FERNANDO II, suspende las elecciones que se habían de celebrar en Catalunya en julio de 1488 y designa personalmente los nuevos diputados de la Diputació entre hombres de su confianza. La intervención de FERNANDO II tiene una finalidad primordialmente económica. La Mayoría de los acreedores de la Diputació: burgueses, eclesiásticos y militares, exigen dicha intervención. Desde las quejas de los consellers de Barcelona (muy a menudo enfrentados con la Diputació por cuestiones de jurisdicción y de ceremonial) a las protestas generales que FERNANDO II aduce, hay todo un mar de malestar y de efervescencia. El dinero, egoísta como siempre, reclama sus derechos.

En la Corona de Aragón, debido a la tradición pactista, le resulta más difícil al poder monárquico potenciar las instituciones centrales de gobierno. A fin de liquidar el papel político de las principales instituciones del país y también para acabar con las prebendas y complicidades creadas en torno a los cargos de diputado, FERNANDO II impone la insaculación a la Generalitat (1493) y al Consell de Cent (1498). La insaculación es un sistema de elección de los cargos consistente en introducir los nombres de los candidatos en una bolsa (o en un saco) y escogerlos al azar. FERNANDO se reserva para el resto de su reinado la posibilidad de controlar qué nombres pueden ser ?insaculados y cuales no. De esta manera se liquida cualquier forma de oposición política organizada desde las instituciones del país. No es necesario decir, sin embargo, que nada más una minoría muy selecta tendrá la posibilidad de poder ser inscritos entre los que han de salir elegidos. (Será el mismo sistema que impondrá Felipe IV cuando conquiste Barcelona durante la Guerra dels Segadors (1652)

El Consell de Cent tiene un organismo ordinario de consell i de govern, que desde 1387 estaba formado por treinta miembros del propio Consell. A partir de 1455 pasaron a ser 32 personas, y desde 1493 son 36 sus componentes.

También en la Corona de Aragón se fortalecen las atribuciones de los lugartenientes generales, lo que resulta lógico debido a los largos períodos de ausencia del rey FERNANDO de los territorios de la Corona de Aragón.

Pedro de Mendoza (de Castilla). Abad de Santes Creus. Leal a Fernando el Católico. Es nombrado president de la Generalitat de Catalunya (1497-1500).

Alfonso de Aragón (de Valencia). Obispo de Tortosa. Crítico con la Inquisición. Es nombrado presidente de la Generalitat de Catalunya (1500-1503).

Gonzalo Fernández de Heredia (de Mora de Rubielos, Teruel). Arzobispo de Tarragona. Hombre de confianza de los Reyes Católicos. Es nombrado president de la Generalitat de Catalunya (1504-1506).

Benet de Tocco (de Nápoles). Obispo de Vic, Girona y Lleida. De orígenes albaneses. Es nombrado president de la Generalitat de Catalunya (1569-1572).

Desde 1561 habían surgido en Catalunya conflictos entre los diputados de la Diputació y la Inquisición por cuestiones de ceremonial, dando lugar -en la fecha- a una situación extraordinariamente grave: el encarcelamiento, por orden del virrey, de los diputados que se habían negado a excusarse ante los inquisidores.

El principal organismo representativo del reino, las Cortes, está limitado por su dependencia de la convocatoria real. Las reivindicaciones que presentan y Ia escasa entidad de los servicios financieros que ofrecen determinan que la monarquía las convoque cada vez con menor frecuencia (en 9 ocasiones en el siglo XVI y sólo en 3 en el siglo XVII). Su representatividad está también mediatizada por criterios de orden estamental y sus miembros defienden sus intereses particulares, lo que dificulta crear un frente común que limite el poder real. Similar debilidad tienen las instituciones que se arrogan la representación del reino en los cada vez más largos períodos interlegislativos. La Generalitat pretende ejercer esta función como derivación de las atribuciones fiscales y financieras. Pero las juntas de Estamentos, integradas por los miembros de cada uno de ellos que residían en la capital, con capacidad de autoconvocatoria y reunión por separado, se arrogaban de forma exclusiva la citada representación. En estas condiciones, la monarquía puede inclinarse hacia una u otra en función de sus intereses y aprovechar su rivalidad para enfrentarlas y alcanzar sus propios objetivos.