A raíz del Concilio de Toledo convocado por GREGORIO XIII, FELIPE II envía un embajador; pero GREGORIO XIII, temiendo una disminución del poder de la Iglesia, prohíbe que se incluya en las actas el nombre del representante real, hecho que provoca la suspensión definitiva de estas asambleas en España.

Es el primer Jubileo después del Concilio de Trento. Roma se preparó para el acontecimiento con particular esmero y austeridad. Ya desde 1573, a los dueños de hosterías y hoteles se les ordenó que no subieran los precios. Fueron construidas nuevas calles para facilitar el recorrido de los peregrinos; entre ellas la Avenida Merulana que une San Juan de Letrán con Sta. María la Mayor. En la vigilia del Año Santo, el Papa Gregorio XIII pidió a los Cardenales un nuevo estilo de vida para dar ejemplo a los fieles. Entre los cardenales presentes en Roma estuvo el gran arzobispo de Milán, Carlos Borromeo. El Papa Martín V había instaurado la tradición de comenzar el jubileo abriendo la Puerta Santa con un martillo de plata. En 1575, al Papa Gregorio XIII se le rompe el mango del martillo hiriéndole, mientras el bloque de ladrillos cae hacia adentro matando a tres sirvientes. Luego, la muchedumbre se abalanza sobre los escombros en busca de la pieza de plata y para obtener uno de los «santos» adoquines. En el tumulto murieron ocho personas por asfixia. A pesar de semejante principio, el resto del jubileo se desarrolla con gran tranquilidad y afluencia de público. Por primera vez se distribuyen  entre los peregrinos los primeros «mapas» impresos de la Ciudad Eterna.

Giordano BRUNO deja el convento bajo sospecha de herejía.

Tras sufrir cinco años de cárcel inquisitorial, es absuelto Fray Luis de León. Al regresar a sus clases en la universidad de Salamanca dice la célebre frase: \»Decíamos ayer…\». Esta frase, será repetida posteriormente por Unamuno cuando regrese al aula después de su exclusión.

William Allen y otros exiliados ingleses residentes en Roma conciben invadir Inglaterra con una fuerza militar que manda Thomas Stukley, otro compatriota que ha luchado en Lepanto, y así se lo proponen al papa GREGORIO XIII. Éste, que está siempre en disposición de aceptar cualquier plan cuya finalidad sea el derrocamiento de la reina Isabel y la vuelta de sus súbditos al redil eclesiástico, lo acoge con entusiasmo. GREGORIO XIII quiere involucrar en la empresa a Felipe II por medio de su embajador ante la Santa Sede, Juan de Zúñiga. El rey se muestra asimismo favorable al proyecto. Stukley embarca en Porto Ercole hacia Irlanda con 800 infantes haciendo escala en Lisboa, donde deben unírseles otros contingentes; como los refuerzos se hacen esperar, debe parecerle al aventurero inglés que le será de más provecho sumarse al rey portugués Sebastián I en sus correrías africanas aunque sea con abandono de la misión papal, y la proyectada maniobra tampoco tiene lugar esta vez.

Inglaterra es otro de los focos de atención del papa GREGORIO XIIII, y destronar por cualquier medio a Isabel I una de sus mayores obsesiones. Contra ella utiliza el oro de las arcas de la iglesia, las armas de quien está dispuesto a ofrecerlas y hasta sicarios asalariados por Roma. Todas las tentativas se frustran. JUAN de AUSTRIA es uno de los comisionados por el papa para llevar a cabo en 1578 una acción militar contra la reina británica; Niccolo Ormanetto, nuncio de su santidad en España, tiene la misión de convencer a FELIPE II de que organice desde Flandes la invasión de Inglaterra o, en su caso, preste los medios para hacer llegar a Irlanda 2.000 soldados reclutados por el papa. Nada de esto se podrá hacer; al final don JUAN recibe de GREGORIO XIII cincuenta mil escudos de oro y el mandato de intentar liberar a María Estuardo, pero las acuciantes necesidades pecuniarias en las empresas de Flandes le determinan a desviar aquellos fondos a estas operaciones y la expedición inglesa no se lleva a cabo.

De acuerdo con la teoría papal, una vez excomulgada la reina ISABEL I, temporalmente la soberanía legal de los reinos de Irlanda y de Inglaterra reside en el obispo de Roma. Por esta razón y porque los irlandeses han solicitado su ayuda al Papa para sacarse a los ingleses de encima, almenos en cuatro ocasiones, en 1577, 1578, 1579 y 1580, el Papa con la ayuda principalmente de España, algunas veces velada y otras abiertamente manifestada, intenta «invadir» la infiel Inglaterra. Pero cada uno de los intentos será desbaratado por una u otra cuestión, la mayoría de las veces por falta de la estructura necesaria.

GREGORIO XIII trata desde Roma de frenar la invasión de Portugal por las tropas españolas y envía a toda prisa a sus delegados ante FELIPE II. Pero los delegados pontificios son, ya desde Zaragoza, obstaculizados en su misión por orden expresa del rey. Se les recibe en cada ciudad, en cada pueblo, en cada burgo, en cada aldea, con tanto fervor y cortesía que su marcha se retarda hasta el infinito. Cuando FELIPE II escuche las solicitudes papales, la conquista de Portugal será un hecho consumado. FELIPE II que ha impuesto con la fuerza de las armas sus pretensiones de sucesión al trono de Portugal, lo incorpora a España proclamándose rey. Todas las posesiones lusas quedan sujetas al monarca español. Por vez primera desde los visigodos, la Península Ibérica constituye una única unidad política.

Después de viajar por el sur de Italia -Giordano BRUNO, en Roma, llega a ser acusado del asesinato de un dominico que aparece flotando en las aguas del Tíber- llega a Ginebra en donde CALVINO tiene una república protestante, doctrina a la cual se adhiere. Allí también realiza algunos actos de inconformidad y en una ocasión publica y distribuye un escrito en donde acusa a un profesor calvinista de cometer 20 errores en una sola sesión académica. Es hecho prisionero hasta que se retracta de lo dicho. BRUNO abandona el cristianismo. Así, antes de que lo hicieran los católicos, es excomulgado por los calvinistas y los luteranos. Al dejar Ginebra va a Toulouse y de allí a París donde después de varios tropiezos por la guerra religiosa es aceptado por ENRIQUE III como profesor de la Universidad en 1581. Posteriormente viaja a Londres, allí aplica para enseñar en la Universidad de Oxford la nueva cosmología Copernicana (como Galileo) atacando al tradicional sistema aristotélico.

El Tribunal del Santo Oficio mantiene durante todo el reinado de FELIPE II una intensa actividad, como demuestra el hecho de que es en ese período en el que más procesos incoados se registran, causas que en una elevada proporción, se siguen contra los musulmanes, pues el llamado problema morisco sigue enquistado en la política imperial española. La larga serie de procesos abiertos se complementa con diversas medidas coercitivas contra la población morisca, lo que provoca revueltas que determinarán al Consejo de estado a decretar en 1582, su expulsión de España. Sin embargo, los conflictos internacionales del momento retrasarán la puesta en práctica de esta medida hasta el año 1609. Por otra parte, los sectores feudales que reciben rentas defienden una lenta política de asimilación.