En Alemania, durante la ausencia de FEDERICO II, su hijo el rey ENRIQUE , intenta llevar a cabo una política propia favorable a las ciudades, pero fracasa por la resistencia de los príncipes. Y es que para conseguir el apoyo alemán en sus campañas en Italia septentrional, el emperador FEDERICO II permite a los príncipes usurpar los poderes reales de manera que les hace prácticamente ser dueños absolutos en sus propios territorios. ENRIQUE, en la Dieta de la corte de Worms, se ve obligado, por todo ello, a firmar, en la fecha, el “Statutum in favorem principum” (Privilegio de Worms), que concede a los príncipes derechos de soberanía territorial (equiparación con los príncipes eclesiásticos).

Los burgueses alemanes alcanzan representación en la Dieta en el año 1232. (Se considera que Alfonso IX de León fue el precursor de esta iniciativa cuando en la Corte regia de 1188 los burgueses formaron parte por primera vez en sus decisiones).

ENRIQUE, empujado por los príncipes germánicos y por las ciudades que tienden a fortalecer sus propias autonomías, se dirige contra las órdenes imperiales y es el protagonista de una verdadera rebelión. Después de varias insubordinaciones, es obligado a presentarse frente a su padre, FEDERICO II, en Aquilea en mayo del 1232, prometiendo cumplir las disposiciones imperiales.

A partir de los años 1231-1233, durante el pontificado de GREGORIO IX, los tribunales inquisitoriales se multiplican sin un plan sistemático y organizado, sobre todo en Francia, Italia, Alemania, Países Bajos, Hungría y Bohemia. Sus titulares son preferentemente miembros de las órdenes regulares, con un neto predominio de los dominicos. Resulta indudable que inicialmente los procedimientos previstos son aplicados con un rigor tal vez excesivo, que en algunos casos degenera en verdaderos abusos. Con el tiempo la normativa será atemperada por una serie de correctivos.

El emperador alemán, FEDERICO II, ordena que cualquiera que sea condenado por herejía en todo el Imperio -ya lo había ordenado concretamente para Lombardía y Sicilia- se le queme vivo, e implora al papa “a quien corresponde eliminar todo mal que amenace a la Religión cristiana”, que coopere con él para que la locura herética pueda ser aniquilada con las dos espadas que tienen en sus manos.

Cruzada contra los campesinos de Stedingen, junto al Weser inferior, al mando del arzobispo de Brema.

De nuevo en Alemania, ENRIQUE se comporta como si nada hubiese sucedido y vuelve a esparcir las semillas de la discordia. De hecho, en la fecha, se levanta en Boppard contra el? emperador y concierta una alianza con las ciudades lombardas. A finales de este mismo año, el Papa GREGORIO IX, cuyos intereses en la circunstancia coincidían con los del Imperio, le lanza el anatema, justificado con presuntos comportamientos que violan las leyes contra los heréticos. Esta actitud de ENRIQUE es tachada de alta traición.

ENRIQUE contrario a la política de su padre el emperador es abandonado por sus partidarios, y es convocado a Wimpfen, donde, luego de haber sido sometido a un proceso-farsa, es depuesto del trono de Alemania y, el 4 de julio, condenado a muerte. FEDERICO II hizo conmutar la pena de muerte por cadena perpetua. Será encarcelado, primero en Alemania y después en Italia. (De todas maneras, este aislamiento puede haber sido provocado tanto por su salud como por su rebelión, ya que el análisis de su esqueleto en 1998 – 1999 mostrará que sufre lepra en avanzado estado.)

FEDERICO II reacciona al debilitamiento del poder real originado por la querella con su hijo, así, en la Reunión Imperial (Reichsversammlung) en Maguncia el 25 de agosto de 1235, promulga la Primera Ley de Paz del País (Landfriedensgesetz) y los aliados de ENRIQUE son perdonados en la medida de lo posible.

FEDERICO II de Alemania avanza contra Austria en su conflicto con FEDERICO II el Pendenciero, de Austria. Austria pasa a ser territorio dependiente del Imperio.