Bajo el gobierno relativamente moderado de RODOLFO II, los protestantes no reciben un trato demasiado desfavorable. En definitiva RODOLFO II es un erudito a quien se recordará sobre todo por haber protegido al astrónomo alemán Johannes Kepler (1571-1630), que era protestante. Éste fijará las tres leyes de los movimientos planetarios, enunciadas en 1609 y 1619. Demostrará que las órbitas de los planetas (incluida la Tierra) son elipses, con el Sol en el centro. Demostrará cómo la velocidad o movimiento orbital varía al variar la distancia del planeta al Sol, y cómo el período de revolución de cada planeta está vinculado a su distancia media del Sol. Lo anterior significará un enorme perfeccionamiento del esquema trazado por Copérnico tres cuartos de siglo antes. Cuando Kepler elabora las tablas de los movimientos planetarios basadas en sus leyes, les da el nombre de «Tablas rudolfinas» en honor de su patrocinador. Kepler también estudia el recién inventado telescopio, y calcula con detalle su óptica. Al hacerlo funda la moderna ciencia de la óptica.

El archiduque FERNANDO es nombrado rey de Hungría (1621-1637), FERNANDO I.

Los transilvanos se oponen a los Habsburgo durante la Guerra de los Treinta Años (1619-1648), dirigidos por GABRIEL I Bethlen, príncipe de Transilvania y rey de Hungría.

GABRIEL I Bethlen, rey de Hungría (1619-1621). Renuncia al trono.

Fernando II es sucedido por su hijo FERNANDO III, rey de Hungría (1625), rey de Bohemia y de los Romanos (1636), que es coronado, en la fecha, nuevo emperador de Alemania (1637-1657). FERNANDO III, que ha contribuido a impulsar el asesinato de Wallenstein, empieza a pensar en la paz. Está claro que la crueldad de la Guerra de los Treinta Años, en la que cada bando piensa que su contrario tiene pacto con el demonio, está destruyendo Alemania sin beneficiar a nadie más que a Francia.

Aliado con suecos y franceses, JORGE I RÁKÓCZY, príncipe de Transilvania, ataca la Alta Hungría y obtiene del emperador FERNANDO III la «Paz de Linz» (1645) que reconoce la libertad de culto protestante en Transilvania.

Austria, que ha rechazado el ataque de los turcos, conquista Hungría y parte de los países balcánicos que han estado bajo la dominación turca, y se convierte en gran potencia.

LEOPOLDO I de Habsburgo, hijo de FERNANDO III de Habsburgo y de ANA de España, sube al trono de Hungría (1655-1705). Uno de sus fines es hacer del reino de Hungría un Estado electivo y con derecho a importantes libertades políticas y religiosas. Hombre muy religioso y autoritario, estará muy influido por su preceptor jesuita, el padre Muller, y por sus ministros.

Al enterarse de la guerra no autorizada de Rákóczy, los otomanos declararan la guerra a su vasallo. No pasa mucho tiempo hasta que el Gran Visir Köprülü Mehmed Pasha (visir entre 1656-1661) derrota a JORGE II RÁKÓCZY y conquiste Transilvania. El nuevo príncipe de Transilvania, Juan Kemény, huye a Viena buscando el apoyo de Austria, en la fecha, es depuesto por los turcos.

La renovada invasión otomana comienza en la primavera de 1664. Este retraso es clave en la defensa de Austria, mientras Montecuccoli espera ayuda. Finalmente en julio de 1664 las fuerzas imperiales están listas y se establecen en el río Raba, el cual separa las fuerzas turcas de las austriacas. Montecuccoli intercepta a los otomanos antes de que crucen el río. Sin embargo, el 1 de agosto de 1664 los otomanos logran cruzar el río cerca del monasterio de San Gotardo y atacan las fuerzas de Montecuccoli (Batalla de San Gotardo) Aunque al principio reina la desunión, Montecuccoli es finalmente capaz de convencer a los mandos para atacar a las tropas turcas, las cuales se reorganizan en un bosque cercano. El ataque aturde a los turcos, quienes huyen en la confusión de vuelta al río, ahogándose un gran número de ellos. Debido al pánico reinante, Ahmed Köprülü no puede enviar al resto de su ejército a lo largo del río y en vez de ello se retiran. Los turcos otomanos son militarmente derrotados, pero pueden negociar la Paz de Vasvár o Paz de Eisenburg: 20 años de tregua.