El Concilio de Trento que formulará la doctrina de la Reforma católica, llamada Contrarreforma, forma parte de un plan trazado por el emperador para el restablecimiento de la unidad cristiana: el papa y el emperador deben formar una alianza militar contra la Liga de Schmalkalden, y después, una vez lograda la victoria del Concilio, en presencia de los protestantes, formularía su juicio autoritario sobre las controversias doctrinales y legislaría para reformar debidamente a la Iglesia. El Concilio de Trento celebrará 25 sesiones y precisará las doctrinas criticadas por el protestantismo, restablecerá la doctrina eclesial, creará los seminarios y restablecerá la autoridad de la Santa Sede sobre el catolicismo.

La Contrarreforma, llevada adelante por los jesuitas de Molsheim, combate el protestantismo, firmemente arraigado en Estrasburgo.

Se inicia en España la época probablemente de mayor actividad de la inquisición, una época en la que los incipientes aires renacentistas y humanista europeos que estaban penetrando en nuestro país se transformaron en oscuros y turbulentos vientos contrarreformistas. En esa España de la Contrarreforma, de la pureza de sangre y la ortodoxia católica que la inquisición contribuia a crear y mantener, todo lo que sonara a extranjero resultaba pernicioso para la salud moral y religiosa de la patria, y ello precisamente en una época en que las obligaciones imperialistas del Estado llevaban a miles de españoles allende las fronteras, propiciando su contacto con las más diversas culturas y religiones, los cuales inevitablemente establecían en sus mentes un principio de comparación del cual no siempre los valores patrios defendidos a ultranza por el rey salían bien parados.

En la cerrada España de la contrarreforma y para impedir cualquier contagio de herejía protestante, FELIPE II decreta que ningún español pueda estudiar en las universidades extranjeras, menos en las de los Estados Pontificios. Esto, junto con la ampliación del índice de libros prohibidos, a la que se une la prohibición de importar libros extranjeros, provoca a la larga un claro estancamiento del pensamiento y las ciencias españolas, mantenidos al margen de las corrientes europeas. Pese a todo, unos años de suavización de estos rigores, obra del cardenal QUIROGA, permitirán la aceptación de los principios de Copérnico. La vida religiosa experimentará, por otra parte, un fuerte impulso con la creación de nuevas órdenes religiosas y la reforma de otras, labor en la que destacará Santa Teresa de Jesús, mientras San Juan de Dios impulsará el establecimiento de centros benefícos y hospitalarios.

En la fecha, se da por finalizado el Concilio de Trento. Reunido desde diciembre de 1545. En las últimas reuniones del Concilio fue confirmada la validez de los cánones y decretos promulgados por las dos convocatorias anteriores. En la sesión final se aprobó el texto de las tres sesiones y la petición de que fuese sometido al papa. Todos los clérigos y los embajadores firmaron antes de disolverse la reunión. Queda formulada la doctrina de la Reforma católica, llamada posteriormente, Contrarreforma. Este concepto, aparecerá por primera vez en mayo de 1776. En principio designará la reconducción violenta al catolicismo de los territorios que se han hecho protestantes. Como designación de una época no aparecerá hasta 1839: A la época de la Reforma le sucede la época de la Contrarreforma.

Tras el Concilio de Trento, la Iglesia católica cobra nuevo vigor. Las medidas de la contrarreforma se imponen en todos los países que siguen siendo fieles a Roma, y se puede frenar el avance del protestantismo. En Suiza, en Baviera, en Polonia, en Austria, puede consolidarse el catolicismo, gracias, sobre todo, al celo de grandes teólogos y predicadores, como San Pedro Canisio, y a una legión de jesuitas y capuchinos que les apoyan. Además, PÍO IV tiene la suerte de contar con un santo en la Secretaría de Estado, CARLOS BORROMEO, que luego, como arzobispo de Milán, aplicará la reforma en el Norte de Italia.

Los magiares abandonan la Iglesia católica durante la Reforma protestante, lo que agrava su enemistad con los Habsburgo y sus aliados católicos. Desde mediados del siglo XVI y con el principio de la Contrarreforma, la lucha entre los protestantes magiares y los católicos Habsburgo se hace cada vez más violenta, dando lugar a la Guerra de los Quince Años (1591-1606).

Los acontecimientos más importantes del reinado de Felipe II en su vertiente exterior, han sido: 1) la guerra de los Países Bajos, en la que se ajustó una desfavorable tregua de doce años (La Haya 1609); 2) La participación en la “Guerra de los Treinta Años”; 3) La boda de Ana con LUIS XIII de Francia y el futuro FELIPE IV con Isabel de Borbón de Francia; 4) el descubrimiento de Australia; 5) Expulsión de los moriscos (1609-1614). Su largo gobierno ha sido importante para Europa; sin él, la Contrarreforma católica es apenas concebible. Su política no ha sido en general favorable a Catalunya. Le han molestado los privilegios de los catalanes y la forma como los han defendido. Sus realizaciones han quedado muy por debajo de sus objetivos en su reinado de cuarenta y dos años. España ha obtenido una gran cantidad de oro y plata de sus colonias americanas, pero todo se ha desvanecido en sostener los ejércitos, y nada ha servido para fortalecer la economía. Han sido los rivales de España -Inglaterra, Francia y los Países Bajos- los que han aprendido a regir sus economías y a enriquecerse con el comercio ultramarino.

Alessandro Octaviano de Médicis es coronado papa con el nombre de LEÓN XI (10.4.1605 – 27.4.1605). Su encendida defensa de la Contrarreforma y el ser partidario de san Felipe Neri le valen a Alejandro de Médici el nombramiento de pontífice a pesar de la oposición manifiesta del rey español FELIPE III, en un cónclave de sesenta y dos cardenales dividido en tres facciones: la española, la francesa y la de los cardenales nombrados por el papa anterior. El candidato de los cardenales es César Baronio, pero habiendo criticado los métodos de la administración española en el sur de Italia, su nombre es rechazado por el rey. Apoyado por los españoles y por los cardenales franceses, resulta elegido. En su elección tiene singular importancia el apoyo financiero de 300.000 escudos que el rey francés ENRIQUE IV, quien tras su boda con María de Médici se ha convertido en pariente de Clemente, le presta. Su papado dura pocas semanas. ALEJANDRO de Médicis, es hombre de gran pureza de sentimientos, humilde y erudito. Su elección es bien acogida por la cristiandad.

Ante la fuerza de la Contrarreforma, y después de las guerras de Aquisgrán (1593-1598), de Colonia (1600) y de Estrasburgo (1592-1604) que han enfrentado a católicos y protestantes, el resultado es la formación de la Unión Evangélica, en 1608, por los príncipes alemanes protestantes, dirigida por FEDERICO IV, elector del Palatinado, un Estado alemán del Rin Medio, que cuenta con la ayuda de Francia, Inglaterra y Provincias Unidas. Queda dispuesto el escenario para una guerra religiosa; todo cuanto se necesita es una chispa que la encienda.