En 1554 Francisco de Borja ha sido nombrado Comisario General de los jesuitas en España y, en 1565, en la fecha, a la muerte del Padre Laínez, es nombrado Padre General de toda la Orden. El electo revisa las reglas de la Compañía y, por influjo de las prácticas de ciertos jesuítas españoles, aumenta el tiempo dedicado a la oración: una hora diaria, por la mañana (Ignacio no había establecido esa norma, dejando que cada miembro de la Compañía decidiera al respecto). Una de las tareas más delicadas de este gobierno es negociar con el papa San PÍO V, quien desea reintroducir el Oficio cantado en la Compañía. De hecho, esta medida empezará en mayo de 1569, pero solamente en las casas profesas y sin interferir con otras tareas. Los Colegios prosperaron: de 50 en 1556 pasaron a 163 en 1574. Francisco de Borja sigue muy de cerca la evolución de la Contrarreforma en Alemania. Muchas fundaciones jesuítas atenderán a reforzar la causa católica.

El jesuita italiano Matteo Ricci parte de India hacia las tierras del otro lado del Himalaya pasando por Cantón. Primero, al igual que en Japón, los misioneros cristianos son confundidos por una secta budista. Pero Ricci pronto comprende que para llegar al corazón de la vieja China debe atravesar el umbral del confucionismo, auténtico armazón moral de aquel vasto país gobernado por la dinastía MING, en la que el emperador es venerado como Hijo del Cielo. El padre Ricci, jesuita, al desembarcar, en la fecha, en China, ignorará todo el trabajo misionero realizado por el gran franciscano Juan de Montecorvino en el siglo XIV.

Gracias a los buenos conocimientos que Ricci tiene de matemáticas, astronomía y cartografía, puede atraerse la atención de los mandarines y logra ser aceptado como un respetado “daoren”, un “predicador literato”. Gracias a su gran prestigio, los jesuitas consiguen echar raíces en Pekín.

En 1583 existen en Japón 200 iglesias y 150.000 cristianos repartidos por todo el archipiélago japonés. Para entender por qué el cristianismo se ha extendido de forma tan rápida y profunda en Japón hay que tener en cuenta la crisis que vivió la sociedad japonesa en los siglos XV y XVI, un período de continuas guerras que afectaron duramente tanto al campo como a las ciudades. En las calles se hacinaban vagabundos, mendigos y huérfanos, y en la capital, Kioto, había tantos cadáveres que eran arrojados a los ríos desde los puentes. Ante esta calamitosa situación, muchos, desesperados, perdieron la fe en la religión predominante en el pueblo hasta entonces: el budismo, que parecía incapaz de proporcionar esperanza alguna en este ambiente de crisis aguda. El cristianismo apareció entonces como una alternativa que colmaba los anhelos de salvación de muchos japoneses. La nueva religión se les presentaba como un pensamiento que aspiraba a la liberación del individuo, exponiendo la igualdad de todos los hombres ante Dios. Esta revelación atraía a un pueblo japonés oprimido por las convenciones feudales. Asimismo, la labor social y las acciones de caridad desarrolladas por los clérigos cristianos conmovieron a muchos y los incitaron a convertirse.

El auge cristiano en Japón queda truncado en 1587, cuando Toyotomi Hideyoshi -que cinco años antes ha conquistado el poder tras derrotar a Nobunaga- promulga, de forma inesperada, una «ordenanza para el destierro de los padres cristianos de tierras japonesas». Hideyoshi teme que la fraternidad y los lazos de unión entre los cristianos japoneses se erijan en un obstáculo para la consolidación de su poder. El primer artículo de dicha ordenanza comienza así: «El Japón es un país divino. Por lo tanto, es absurdo que los padres cristianos vengan a este país para predicar enseñanzas heréticas». Se refiere con ello a que, según el penamiento sintoista, Japón fue creado por dioses que eran antepasados de los emperadores, idea que no puede ser cuestionada; en cambio, los cristianos postulan que existe un único dios. Además, en esta misma época, un señor feudal, Omura Sumitada, dona la ciudad de Nagasaki a los jesuitas sin consultar previamente a Hideyoshi.

En este año, se establecen diversas misiones jesuitas en el Brasil.

Desde 1594 está viva la controversia que enfrenta a jesuitas y dominicos suscitada por la publicación, en 1588, de la obra del jesuita Luis de Molina “Sobre la concordia del libre albedrío con los dones de la gracia”, en la que aborda los efectos de la gracia y el libre albedrío. Para resolver la polémica instituye, en 1597, una comisión, la Congregatio de auxillis gratia en la que tras nueve años de sesiones establecerá que la publicación de cualquier libro requiere la autorización previa del Santo Oficio.

El trabajo apostólico de los jesuitas se orienta, en la fecha, hacia la enseñanza. En tiempo de su quinto general, Claudio Acquaviva, la Compañía de Jesús alcanza su mayor pujanza, con 559 colegios, 32 provincias y unos 13.000 religiosos. La Orden tiene desde el principio una índole militante y activista, lo que, junto a la dimensión política que ha constituido siempre su nervio vital más íntimo, le ha deparado en la sociedad humana estabilidad y firmeza.

Ante la fuerza de la Contrarreforma, y después de las guerras de Aquisgrán (1593-1598), de Colonia (1600) y de Estrasburgo (1592-1604) que han enfrentado a católicos y protestantes, el resultado es la formación de la Unión Evangélica, en 1608, por los príncipes alemanes protestantes, dirigida por FEDERICO IV, elector del Palatinado, un Estado alemán del Rin Medio, que cuenta con la ayuda de Francia, Inglaterra y Provincias Unidas. Queda dispuesto el escenario para una guerra religiosa; todo cuanto se necesita es una chispa que la encienda.

Fundación de las reducciones de Paraguay. Creación por los jesuitas de una república cristiana, decretando la abolición de la esclavitud y de la opresión colonial. Consejos de indios elegidos, el guaraní lengua escrita. (Esta obra será destruida en 1767 por la conjunción de los imperialistas españoles y portugueses.