En 1920, Eugenio Pacelli es nombrado primer Nuncio ante la nueva República Alemana (conocida como la República Weimar), mientras sigue siendo Nuncio en Baviera. Aunque la nueva nunciatura tiene su sede en Berlín, no se trasladará allí sino hasta el año 1925. En 1924 firmará el Concordato de la Santa Sede con Baviera.

Una vez trasladado a Berlín, y aunque ésta es la metrópoli del protestantismo, Monseñor Pacelli sabe ganarse rápidamente la estima y el respeto de la población entera, como lo hiciera anteriormente en Munich. Muestra un vivo interés por la vida eclesial y social de Alemania, y con su presencia paternal y sus extraordinarias alocuciones llenas de vitales enseñanzas, fomenta la vida católica por donde puede. Se preocupa de visitar hospitales, orfanatos, seminarios, escuelas, fábricas y talleres de todo tipo en diversas ciudades.

Tres largos años de esfuerzos denodados dieron fruto en 1929, cuando el parlamento alemán aceptó y firmó el Concordato con la Santa Sede.

Luego de 13 años de fructífera labor, en los que dio muestras de un inquebrantable sentido de responsabilidad, de una constante actitud paternal para educar, para perdonar y acoger, y para enseñar, Monseñor Pacelli dejó su cargo en la Nunciatura -y con ello Alemania- al ser nombrado cardenal en 1929. Al despedirse de Alemania, una grave preocupación oprimía a quien durante tanto tiempo había compartido la suerte del pueblo alemán: el paulatino auge del nacionalsocialismo. Por entonces nadie quiso escuchar sus muchas y clarividentes advertencias contra el peligro que se avecinaba.

Al llegar a Roma, y ya como Cardenal Pacelli, es inmediatamente nombrado como nuevo Secretario de Estado. Su sentido de responsabilidad, su férrea voluntad y disciplina personal y su enorme amor a la Iglesia, hace que entregue sus mejores energías para ponerse a la altura de tan excepcional responsabilidad. Sin duda ello le vale el singularísimo aprecio del Papa Pío XI, quien encuentra en él un extraordinario colaborador y servidor. La confianza depositada en él por el Santo Padre es un fuerte estímulo para realizar, en su puesto de servicio a la Iglesia, un trabajo incansable, tan efectivo como humilde en el cumplimiento abnegado de sus obligaciones.

Desde 1930, tanto Eugenio Pacelli como la jerarquía católica alemana muestran su preocupación por las consecuencias del pensamiento nazi. Los obispos redactan cartas pastorales con ocasión de las elecciones, recordando los criterios morales sobre el voto y las ideas que resultan inaceptables para un católico. No puede decirse que los católicos reciben con indiferencia esas declaraciones, pues el gran ascenso nacionalsocialista se registra sobre todo, en las zonas de mayoría protestante.

Famoso sería también el Concordato que, como enviado del Pontífice, el futuro PÍO XII firma con Austria y con la Alemania nazi en 1933. El testimonio de su ejemplar servicio y adhesión al Santo Padre quedaría grabado en los corazones de algunos cardenales alemanes cuando, en una importante reunión con ellos, pocos meses antes de ser llamado a la presencia del Padre Eterno, S.S. Pío XI les hacía partícipes de esta confidencia: \”Sé como nadie lo que Su Eminencia -refiriéndose al Cardenal Pacelli- hace por mí y por la Iglesia, y ustedes deben saber lo que Nos debemos a nuestro Secretario de Estado. Piénsenlo cuando yo no esté aquí\”.

En realidad, la iniciativa de un concordato entre el tercer Reich y la Santa Sede no surge ni de los nazis ni de la Iglesia, sino de un político católico del Centro, Franz von Papen, a quien Hitler mantiene en su gobierno como vicecanciller. Como católico y miembro del gobierno, cree que un acuerdo sirve para resolver las posibles fricciones que ya empiezan a manifestarse. Con este fin, von Papen aparece en Roma en abril de 1933. En Roma, las principales figuras con las que tenla que entrevistarse eran dos: el Papa Pío XI, y su Secretario de Estado Pacelli. Los dos eran favorables a firmar un concordato, y pensaban que, por pocas que resultaran ser las ventajas, siempre resultaba conveniente intentar entenderse con los diferentes regímenes, aunque fueran hostiles a la Iglesia, como se habla demostrado, por ejemplo, con la república española

El concordato con el Reich alemán, no ha requerido largas negociaciones. Básicamente reproduce el contenido de los recientes concordatos con varios “länder” alemanes, Baviera (1924), Prusia (1929) y Baden (1932), que ha sido negociados por el nuncio Pacelli (futuro Pío XII). Sólo hay un punto controvertido. Pío XI, que tantas esperanzas tiene puestas en las organizaciones confesionales quiere dejar bien atado que conservarán su independencia, especialmente las juveniles. La experiencia italiana le muestra que ese es un punto de fricción. Al final se llega a un acuerdo, y la firma es pregonada como un éxito por ambas. La Iglesia no se hace ilusiones al respecto, pero considera que el concordato servirá de referencia para denunciar los previsibles abusos que cometerán las autoridades, y quizás por ello para mitigarlas. Es difícil calibrar hasta que punto servirá para conseguir este ultimo objetivo, pero puede aventurarse que tuvo cierta utilidad. En cuanto al instrumento en si, no parece en absoluto desacertado su contenido si se tiene en cuenta que este concordato de 1933 seguirá en el siglo XXI.

Una de las claves del pontificado de PÍO XI es el acuerdo con la Alemania de Hitler, en la fecha, que es negociado por el cardenal Pacelli. Los pormenores de la negociación del concordato pueden iluminar uno de los asuntos más debatidos de la historia, como es el papel de la Iglesia frente al nazismo. El cardenal alemán Faulhaber llama a PÍO XI el mejor amigo de los nazis. Por otra parte, este acuerdo implica, como el Tratado de Letrán para Italia, la imposición del Código de Derecho Canónico en Alemania y la desarticulación de la intervención en política de los católicos. En el caso de Alemania, el Partido del Centro del ex canciller Heinrich Brüning y de clara raíz democristiana es disuelto, con lo que los nazis quedan sin oposición legal alguna en su país. En 1934 para no entorpecer sus relaciones con los fascistas, PÍO XI prohibe a la conferencia mundial judia que mencione su nombre a proposito de una supuesta defensa de los judíos.