Después de la muerte de Felipe IV, en 1665, don Juan José de Austria, hijo bastardo de Felipe IV, se convirtió en líder reconocido de la oposición al gobierno de la viuda de Felipe, la regente. Ella y su favorito, el jesuita alemán Juan Everardo Nithard, apresaron y condenaron a muerte a uno de sus servidores de confianza, don José Malladas. Don Juan, en respuesta, se puso a la cabeza de un levantamiento de Aragón y Cataluña, llegando a ver en él, la gran esperanza nacional. En especial es querido en Catalunya y otras zonas de la periferia por sostener que de allí, y no del centralismo castellano, llegará la salvación de España. En febrero de 1669, aprovechando la general antipatía contra Nithard, encabeza una marcha sobre Madrid que alcanza un éxito total obligando al valido -jesuita austriaco-  a abandonar España el 25 de este mes y a refugiarse en Roma después de que la reina Mariana de Austria aprobase, asesorada por la Junta de Gobierno y el Consejo de Castilla, la demanda de expulsión exigida por don Juan José de Austria . Sin embargo Juan José no se aprovecha de su triunfo y nada obtiene para sí mismo, limitándose a esperar la mayoría de edad de Carlos II. Hasta que ella llega, se hará con las riendas del poder un arrivista aventurero llamado Fernando Valenzuela y Enciso.

Una vez recupera su posición en Madrid don Juan José de Austria propone a la regente Mariana de Austria la creación de una Junta de Alivio, encargada de realizar el programa político por él diseñado. Las reformas planteadas abogan por una rebaja de las contribuciones y suavización de las medidas para su cobro; que se revaloricen las cualidades del ejército; que se mejore la administración de justicia; que se cuide mejor la educación del rey; que no se conceda el cargo de inquisidor general a extranjeros. Doña Mariana de Austria admite la mayor parte de las sugerencias. Don Juan fue, sin embargo, obligado a contentarse con el virreinato de Aragón.

Ante el desmedido aumento del poder del valido Fernando de Valenzuela, y aprovechando la debilidad mental del rey, la alta nobleza y los consejeros del gobierno reaccionan y piden al rey el encarcelamiento de Valenzuela, mientras don Juan José de Austria que ha partido de Catalunya se acerca a Madrid con su ejército. En diciembre de 1676, Valenzuela se refugia en El Escorial pero es capturado y procesado, por lo que parte hacia el destierro, primero a Filipinas y luego a México. Por otra parte, la reina madre es confinada en Toledo y Juan José de Austria asume las funciones de primer ministro (1676-1679), respetando siempre, quizá en exceso, la autoridad de su hermano, el rey.

En 1677, la Reina madre despierta una oposición universal por sus desvergonzados favores a Fernando de Valenzuela. Debido a ello don JUAN JOSÉ de Austria es capaz de separarla de la corte, y establecerse él como primer ministro. Así, pues es nombrado primer ministro (1677-1679). Pocos días después de salir de Zaragoza acompañado de una fuerte escolta y contando con el apoyo de lo mejor de la nobleza castellana, llega a Madrid el 23 de enero de 1677 en medio del entusiasmo popular. Tras su llegada, recibe de CARLOS II el nombramiento de primer ministro, lo que equivale a que el monarca acepta la puesta en práctica de un importante proyecto de urgentes reformas imprescindibles para levantar el país. Hubo grandes esperanzas sobre su administración, pero resultó decepcionante y corta.

El nuevo primer ministro de España -Juan José de Austria- se demuestra eficaz en política interna, creando una Junta de Comercio y Moneda para estimular el desarrollo económico; acaba con la escandalosa venta de cargos a que tan afecta había sido la reina madre y es el primero en introducir la idea de una España plural. Enterado de la influencia del valido Fernando de Valenzuela, quiere revisar su actuación. El valido se refugia en El Escorial, de donde es sacado para ser juzgado, acusado de haberse apoderado de cien millones de reales (en el inventario de sus bienes se hallaron sólo diez), No tendrá la misma suerte en política exterior.

El Primer ministro de España, Juan José de Austria, concierta el inmediato matrimonio del rey CARLOS II con MARÍA LUISA de Orleáns a fin de asegurar la continuidad de la dinastía.

Hacia 1679 la política seguida por JUAN JOSÉ de Austria ha dejado de esperanzar a los españoles, ya que se encuentra más preocupado en desterrar a sus enemigos políticos y premiar a sus apoyos, sobre todo a los aragoneses. Son muchos los nobles que acuden a visitar a la reina madre confinada por JUAN JOSÉ en el alcázar de Toledo. Madrid está lleno de hojas volanderas y pasquines criticando su gestión. Sólo la muerte libra al primer ministro de una caída inminente, después de perder sus apoyos nobiliarios.

Pero pronto empiezan las críticas a la política interior realizada por Juan José de Austria, en especial por el incontenible aumento de los precios. En 1679, la muerte -tal vez por envenenamiento- viene a librar a Juan José de Austria de un definitivo fracaso y de una más que previsible destitución. Hijo bastardo de Felipe IV y director de la política española durante mucho tiempo, en sustitución primero de la regente Mariana de Austria y después de su hermanastro Carlos II. Juan José de Austria, buen gobernante, ha sido, sin embargo, altamente ambicioso, llegando a proponer a su padre el matrimonio con su hermanastra la infanta Margarita cuando, fallecido Baltasar Carlos, no hay hijos varones, lo que le aseguraría el título de regente. Esto le valió la eterna repulsa paterna, aunque Felipe IV lo recomendó a sus sucesores.

Tras la muerte de Juan José de Austria, el débil e inepto CARLOS II confía el gobierno al duque de Medinaceli, casi tan inepto como él mismo. Posteriormente, es nombrado el conde de Oropesa.