Benedetto Giulio Odescalchi es coronado papa bajo el nombre de INOCENCIO XI (4.10.1676-12.8.1689). La fuerte oposición del rey de Francia LUIS XIV tiene que ceder esta vez a la voluntad de los cardenales y del pueblo romano. LUIS XIV ha dado precisas instrucciones a los cardenales franceses pues pretende nuevamente utilizar su influencia real en contra de la elección de Odescalchi. Pero en vez de esto, viendo que los cardenales y el pueblo romano desea a Odescalchi como su papa, tiene que instruir expresamente a los cardenales franceses a no interponerse en su elección. El 21 de septiembre de 1676 y después de cincuenta días de cónclave Odescalchi es elegido papa. El 4 de octubre siguiente es coronado en la Patriarcal Basílica Vaticana por el cardenal Francesco Maidalchini, protodiácono de S. Maria in Via Lata.

Tras su ascenso, INOCENCIO XI mueve todos sus esfuerzos hacia reducir los gastos de la Curia. Pasa órdenes estrictas en contra del nepotismo entre los cardenales. Vive muy parsimoniosamente y exhorta a los cardenales a que hagan lo mismo. De esta manera no solo cuadra el déficit anual, que al momento de su ascensión sumaba los 170.000 escudos, sino que también dentre de pocos años el ingreso papal estará en exceso de gastos. No pierde el tiempo en declarar y prácticamente manifestarse como un reformador y como un corrector de los abusos administrativos. Comenzando con el clero, busca levantar a los laicos a un nivel moral de mayor altura. En 1679 condena 65 proposiciones, tomadas de los escritos de Escobar, Francisco Suárez, y el mismo estilo, como “propositiones laxorum moralistarum” y prohibe a cualquiera a enseñarlas bajo la penalidad de excomunión.

Todo el pontificado de INOCENCIO XI está marcado por un forcejeo continuo con LUIS XIV. Todos los esfuerzos de INOCENCIO XI para inducir al Rey Sol a respetar los derechos de la Iglesia son inútiles. En 1682 LUIS XIV convoca una asamblea del Clero Francés la cual adopta los cuatro artículos que serán conocidos como las Libertades Galicanas. INOCENCIO anula los cuatro artículos el 11 de abril de 1682, y rehusa su aprobación a todos los futuros candidatos episcopales que forman parte de la asamblea.

Para apaciguar al papa INOCENCIO XI, LUIS XIV comienza a actuar en favor del catolicismo. En 1685 LUIS revoca el Edicto de Nantes e inaugura una cruel persecución de los protestantes. INOCENCIO XI expresa su disgusto por estas medidas drásticas y continúa demorando su aprobación de los candidatos episcopales. Irrita más al rey ese mismo año al abolir el derecho de asilo, bajo la cual los embajadores en Roma pueden proteger en sus embajadas a cualquier criminal buscado por las cortes papales de justicia. INOCENCIO XI notifica al embajador francés, el Marqués de Lavardin, que no será reconocido como Embajador en Roma a menos que renuncie a este derecho, pero LUIS XIV no quiere renunciar al mismo.

En la fecha, Molinos, escritor místico y teólogo español, defensor del “quietismo”, es apresado por el Santo Oficio. Algunas de las confesiones que extrajeron los inquisidores bajo tortura podrían estar enumeradas en un escrito del obispo de Téano, Giuseppe Maria Giberti, que en 1687 escribirá en su Ragguaglio della pessima vita di Michele Molinos: “No observaba el ayuno ni viernes ni sábado ni día de vigilia ni de cuaresma, sino que siempre comía carne, y el pez era sólo para aguzarse el apetito, juntamente con la carne. Haber tenido durante dieciocho años continuos comercio con una mujer (ésta también del Santo Oficio, y que cada mañana la hacía comunicar). Que para conseguir la libido, se hacía servir en la mesa y desnudarse a más mujeres desnudas, y otra veces estaba presente para ver mujeres y hombres desnudos entrelazarse juntos y relacionarse. De haber sido más veces sodomizado (acto que él decía que no era pecado porque no estaba escrito en el Decálogo, lo mismo que decía del bestialismo)”.

El Papa INOCENCIO XI no es un enemigo de Miguel de Molinos, pero aún así cede a la enorme presión que cae sobre el para confirmar en 1687 el juicio de los inquisidores, por el cual 68 proposiciones molinistas son condenadas como blasfemias y herejías.

El papa INOCENCIO XI  -mediante la bula “Coelestis Pastor”-  condena la Guía espiritual, de Miguel de Molinos, publicada en 1675. Propugnaba el quietismo, tendente a la supresión de todo acto voluntario.

A la cabeza de una fuerza armada de 800 hombres, el francés marqués de Lavardin entra en Roma en noviembre de 1687, y toma la posesión, a la fuerza, de su palacio de embajador. INOCENCIO XI lo trata como un excomulgado y pone, en la fecha, un interdicto a la iglesia de San Luis en donde atiende servicio.

La tensión entre el papa INOCENCIO XI y el rey de Francia LUIS XIV aumenta más cuando el papa procede a llenar la vacante en la sede del arzobispado de Colonia. Los dos candidatos para la sede son el Cardenal William Egon Fürstenberg, en esos momentos Obispo de Estrasburgo, y Joseph Clemens de Baviera. Fürstenberg es una herramienta en manos de LUIS XIV, y Joseph Clemens es el candidatode todos los líderes europeos, con la excepción del Rey de Francia. En la elección, que es realizada el 19 de julio de 1688, ninguno de los candidatos reciben la cantidad requerida de votos. La decisión, entonces, recae en INOCENCIO XI, que designa a Joseph Clement en el cargo. LUIS XIV procede, en represalia a tomar posesión del territorio papal de Aviñón, tomando preso al nuncio papal y apelando a un consejo general. Tampoco esconde sus intenciones de separar a la Iglesia Francesa de Roma. El papa se mantiene firme. La subsiguiente caída de JAIME II de Inglaterra destruirá la preponderancia francesa en Europa y poco después de la muerte de INOCENCIO XI el roce entre LUIS XIV y el papado será arreglado a favor de la Iglesia.

INOCENCIO XI despacha a Ferdinando d’Adda como nuncio en Inglaterra, convirtiéndose este en el primer representante de la Iglesia en ir a ese país en más de cien años. Aún así, el papa no aprueba la manera imprudente bajo la cual JAIME II intenta restaurar el catolicismo. Repetidamente expresa su incomodidad hacia el apoyo que JAIME II le da a LUIS XIV en sus medidas hostiles en contra de la Iglesia. No es sorprendente entonces, que INOCENCIO XI tenga poca simpatía hacia el Rey Católico de Inglaterra. No parece haber, por otro lado, ningún tipo de base para la acusación de que INOCENCIO XI esté informado y apoye los designios de Guillermo de Orange en Inglaterra. Entre otros motivos, es debido a las incesantes exhortaciones de Inocencio que los Estados Alemanes y el Rey de Polonia Juan III Sobieski se apresuran a ayudar a Viena, la cual está siendo atacada por los turcos, en 1683. Luego de que termina el ataque, INOCENCIO XI no tiene ninguna reserva para inducir a los príncipes cristianos a que ayuden a la expulsión de los turcos de Hungría. Contribuye financieramente para la guerra turca en Austria y Hungría y tiene la satisfacción de sobrevivir, en la fecha, la captura de Belgrado.