Factor no decisivo, pero sí coadyuvante para la aparición de los primeros focos de protestantismo en España, es la doble circunstancia del retiro claustral del emperador Carlos y de las ausencias de su hijo FELIPE II.

El Tribunal del Santo Oficio mantiene durante todo el reinado de FELIPE II una intensa actividad, como demuestra el hecho de que es en ese período en el que más procesos incoados se registran, causas que en una elevada proporción, se siguen contra los musulmanes, pues el llamado problema morisco sigue enquistado en la política imperial española. La larga serie de procesos abiertos se complementa con diversas medidas coercitivas contra la población morisca, lo que provoca revueltas que determinarán al Consejo de estado a decretar en 1582, su expulsión de España. Sin embargo, los conflictos internacionales del momento retrasarán la puesta en práctica de esta medida hasta el año 1609. Por otra parte, los sectores feudales que reciben rentas defienden una lenta política de asimilación.

Se lleva a cabo un Auto de fe en Sevilla, contra elementos judaizantes. De los 16 procesados, 5 son sentenciados a la pena capital.

El complejo aparato inquisitorial dedicado a la censura contaba, además, con un número infinito de delatores o confidentes deseosos de ayudar al control y la pureza de la ortodoxia, de modo que prácticamente ningún autor español podía considerarse a salvo, se tratara de un autor vulgar o de una pluma prestigiosa, como es el caso de la mismísima TERESA de Jesús, algunas de cuyas obras fueron objeto de denuncia entre 1589 y 1598.

FELIPE II preside en Toledo un Auto de Fe.

FELIPE II no puede hacer nada contra Antonio PÉREZ que ha huido a Aragón. Y es aqui donde la Inquisición se demuestra de nuevo como valiosa herramienta política, puesto que el Consejo de la Suprema es el único con jurisdicción para actuar sobre todos los reinos de España. Aunque el Tribunal tiene que inventarse una acusación de herejía para poder intervenir, lo cierto es que ante el intento de trasladar a PÉREZ de la prisión del Justicia Mayor en Zaragoza a la del Santo Oficio, el pueblo de Zaragoza -en la fecha- se amotina contra el rey, no por especial simpatía a PÉREZ, sino porque los aragoneses ven en este hecho lo que resulta por demás obvio, es decir, la injerencia del poder real que vulnera las leyes y fueros privativos de Aragón y de su Justicia Mayor (Éste es el garante de que todos, autoridades -incluido el rey- y súbditos, observaran los fueros).

Después de los tumultos del mes de mayo, de nuevo se intenta trasladar a Antonio PÉREZ a una cárcel de la Inquisición con el fin de que la justicia real pueda tenerle bajo su jurisdicción. El pueblo de Zaragoza lo impide de nuevo y es duramente reprimido por las tropas que FELIPE II envía desde Castilla. Aunque PÉREZ consigue huir a Inglaterra, desde donde contribuirá a crear la leyenda negra sobre España y la Inquisición, el Tribunal actúa con severidad en Zaragoza durante varios años contra quienes han apoyado la causa de PÉREZ, en su mayoría noble aragoneses y gentes de letras, evidenciando las motivaciones estrictamente políticas de estos cruentos procesos.

Durante el siglo XVII se celebran cinco autos de fe en España a cargo de la Inquisición: pasan 243 reos por el cadalso; al quemadero se encaminan 17.

En Logroño, la Inquisición lleva a cabo un Auto de fe con 53 procesados, de los cuales 29 son acusados de brujería; de ellos 5 quemados en efigie y 6 en persona. Los que son condenados a muerte lo son por confesarse autores de algún asesinato. Se trata de un proceso a las celebres brujas de la cueva de Zugarramurdi en Navarra, al norte del Valle de Baztan, cerca del Labourd vasco francés. Ningún otro lugar está tan intensamente ligado al fenómeno europeo de las brujas. (Hoy en día la cueva de Zugarramurdi es una atracción turística y en 1994 su visita cuesta 200 ptas. Debe tenerse en cuenta por otro lado, que en la región de Labourd, un juez llamado Lancre condenó a muerte a más de novecientos brujos y brujas, y por ello ha pasado a la historia como el más cruel perseguidor de la hechicería.)

Entre 1618 y 1622 fue el zenit de la persecución a gran escala en Catalunya contra la brujería. Fueron ejecutadas más de 400 víctimas, la mayoría mujeres analfabetas de estratos sociales humildes. La represión la empezaron tribunales locales y señoriales con un amplio soporte popular. Se acusaba a las brujas de constituir una secta que conspiraba contra la cristiandad, de adorar al demonio y de provocar catástrofes en las cosechas y entre los rebaños. La Inquisición y algunas autoridades eclesiásticas y reales (audiencia de Catalunya) mantuvieron una actitud contraria i escéptica delante la represión.