.Por vez primera desde los visigodos, ochocientos cincuenta años antes, la Península ibérica constituía una única entidad política.

FELIPE II, se muestra en Portugal cuidadoso en el respeto a los usos locales, y deja el país en manos de funcionarios nativos. Pero la moral decae y el Imperio de ultramar va perdiéndose a favor de los holandeses, quienes sostienen tenaz guerra con España

Se celebra en Catalunya, la buena nueva de la unión de Portugal a la Corona de España.

Los portugueses son los primeros europeos en llegar a Taiwán en 1582 bautizándola con el nombre de «Ilha Formosa».

El prior ANTONIO, hijo del infante LUIS, nieto pues del rey Manuel I de Portugal, que se había proclamado rey en la ciudad de Lisboa con la ayuda del pueblo y de una parte de la nobleza, al entrar las tropas españolas ha tenido que huir a Francia. Desde allí, lenta y soterradamente, gana adeptos y maneja sus intrigas.

En la fecha, hace su entrada solemne en Barcelona, la emperatriz MARÍA, viuda de MAXIMILIANO II y hermana de FELIPE II que ha sido llamada para nombrarla gobernadora del reino de Portugal agregado hace poco a los dominios españoles. La Diputación de Catalunya, formando lucida cabalgata sale a recibirla en el Clot, donde los diputados le hacen acatamiento y le dan la bienvenida. Las calles de Barcelona está lujosamente engalanadas y llenas de gente que aclaman a la dama augusta. Dña MARÍA queda hospedada en el Palau del Lloctinent. La emperatriz permanecerá alrededor de un mes en Barcelona. Pasó el resto de su vida en Madrid, en el famoso convento de las Descalzas Reales.

Con la excusa de apoyar al vencido pretendiente de Portugal, el prior ANTONIO cuyos seguidores se han escondido en algunas de las islas Azores, la reina madre de Francia, CATALINA de Médici, que en la práctica aún ejerce el poder en aquel país, patrocina el envío de sendas flotas al archipiélago, una en el verano de 1582 y otra en el de 1583, con el propósito de conquistarlo y obstaculizar desde allí el comercio hispano-portugués con las Indias.

El marqués de Santa Cruz obtiene para España la resonante victoria naval de la isla Terceira sobre las tropas de ANTONIO, autoproclamado rey de Portugal en contra de FELIPE II.

FELIPE II retorna a Castilla desde Portugal. Las tropas españolas tienen que volver a ocupar Flandes cuando ya ha sucumbido en tierras lusas el duque de ALBA, a la edad de setenta y cuatro años.