Desde 1635, Catalunya se convierte en uno de los escenarios fundamentales de la Guerra de los Treinta Años entre las monarquías francesa e hispánica. Esta guerra arrasará Catalunya con una brutalidad similiar a la que afectará los territorios checos, alemanes flamencos o italianos. En la Europa de la época, la presencia de tropas -tanto amigas como enemigas- constituye una especie de plaga de dimensiones casi apocalípticas.

Ante la negativa de Catalunya a aceptar la «Unión de Armas», a participar en la defensa común y a movilizar soldados, el gobierno de Madrid envía fuerzas militares a Catalunya para defender la frontera de los Pirineos. La historiografía nacionalista ve en este hecho un intento de dominar a Catalunya para los planes centralistas del conde-duque de OLIVARES, por esto se ha dicho que, desde 1635, hubo un ejército de ocupación en Catalunya. Ya empezaron entonces las pendencias entre la soldadesca (casi toda extranjera) y la población, a causa de la conducta de los soldados, pero también de la excitación en que estaba el pueblo

En Catalunya, el cobro de los impuestos confiere a la Diputació un poder excepcional, pero la mala administración es la causa de una deuda pública cada vez más grande y unas dificultades que, a principios del siglo XVII, llegan a ser muy preocupantes y contribuyen al cierre de cajas cuando el poder central -en la fecha- intenta que la Diputació contribuya a los gastos de la guerra con Francia.

Las tropas españolas se disponen para dirigirse a la fortaleza de Leucata. Con el fin de juntar un ejército, aparte de las escasas fuerzas regulares disponibles, se decide disponer de contingentes de milicias catalanas, pero éstos, siguiendo su Constitución «Princeps namque» que nada más obliga a los catalanes a luchar en guerras defensivas y teniendo en cuenta que Leucata es una plaza occitana, por lo que no se trata de una guerra para defender el territorio catalán, los catalanes no tienen ninguna obligación jurídica de participar en ella. A pesar de la general oposición se empiezan a formar unas pocas compañías de milicias catalanas para participar en la empresa. Girona ofrece una compañía de 90 hombres recomendada por Galcerán de Cartellà Barón de Falgons para servir durante 3 meses en la campaña, una Compañía de la Villa de Olot y Conde de Peralada con 400 hombres y un Tercio de 500 hombres pagado durante 3 meses por el Consell de Cent de Barcelona.

En la guerra contra Francia, por fin, en agosto de 1637, el Consejo de Ciento barcelonés acepta pagar durante cinco meses los gastos de un batallón de 500 hombres que deben reclutarse en el Principado.

El ejército español, cruza la frontera. Los franceses -entre el 27 de agosto y el 29 de septiembre-infligen una severa derrota a las tropas? españolas. Vueltas las tropas españolas a su punto de partida son debidamente guarnecidas las fortalezas fronterizas del Rosellón y de la Cerdanya y el resto de la tropa se distribuye entre varias localidades catalanas, donde queda alojada para invernar OLIVARES acusa a los catalanes de no haberse implicado en la campaña, y estos replican que ha estado mal planificada por los castellanos.

OLIVARES en vista de que no logra nada de los catalanes, quiere probar con un virrey catalán, a modo de cortina de humo. En 1638 le ofrece el puesto al conde de Santa Coloma de Queralt, uno de los nobles con más clientela desde que encabezara la oposición en las cortes. El conde de Santa Coloma, pese a su entusiasmo, no está ni mucho menos a la altura de las circunstancias. Claro que tampoco se le dan facilidades y, además, los acontecimientos le arrollan.

Para aliviar la presión francesa sobre Italia y Flandes, los otros frentes que España tiene abiertos en la Guerra de los Treinta Años, el gobierno de OLIVARES acuerda poner sitio a Leucata, la puerta del Lenguadoc. Para ello, OLIVARES quiere obligar a los catalanes a comprometer todos sus recursos en la guerra contra Francia, es decir, se trata de imponer «de facto» la Unión de Armas que las Cortes Catalanas han rechazado en 1626 y 1632.

Aprovechando las tropas movilizadas para la defensa de Leucata, los franceses inician una contraofensiva aunque la respuesta francesa no se produce en la frontera catalana, como se temía, sino en la guipuzcoana. Los españoles derrotan a los franceses en Fuenterrabía.

Si bien en Catalunya la Diputació del General era una institución paritaria de los brazos, formada per tres diputados y tres oidores, el diputado eclesiàstico disponía de precedencia en los ceremoniales y era presidente de elección trienal, por insaculación. El cargo corresponde, en julio de 1638, al canónigo de Urgell, PAU CLARIS I CASADEMUNT (1638-1641), que proviene de una família de juristas enraizada en Barcelona. Se ha manifestado en contra de la castellanización de la Iglesia y ha tomado parte en la oposición a la Unió d\’Armes en la cort de 1626. Juntamente con el nuevo diputado militar (Francesc de Tamarit) ha dado soporte a las quejas de los pueblos contra los alojamientos.