Por decisión de la reina ISABEL de Castilla, las nuevas tierras de América son exclusivamente para los naturales de Castilla y León, con alguna excepción de carácter personal. ISABEL impone su política americana y la deja bien fijada en su testamento. Y, aunque es verdad que CARLOS I y FELIPE II levantan la prohibición para determinados catalanes, aragoneses, valencianos, mallorquines y menorquines, la práctica establecida hace que en realidad siga la exclusión durante siglos. Para el mejor control real Sevilla tiene el monopolio del comercio con América y al puerto de Barcelona le es negado el permiso cuando lo pide.

Ni que decir tiene que COLÓN está convencido de que ha llegado al continente asiático. En cualquier caso rápidamente comienzan los preparativos de un segundo viaje que parte de Cádiz el 25 de septiembre de 1493. En esta ocasión participan 17 navíos y más de mil expedicionarios, provistos de los elementos necesarios para llevar a cabo en las Indias una labor de colonización. Durará hasta el 11 de junio de 1496.

Cristóbal Colón descubre la isla Dominica en su segundo viaje. La da este nombre por haber llegado a ella en domingo. Descubrirá también Mari Galante

Cristóbal Colón descubre el 19 de noviembre de 1493 a la isla de Puerto Rico durante su segundo viaje a las Américas. Hasta este momento, la isla ha estado habitada por los indios tainos quienes han llamado a la isla Borikén, que significa “Tierra de Cangrejos ” ya que según los datos históricos la isla estaba muy poblada de “burukenas” y además la isla les parecía un cangrejo desde sus piraguas en el agua desde la costa de Fajardo. Burukena era el nombre indígena para los cangrejos de río. Los tainos piensan que Colón y sus acompañantes son dioses debido al color de piel diferente. Por esto, le obsequian con regalos de oro que inspirarán a Colón posteriormente, el nombre de Puerto Rico. Erróneamente se cree que Borikén significa “La Isla del Señor Valiente”. Este es un dato que fue llevado a un libro de cuentos por un escritor de fábula puertorriqueño y su intención no fue establecer ese dato. Puerto Rico es, actualmente, un archipiélago del Caribe, vecino de la República Dominicana, y consistente de 78 municipios, dos de las cuales son islas separadas de la isla mayor. Colón declaró la isla propiedad de España y le cambiaron el nombre a San Juan Bautista y a la capital le llamaron Puerto Rico. Posteriormente, los nombres serán invertidos.

En los dibujos de la época difícilmente veremos a Colón desembarcando en América sin un fraile a su lado. Pero sólo en el segundo viaje los ha llevado. Son trece frailes de la orden de los mínimos de San Francisco de Paula. Cuando Colón llega a La Española (actual Santo Domingo) encuentra que el asentamiento de La Navidad ha sido arrasado y eliminados sus habitantes. Colón inicia de inmediato, un segundo asentamiento, La Isabela, más hacia el Este, que se convertirá  en punto de partida de las expediciones posteriores hacia el interior en busca de metales preciosos, a pesar de la resistencia indígena. En el trazado de la ciudad no falta el lugar para el templo en el que se oficia la misa por primera vez en América el 6.1.1494. Es entonces cuando Fray RAMON Pané, Fray Juan de Duela y Fray Juan Tisín se adentran en la selva para empezar la evangelización en tierras del cacique Guaticagua. Los Reyes Católicos dan a la conquista un gran sentido religioso. Envian a los misioneros “para que conviertan a los indígenas a nuestra santa fe católica”, con la advertencia de que “se les trate amorosamente”.

Pronto comienzan a organizarse otros viajes a las tierras recien descubiertas. Se les denomina “menores”, participando en ellos preferentemente marinos originarios de la Corona de Castilla, como Alonso de Ojeda, Juan de la Cosa, Vicente Yáñez Pinzón, etc. El resultado del descubrimiento significa, entre otras muchas cosas, que de inmediato se inicia una gran mezcla biológica. Colón lleva caballos a las nuevas tierras, y trae piñas a Europa.

Cristóbal Colón descubre la isla de Jamaica en su segundo viaje. La bautiza como Santiago, si bien el nombre que prevalece es el antiguo Xaymaca, su denominación indígena.

Tratado de Tordesillas: El monarca portugués JUAN II, no acepta la línea papal de demarcación -y esto demuestra que no existe la teoría del dominus orbi- y empieza una negociación diplomática entre Castilla y Portugal. Juan II propone que en vez de un meridiano se trace un paralelo, reservando a los portugueses la zona austral y dejando la septentrional para los españoles. Los REYES CATÓLICOS insisten en el meridiano y ofrecen correrlo más hacia el oeste: hasta 250 leguas e incluso 350 desde Cabo Verde, pero JIAN II sigue empeñado en que es necesario llevarlo más lejos, lo que hay que aceptar al fin. Se acuerda colocarlo a 370 leguas al oeste de Cabo Verde. El convenio se plasma en el Tratado de Tordesillas, firmado el 7 de junio de 1494. Las tierras descubiertas o que se descubran al oeste de dicha línea serán castellanas, y las situadas al este de la misma serán portuguesas. La nueva línea permitirá la ocupación de Brasil por parte de Portugal. El empeño del rey de este país por conseguir el paralelo, o al menos un meridiano tan alejado de Cabo Verde, se interpretará lógicamente como consecuencia de haber descubierto ya el Brasil, pues no se explica de otra manera.

Se establece el primer asentamiento en la costa S. de la isla: Santo Domingo (llamada en principio Nueva Isabela). Bajo la soberanía española, toda la isla llevará el nombre de Santo Domingo. Los indicios de la presencia de oro -la sangre vital del naciente sistema mercantilista- y una población de nativos tratables que pueden usarse como obreros se combinan para atraer a muchos españoles durante los primeros años. La mayoría de ellos serán simples aventureros que, por lo menos inicialmente, están más interesados en adquirir rápidamente riqueza mas que en asentarse en la tierra. Desde los inicios, las relaciones con los indios, a quienes maltratan de manera inmisericorde, se deterioran. Movidos por las incautaciones de alimentos y otras extorsiones y por los abusos hacia sus mujeres, los indios se rebelan, pero serán dominados de inmediato.

Santo Domingo se convierte en el primer puesto de avanzada del Imperio Español. Las expectativas iniciales de reservas de oro abundantes y de fácil acceso demuestran que no tienen fundamento; aún así la isla llega a ser importante como asiento de la administración colonial, un punto inicial para las conquistas de otras tierras y como laboratorio para el desarrollo de políticas de gobierno de las nuevas posesiones. Es en Santo Domingo que los españoles introducen el sistema de repartimiento por el cual los peninsulares (personas nacidas en España y que residen en el Nuevo Mundo) reciben grandes concesiones de tierra y el derecho a usar los indios residentes en ellas en las labores.