Al cabo de un año de la rendición de Abd El Krim, el general SANJURJO, alto comisionado, dirige una alocución a los ejércitos de Tierra y Mar dando por terminadas, oficialmente, las operaciones en Marruecos.

Tras la pacificación definitiva de la zona del Rif, es cuando realmente se pone en marcha el Protectorado español sobre el territorio marroquí que le corresponde y se produce la ocupación efectiva del mismo. El general Conde de Jordán hace un inventario de las posiciones de España en el norte de África donde no figura el islote de Perejil. En la fecha, los reyes de España visitan, en un viaje memorable y con una acogida calurosa, las plazas de soberanía en Marruecos. Empieza una nueva etapa de gran importancia para España que durará hasta 1957. No sólo de presencia militar, sino con un claro intento de colonizar desde el punto de vista de fomento y explotación económicos, aunque permitiéndose una relativa autoridad política marroquí centrada en un emir con sede en Tetuán.

Durante la Segunda República española, Ceuta y Melilla desean conseguir una mayor autonomía, pero los distintos gobiernos se niegan a concederla. En consecuencia, se origina en ellas un sentimiento de frustración contra el régimen.

Hasta finales de 1934, Marruecos no es pacificado por completo, con lo que se acaban prácticamente las guerras africanas. Y de nuevo vuelve la paz a los Protectorados. En cuanto al establecimiento de las fronteras entre ambos protectorados -español y francés- se establece, dada la imprecisión del tratado de 1912 al respecto, un «modus vivendi» satisfactorio para ambas partes.

FRANCO, Jefe del Estado Mayor del Ejército, advierte al Gobierno de las divisiones en el ejército. En una carta enviada al presidente del Gobierno, pone de manifiesto las repercusiones de la inestabilidad social en el ejército. Igualmente sugiere que se confiera a los militares la pacificación y el restablecimiento del orden público, con lo cual se evitarían males mayores.

Durante los primeros días de julio se realizan maniobras militares por parte del Ejército español en las plazas del Norte de África. El movimiento constante de tropas hace correr el rumor de que se está preparando un golpe de Estado, algo que el Gobierno se apresura a desmentir, indicando que se trata de simples maniobras militares que entran dentro de los quehaceres habituales del Ejército.

El asesinato del dirigente derechista José CALVO SOTELO, ocurrido el 13 de julio, no es el motivo del alzamiento militar que dará paso a la Guerra Civil Española que, de hecho, lleva fraguándose meses, pero sí acaba con las últimas discusiones entre los conspiradores y adelanta la fecha del golpe. Emilio MOLA que tiene fijado el inicio del golpe para la madrugada del 19 de julio se ve obligado a dar el pistoletazo de salida. Así, pues, en la fecha, la guarnición de Melilla se subleva, los militares fieles a la República son reprimidos. El levantamiento está dirigido por elementos de la Falange apoyados por la Legión. Se producen graves disturbios y se detiene a un elevado número de miembros de sindicatos y partidos de izquierda; muchas personas son fusiladas, entre ellas el alcalde de la ciudad y el comandante militar jefe de la plaza, general Romerales. Posteriormente los sublevados ocupan Ceuta. Los militares africanistas tienen a su jefe natural en el general FRANCO, en aquel momento destinado en Canarias como general en jefe del ejército de Marruecos y del sur de España. España dispone en Marruecos de un ejército de 32.000 hombres, incluidos los nativos, que llegarán a ser claves en la sublevación militar.

En 1944, los nacionalistas marroquíes crean el Partido del Istiqlal (Partido de la Independencia), que pronto gana el apoyo del sultán MOHAMED V y de la mayoría de la población, aunque no de las tribus bereberes. El Partido Nacional no se contenta con reclamar mejoras puntuales a las autoridades coloniales francesas sino que exige la independencia de Marruecos: el 11 de enero de 1944 se presenta el Manifiesto de la Independencia y la Democracia que constituye el nacimiento formal del Istiqlal.

El 28 de enero de 1944 se inicia en Marruecos una extensa ola de arrestos de líderes y simpatizantes del Istiqlal, hecho que provoca importantes manifestaciones en Fez, Rabat y Salé. La violencia se extiende hasta la primavera de 1946 cuando Allal el-Fassi y Ahmed Balafrei son liberados.

Francisco Franco decide la entrega de Tánger a una comisión internacional para que sea incorporada a Marruecos en su proceso de independencia.