El 19 de mayo de 1599, con la publicación de la bula Annus Domini placabilis, el papa CLEMENTE VIII anuncia el Jubileo que habrá de celebrarse en 1600 y que supondrá la llegada a Roma de tres millones de peregrinos.

En Bohemia los no católicos (luteranos, calvinistas y Hermanos Bohemios, herederos de los hussitas del siglo XV) constituyen la mayor parte de la población, pese a los intentos contrarreformistas de la religión romana.

«Avisos de Roma», un diario urbano de la época, refiere que el Año Santo (Jubileo) del 1600 con el Papa Clemente VIII es uno de los que ha tenido mas éxito tanto por la gran participación de fieles, como por la especial devoción de los peregrinos. Dos son las razones: el hecho de que la Iglesia católica comienza a recoger los frutos del Concilio de Trento y el clima de distensión que vivía Europa, después de tantos años de guerras y de divisiones. En Roma las instituciones de hospitalidad, creadas por las diversas Cofradías, desempeñaron un papel determinante, para resolver el problema del alojamiento y alimentación de la gran mayoría de los peregrinos, que eran pobres y no podían acceder a las estructuras normales de hospedaje.

El triunfador final de aquellas guerras entre rivales es, en 1600, Tokugawa leyasu, quien unifica el imperio y hace que el emperador le otorgue el cargo hereditario de shogun. El shogun es? una especie de jefe de gobierno y comandante supremo del ejército al mismo tiempo, el hombre más poderoso del Estado. Apenas ha ocupado su cargo, Tokugawa comienza a oponerse a las influencias occidentales. Los europeos son expulsados del país, se persigue a los cristianos y, a mediados del siglo XVIII, la fe cristiana es prácticamente suprimida.

El 20 de Enero de 1600 el Papa CLEMENTE VIII ordena que Giordano BRUNO sea llevado ante las autoridades seculares.

El 8 de febrero es leída la sentencia contra Giordano BRUNO en donde se le declara herético impenitente, pertinaz y obstinado, es expulsado de la iglesia y sus trabajos son quemados en las escalinatas de la basílica de San Pedro. Es, pues, condenado a muerte por apostasía y violación de votos monásticos. El inquisidor del proceso es el teólogo jesuita Roberto Belarmino. Es famosa la frase que dirige a sus jueces: «Tembláis más vosotros al anunciar esta sentencia que yo al recibirla». Durante todo el tiempo es acompañado por monjes de la iglesia.

El 17 de febrero de 1600 -año jubilar, año de perdón-, Giordano BRUNO, con 52 años, es quemado vivo en el Campo de Fiori (Roma). Según dice la crónica de la época, llegada la hora de la muerte, gira el rostro cuando le acercan el crucifijo y muere gritando palabrotas. Todavía hoy, el monumento a Giordano BRUNO en la bellísima plaza de Campo di Fiori, en Roma, es visitado por las asociaciones de masonería italiana y de librepensadores que lo veneran como «el símbolo de la libertad de pensamiento frente a la intolerancia dogmática de la Iglesia». Giordano BRUNO ha sido convertido en mártir de la ciencia por la defensa de las ideas heliocentristas, aunque hay que decir que la causa principal de su juicio fue la teología neognóstica, en donde negaba el pecado original, la divinidad de Cristo y por poner en duda su presencia en la eucaristía.

Los milagros no comienzan a ser cuestionados hasta el siglo XVII. A partir de entonces, ni el panteísmo, ni el deísmo, ni el escepticismo, los consideran necesarios ni verosímiles. Mientras que el protestantismo -salvo el de tipo liberal- concede veracidad absoluta sólo a los contenidos en la Escritura (aunque no niegue la posibilidad de otros posteriores), el catolicismo insiste también en la realidad de sucesos milagrosos asociados a lugares como Lourdes.

Durante el siglo XVII se celebran cinco autos de fe en España a cargo de la Inquisición: pasan 243 reos por el cadalso; al quemadero se encaminan 17.

Durante la Reforma, Lucerna es el bastión del catolicismo y a partir de 1601 hasta 1873 sede de la Nunciatura Pontificia en la Confederación Helvética.